hse21_H3K4me1_G4_human_group

Презентация: https://docs.google.com/presentation/d/1nDw-LGOA8DN7Bf3DkzQrHZWGwcWk0yw9ovEKBVkHjqo/edit#slide=id.gdf63eb772b_2_25

Состав группы

ФИ	№ группы	github
Семенкович Тимофей	2	https://github.com/BaronFonMonc/hse21_H3K4me1_G4_human
Филонов Всеволод	2	https://github.com/manachat/hse21_H3K4me1_G4_human
Горин Иван	2	https://github.com/ivan-gorin/hse21_H3K4me1_G4_human

Введение

H3K4me1 -

Участник	Организм	Тип клетки	Эксперимент 1	Эксперимент 2	Вторичная стр-ра ДНК
Семенкович Тимофей	human	GM23338	ENCFF474FMV	ENCFF986GPP	G4_seq_Li_K
Филонов Всеволод	human	HCT116	ENCFF699ABD	ENCFF931YSQ	G4_seq_Li_K
Горин Иван	human	А549	ENCFF379KHF	ENCFF675YHQ	G4_seq_Li_K

Все участники использовали геном человека, поэтому конвертация из генома мыши не потребовалась. Все файлы пересечений были объединены с помощью bedtools intersect:

bedtools intersect -a H3K4me1_A549.intersect_with_G4.bed -b H3K4me1_GM23338.intersect_with_G4.bed > A549_GM23338_intersect_G4.bed
bedtools intersect -a A549_GM23338_intersect_G4.bed -b H3K4me1_HCT116_intersect_G4.bed > A549_GM23338_HCT116_intersect_G4.bed

Затем пики объединены с помощью bedtools merge:

sort -k1,1 -k2,2n A549_GM23338_HCT116_intersect_G4.bed | bedtools merge > merged.A549_GM23338_HCT116_intersect_G4.bed

Распределение участков пересечений по длинам

Pie-chart

Визуализация данных в геномном браузере

Сохраненная сессия в UCSC GenomeBrowser: https://genome.ucsc.edu/s/Bruh/hse21_H3K4me1_G4_human_group

Ассоциация с генами и GO анализ

Ассоциация пиков с генами проведена с помощью скрипта ChIPpeakAnno.R. С генами было ассоциировано 1674 пика, всего уникальных генов: 1347. Далее проведен GO анализ полученного списка генов.

Наиболее статистически значимые результаты: