update to application

DESCRIPTION

@@ -16,7 +16,9 @@ Imports:
     dplyr,
     tidyr,
     ggplot2,
-    purrr
+    purrr,
+    shiny,
+    shinydashboard
 Suggests: 
     knitr,
     rmarkdown

NAMESPACE

@@ -4,4 +4,5 @@ export(computeIDGF)
 export(exportIDGF)
 export(importIDGF)
 export(radarIDGF)
+export(runIDGFTool)
 importFrom(magrittr,"%>%")

R/exportIDGF.R

@@ -14,7 +14,7 @@ exportIDGF <- function(IDGFres, outdir = paste0("RES_",Sys.Date())){
   if(!dir.exists(outdir)) {dir.create(outdir, recursive = TRUE)}
 
   s.time <- paste0(strsplit(as.character(Sys.time())," ")[[1]],collapse = "_")
-  time <- paste0(strsplit(s.time,":")[[1]],collapse = "-")
+  time <- Sys.Date()
 
   write.csv2(IDGFres %>% dplyr::select(1:16),paste0(outdir,"/resultats_idgf_",time,".csv"), row.names = FALSE)
 

R/runIDGFTool.R

@@ -0,0 +1,12 @@
+#' Run the shiny App
+#'
+#' @importFrom magrittr %>%
+#' @export
+runIDGFTool <- function() {
+  appDir <- system.file("myApp", package = "IDGF")
+  if (appDir == "") {
+    stop("Could not find example directory. Try re-installing `IDGF`.", call. = FALSE)
+  }
+
+  shiny::runApp(appDir, display.mode = "normal")
+}

README.Rmd

@@ -65,7 +65,7 @@ Dans l'archive (.zip) téléchargée depuis cet espace, se trouvent la présente
 Pour installer le package IDGF ainsi que ses dépendences associées, vous pouvez exécuter dans la console :
 
 ```{r installation local, eval=FALSE}
-remotes::install_local("IDGF.tar.gz")
+remotes::install_local("IDGF_2.0.tar.gz")
 ```
 
 Ceci devrait installer le package ainsi que ses dépendances. Cette opération peut être chronophage si vous n'avez jamais installé de packages R auparavant.
@@ -161,7 +161,25 @@ Veillez à bien placer votre fichier de données dans votre répertoire de trava
 
 # Utilisation de l'applicatif
 
-## Via une interface interactive (*New!*)
+## Via une interface interactive
+
+Afin de simplifier l'utilisation de cet applicatif, une version interactive a également été développée. Pour l'utiliser, il suffit d'exécuter cette commande :
+
+```{r appplication, eval = FALSE}
+library(IDGF) # On vérifie que le package est bien chargé
+runIDGFTool() # Va lancer un applicatif
+```
+
+Un pop-up va alors s'ouvrir comme une seconde page de Rstudio. Il est conseillé d'élargir cette fenêtre en plein écran.
+
+![](man/figures/README-app.png)
+
+A partir de cette interface, il suffit de charger les données à l'aide du bouton de chargement, puis il sera possible de visionner à partir des modules de la barre latérale :
+
+- Les résultats bruts (sous forme de tableau) 
+- Les diagrammes de diagnostic
+
+Enfin, il est possible de télécharger ces résultats sous forme d'archive .zip.
 
 ## Via lignes de code
 

README.md

@@ -101,7 +101,7 @@ Pour installer le package IDGF ainsi que ses dépendences associées, vous
 pouvez exécuter dans la console :
 
 ``` r
-remotes::install_local("IDGF.tar.gz")
+remotes::install_local("IDGF_2.0.tar.gz")
 ```
 
 Ceci devrait installer le package ainsi que ses dépendances. Cette
@@ -229,7 +229,31 @@ dans Session \> Définir le répertoire courant).
 
 # Utilisation de l’applicatif
 
-## Via une interface interactive (*New\!*)
+## Via une interface interactive
+
+Afin de simplifier l’utilisation de cet applicatif, une version
+interactive a également été développée. Pour l’utiliser, il suffit
+d’exécuter cette commande :
+
+``` r
+library(IDGF) # On vérifie que le package est bien chargé
+runIDGFTool() # Va lancer un applicatif
+```
+
+Un pop-up va alors s’ouvrir comme une seconde page de Rstudio. Il est
+conseillé d’élargir cette fenêtre en plein écran.
+
+![](man/figures/README-app.png)
+
+A partir de cette interface, il suffit de charger les données à l’aide
+du bouton de chargement, puis il sera possible de visionner à partir des
+modules de la barre latérale :
+
+  - Les résultats bruts (sous forme de tableau)
+  - Les diagrammes de diagnostic
+
+Enfin, il est possible de télécharger ces résultats sous forme d’archive
+.zip.
 
