Pyrosetta Core

PyRosetta Core中文教程，本教程由浅入深，讲解Rosetta的基本原理以及在PyRosetta中的应用实例。

贡献者：

1. 吴炜坤 @晶泰人工智能研发中心
2. 翟珂 @晶泰人工智能研发中心
3. 张博文 @晶泰人工智能研发中心
4. 胡志运 @晶泰人工智能研发中心 实习生

3 中文章节分配

成员可自行领取@all

大纲内容:

零、安装与入门介绍

0.0 Installation

0.1 Python_Basic

0.2 Utils

一、Pose与Structure IO: 负责介绍PyRosetta对结构文件的处理，以及Pose对象的重要作用@吴炜坤

相关的官方章节: http://nbviewer.jupyter.org/github/RosettaCommons/PyRosetta.notebooks/blob/master/notebooks/02.00-Introduction-to-PyRosetta.ipynb

进度: 100% @吴炜坤

1 Pose Object Abstract

1.1 Pose IO

1.2 PymolMover

1.3 Pose & PDBinfo

1.4 Atom & Residue

1.5 Conformation & Protein Geometry

1.6 Pose Operation

二、Energy Function与Constraint: 介绍Rosetta的能量函数与物理约束

相关的官方章节: http://nbviewer.jupyter.org/github/RosettaCommons/PyRosetta.notebooks/blob/master/notebooks/03.00-Rosetta-Energy-Score-Functions.ipynb

Constraint的API总结: https://zhuanlan.zhihu.com/p/58897635

• 2.0 Atom Model
• 2.1 Energy Terms and Score Function
• 2.2 Constraints

三、Kinematics与MoveMap: 介绍Rosetta的自由度控制

相关的官方章节: http://nbviewer.jupyter.org/github/RosettaCommons/PyRosetta.notebooks/blob/master/notebooks/04.00-Introduction-to-Folding.ipynb

Foldtree的概念: https://zhuanlan.zhihu.com/p/59863638

• 3.0 FoldTree
• 3.1 Docking Tree & Jumps
• 3.2 MoveMap

四、Monte Carlo与Folding: 介绍Rosetta中的Foldtree与蒙特卡洛算法@吴炜坤

Foldtree的概念: https://zhuanlan.zhihu.com/p/59863638

相关的官方章节: http://nbviewer.jupyter.org/github/RosettaCommons/PyRosetta.notebooks/blob/master/notebooks/04.00-Introduction-to-Folding.ipynb

相关的官方章节: http://nbviewer.jupyter.org/github/RosettaCommons/PyRosetta.notebooks/blob/master/notebooks/05.00-Structure-Refinement.ipynb

以centroid backbone folding为demo.

• 4.0 MCMC的采样原理介绍
• 4.1 SmallMover/ShearMover/TrialMover/SequenceMover/RandomMover
• 4.2 MinMover
• 4.3 MC Object

五、Residue Selector: 介绍残基选择器@胡志运

中文总结：https://zhuanlan.zhihu.com/p/58348980

官网资料: https://www.rosettacommons.org/docs/latest/scripting_documentation/RosettaScripts/ResidueSelectors/ResidueSelectors

进度: 10%, 需要差缺补漏

residue selector preview

• 5.0 Residue Selector的逻辑
• 5.1 Residue Selector的API查询

六、Packer与TaskOperation: 介绍Packer与氨基酸侧链自由度控制

相关的官方章节: http://nbviewer.jupyter.org/github/RosettaCommons/PyRosetta.notebooks/blob/master/notebooks/06.00-Introduction-to-Packing-and-Design.ipynb

TaskOperation: Pack和Design用法.pdf

• 6.1 Rotamers & RotamerLib
• 6.2 Packer & Design
• 6.3 TaskOperation与TaskFactory（Rotamer自由度控制）
• 6.4 NCAA(调色板)

七、SimpleMetric: 新一代的打分系统

SimpleMetric的API总结 https://zhuanlan.zhihu.com/p/58383955

• 7.0 SimpleMetric

八、Filters: 过滤器，大过滤器！

官网资料: https://www.rosettacommons.org/docs/latest/scripting_documentation/RosettaScripts/Filters/Filters-RosettaScripts

• 8.0 Filters

九、xmlObject & RosettaScript: xmlObject如何解决Rosetta历史遗留问题

xmlObject的API总结: https://zhuanlan.zhihu.com/p/58381573

官网资料: https://www.rosettacommons.org/docs/latest/scripting_documentation/RosettaScripts/RosettaScripts

• 9.0 RosettaScript
• 9.1 XmlObject

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