Set up complete project structure for single-cell and spatial transcriptomics analysis

.gitignore

@@ -0,0 +1,130 @@
+# Byte-compiled / optimized / DLL files
+__pycache__/
+*.py[cod]
+*$py.class
+
+# C extensions
+*.so
+
+# Distribution / packaging
+.Python
+build/
+develop-eggs/
+dist/
+downloads/
+eggs/
+.eggs/
+lib/
+lib64/
+parts/
+sdist/
+var/
+wheels/
+pip-wheel-metadata/
+share/python-wheels/
+*.egg-info/
+.installed.cfg
+*.egg
+MANIFEST
+
+# PyInstaller
+*.manifest
+*.spec
+
+# Installer logs
+pip-log.txt
+pip-delete-this-directory.txt
+
+# Unit test / coverage reports
+htmlcov/
+.tox/
+.nox/
+.coverage
+.coverage.*
+.cache
+nosetests.xml
+coverage.xml
+*.cover
+*.py,cover
+.hypothesis/
+.pytest_cache/
+
+# Jupyter Notebook
+.ipynb_checkpoints
+*/.ipynb_checkpoints/*
+
+# IPython
+profile_default/
+ipython_config.py
+
+# pyenv
+.python-version
+
+# Environments
+.env
+.venv
+env/
+venv/
+ENV/
+env.bak/
+venv.bak/
+
+# Spyder project settings
+.spyderproject
+.spyproject
+
+# Rope project settings
+.ropeproject
+
+# mkdocs documentation
+/site
+
+# mypy
+.mypy_cache/
+.dmypy.json
+dmypy.json
+
+# Pyre type checker
+.pyre/
+
+# Data files (large datasets)
+raw_data/**/*.h5
+raw_data/**/*.h5ad
+raw_data/**/*.loom
+raw_data/**/*.mtx
+raw_data/**/*.txt.gz
+raw_data/**/*.tsv.gz
+raw_data/**/*.csv.gz
+raw_data/**/*.tar.gz
+raw_data/**/*.zip
+
+# Keep README files in data directories
+!raw_data/**/README.md
+!raw_data/README.md
+
+# macOS
+.DS_Store
+.AppleDouble
+.LSOverride
+
+# Windows
+Thumbs.db
+ehthumbs.db
+Desktop.ini
+
+# IDEs
+.vscode/
+.idea/
+*.swp
+*.swo
+*~
+
+# Scanpy cache
+.scanpy/
+write/
+
+# Temporary files
+*.tmp
+*.temp
+tmp/
+temp/

environment.yml

@@ -0,0 +1,53 @@
+name: singlecell-projects
+channels:
+  - conda-forge
+  - bioconda
+  - defaults
+dependencies:
+  # Python
+  - python=3.10
+
+  # Core single-cell analysis
+  - scanpy>=1.9.3
+  - anndata>=0.9.0
+
+  # Visualization and plotting
+  - matplotlib>=3.6.0
+  - seaborn>=0.12.0
+  - plotly>=5.14.0
+
+  # Dimensionality reduction and clustering
+  - umap-learn>=0.5.3
+  - leidenalg>=0.9.1
+  - louvain>=0.8.0
+
+  # Trajectory analysis
+  - cellrank>=2.0.0
+  - scvelo>=0.2.5
+
+  # Spatial transcriptomics
+  - squidpy>=1.2.0
+
+  # Data manipulation and analysis
+  - pandas>=1.5.0
+  - numpy>=1.23.0
+  - scipy>=1.10.0
+  - scikit-learn>=1.2.0
+
+  # Notebook environment
+  - jupyter>=1.0.0
+  - jupyterlab>=3.6.0
+  - ipykernel>=6.21.0
+  - ipywidgets>=8.0.0
+
+  # Additional utilities
+  - h5py>=3.8.0
+  - tables>=3.8.0
+  - xlrd>=2.0.0
+
+  # Pip dependencies
+  - pip>=23.0
+  - pip:
+    - scanpy[leiden]
+    - gseapy>=1.0.4
+    - session-info>=1.0.0

figures/README.md

@@ -0,0 +1,16 @@
+# Figuras e Visualizações
+
+Este diretório contém plots e imagens geradas durante as análises.
+
+## Tipos de visualizações:
+- **UMAP/t-SNE**: Projeções de redução de dimensionalidade
+- **Dot plots**: Expressão de marcadores por cluster
+- **Violin plots**: Distribuição de expressão gênica
+- **Heatmaps**: Expressão diferencial e correlações
+- **Spatial plots**: Visualizações espaciais (Visium)
+- **Trajectory plots**: Análises de pseudotempo e destino celular
+
+## Organização:
+Recomenda-se organizar por projeto ou análise específica.
+
+**Formato**: Salvar em formatos de alta resolução (PNG, PDF, SVG).

notebooks/README.md

@@ -0,0 +1,18 @@
+# Notebooks de Análise
+
+Este diretório contém notebooks Jupyter para análise e visualização de dados single-cell.
+
+## Tipos de análises:
+- Pré-processamento e controle de qualidade
+- Normalização e seleção de genes altamente variáveis
+- Redução de dimensionalidade (PCA, UMAP, t-SNE)
+- Clustering (Leiden, Louvain)
+- Identificação de marcadores celulares
+- Análises de trajetória com CellRank
+- Spatial deconvolution e análises espaciais
+
+## Ferramentas principais:
+- **Scanpy**: Framework principal para análise single-cell
+- **AnnData**: Estruturas de dados anotadas
+- **CellRank**: Análises de trajetória e destino celular
+- **squidpy**: Análises spatial transcriptomics

raw_data/README.md

@@ -0,0 +1,18 @@
+# Raw Data
+
+Este diretório contém os dados originais para análises de single-cell e spatial transcriptomics.
+
+## Tipos de dados suportados:
+- **10x Genomics**: Dados de single-cell RNA-seq
+- **GEO/GSE**: Datasets públicos do Gene Expression Omnibus
+- **Visium**: Dados de spatial transcriptomics
+
+## Organização:
+```
+raw_data/
+├── 10x/          # Dados 10x Genomics
+├── GSE/          # Datasets GEO
+└── visium/       # Dados Visium spatial
+```
+
+**Nota**: Arquivos de dados grandes não são versionados (veja `.gitignore`).