Simulação do enovelamento de proteínas e efeitos de solvente

Ander F. Pereira, Vinicius Piccoli e Leandro Martínez
Instituto de Química e Centro de Computação em Engenharia e Ciências
UNICAMP

Neste curso serão abordadas de forma prática técnicas de amostragem ampliada para a simulação do enovelamento e equilíbrio conformacional de proteínas em solventes diversos. Serão abordadas metodologias de amostragem por troca de cópias, em particular usando aproximações das funções de energia. As simulações serão realizadas usando Gromacs e Plumed. Efeitos de solvente sobre o equilíbrio conformacional serão estudados usando funções de distribuição de mínima distância e a teoria de Kirkwood-Buff de soluções, calculadas com o software ComplexMixtures.jl.

Este é o material do curso ministrado na XEMMSB de 2021.

• A pasta Install contém as instruções de como instalar os programas necessários para desenvolver as atividades do curso.

• A pasta Simulations contém as instruções de como preparar e executar as simulações.

• A pasta Analyses contém a descrição das análises que são realizadas sobre os resultados.

                 

Aulas

Aula introdutória: https://www.youtube.com/watch?v=O3MCr4R6CqY (Simulações HREMD)

Dia 2: https://www.youtube.com/watch?v=DePitCjh7ys

Dia 3: https://www.youtube.com/watch?v=8eSySXMDnWs (Explicação do ComplexMixtures.jl)

Dia 4: https://www.youtube.com/watch?v=Sw7kDwnjH1M

Dia 5: https://www.youtube.com/watch?v=9sZ1tMUPQb4