programming_project_WCh

Programming project developed by bioinformatics students at Faculty of Chemistry, University of Gdansk

2022.05.30 - Django web application for simple data analysis branch sumowanie from gitlab repository https://etoh.chem.ug.edu.pl/gitlab/studenci/projekt-programistyczny

2022.06.02 - merge branch chemia from gitlab repository https://etoh.chem.ug.edu.pl/gitlab/studenci/projekt-programistyczny/-/tree/chemia

INSTRUKCJA INSTALACJI na pracowni komputerowej (Ubuntu 20.04)

1. Utworzenie katalogu z projektem, przejście do niego.

2. Stworzenie środowiska za pomocą komendy:
   virtualenv env

3. Aktywacja środowiska za pomocą komendy:
   source env/bin/activate.csh

4. Sklonowanie SSH za pomocą komendy:
   git clone [email protected]:ugbioinformatics/programming_project_WCh.git

5. Przejście do sklonowanego katalogu projektu. cd programming_project_WCh

6. pip install -r requirements.txt

7. Instalacja openbabel:
   ln -s /usr/lib/python3/dist-packages/openbabel $VIRTUAL_ENV/lib/python*/site-packages

8. Przygotowanie i utworzenie bazy danych:
   ./manage.py makemigrations blog
   ./manage.py migrate

9. Uruchomienie serwera:
   ./manage.py runserver

INSTRUKCJA INSTALACJI DLA WINDOWSA ;)

Z powodu niekompatybilnej wersji biblioteki openbabel w natywnym python dla Windows aplikacja nie działa dla natywnego python dla Winodws i wymaga instalacji WSL oraz Ubuntu on Windows

a) Instalacja WSL

b) Instalacja Ubuntu on Windows z Microsoft Store

c) Dalsza praca w terminalu linuxa:

1. Generowanie klucza ssh:
   ssh-keygen -t rsa -b 4096 -C "Twój e-mail z githuba"

2. Wyświetlenie klucza:
   cat id_rsa.pub

3. Skopiowanie klucza do GitHub’a w zakładce "SSH and GPG keys” w ustawieniach konta.

4. Utworzenie katalogu z projektem, przejście do niego.

5. Przejście do https://github.com/ugbioinformatics/programming_project_WCh i skopiowanie opcji dla SSH
   ([email protected]:ugbioinformatics/programming_project_WCh.git).

6. Sklonowanie SSH za pomocą komendy:
   git clone [email protected]:ugbioinformatics/programming_project_WCh.git

7. Przejście do sklonowanego katalogu projektu.

8. Instalacja:
   apt install python3-pip
   apt install virtualenv

9. Stworzenie środowiska za pomocą komendy:
   virtualenv env

10. Aktywacja środowiska za pomocą komendy:
    source env/bin/activate

11. Instalacja Django za pomocą komendy:
    pip install django

12. Instalacja:
    pip install matplotlib
    pip install pandas
    pip install statsmodels
    pip install scipy

Uwaga: zamiast 11. i 12. można wykonać

pip install -r requirements.txt

13. Instalacja openbabel:
    apt install openbabel
    apt install python3-openbabel
    ln -s /usr/lib/python3/dist-packages/openbabel $VIRTUAL_ENV/lib/python*/site-packages

14. Przygotowanie i utworzenie bazy danych:
    ./manage.py makemigrations blog
    ./manage.py migrate

15. Uruchomienie serwera:
    ./manage.py runserver