 ## Via lignes de code
 

inst/myApp/app.R

@@ -0,0 +1,108 @@
+library(shiny)
+library(shinydashboard)
+library(IDGF)
+
+css3 <- HTML("
+.shiny-download-link {width: 100%;text-align: center;}")
+
+## CSS pour la couleur du sidebar
+css2 <- HTML("
+.text {
+    fill: #FFFFFF
+}")
+
+# Define UI for application that draws a histogram
+ui <- dashboardPage(skin = "green",
+
+                    ## Le header
+                    dashboardHeader(title="Applicatif IDGF", titleWidth = 300),
+
+                    ## Le sidebar, avec l'input, des item et subitem
+                    dashboardSidebar(width = 350,h4(
+                                     fileInput("files", "Charger le fichier de données (format excel)", accept = c(".xls",".xlsx",".csv")),
+                                     sidebarMenu(id = "tabs",
+                                                 menuItem("Résultats bruts", tabName = "table", icon = icon("list")),
+                                                 menuItem("Graphiques de diagnostic", tabName = "diagnostic", icon = icon("tachometer"))),
+                                     br(),
+                                     downloadButton("downloadData", "Exporter les résultats"))),
+
+                    dashboardBody(
+                        tags$head(tags$style(css2)),
+                        tags$head(tags$style(css3)),
+                        tabItems(
+                            tabItem(tabName = "diagnostic",
+                                    plotOutput("myplot", height = "900px")),
+                            tabItem(tabName = "table",
+                                    tableOutput("mytable"))
+                        )
+                    )
+
+)
+
+
+# Define server logic required to draw a histogram
+server <- function(input, output) {
+
+    IDGFdata <- eventReactive(input$files, {
+
+    IDGF::importIDGF(input = input$files$datapath)
+
+    })
+
+    ## Production des plots dimension
+    IDGFres <- eventReactive(input$files, {
+
+        IDGFdata() %>% computeIDGF()
+
+    })
+
+    ## Production des diagrammes radar
+    IDGFresrad <- eventReactive(input$files, {
+
+        IDGFres() %>% radarIDGF()
+
+    })
+
+
+    output$myplot <- renderPlot({
+
+        ggpubr::ggarrange(plotlist = IDGFresrad()$plot)
+
+    })
+
+    output$mytable <- renderTable({
+
+    IDGFres()
+
+    })
+
+    output$downloadData <- downloadHandler(
+        filename = "export_IDGF.zip",
+        content = function(file) {
+
+            withProgress(message = "Production des figures en cours........", detail = "Merci de patienter quelques instants", value = 0.2,{
+
+            outdir <- file.path(tempdir(),"results")
+
+            exportIDGF(IDGFresrad(), outdir = outdir)
+
+            setwd(outdir)
+            fs <- file.path(list.files(outdir, recursive = TRUE))
+
+            zip(zipfile = file, files = fs)
+            incProgress(0.8)
+            })
+
+
+
+        }
+        ,contentType = "application/zip"
+    )
+
+
+
+
+}
+
+# Run the application
+shinyApp(ui = ui, server = server)

vignettes/Notice_simplifiee.Rmd

@@ -62,7 +62,7 @@ Dans l'archive (.zip) téléchargée depuis cet espace, se trouvent la présente
 Pour installer le package IDGF ainsi que ses dépendences associées, vous pouvez exécuter dans la console :
 
 ```{r installation local, eval=FALSE}
-remotes::install_local("IDGF.tar.gz")
+remotes::install_local("IDGF_2.0.tar.gz")
 ```
 
 Ceci devrait installer le package ainsi que ses dépendances. Cette opération peut être chronophage si vous n'avez jamais installé de packages R auparavant.
@@ -162,7 +162,27 @@ Veillez à bien placer votre fichier de données dans votre répertoire de trava
 
 # Utilisation de l'applicatif
 
-## Via une interface interactive (*New!*)
+## Via une interface interactive
+
+Afin de simplifier l'utilisation de cet applicatif, une version interactive a également été développée. Pour l'utiliser, il suffit d'exécuter cette commande :
+
+```{r appplication, eval = FALSE}
+library(IDGF) # On vérifie que le package est bien chargé
+runIDGFTool() # Va lancer un applicatif
+```
+
+Un pop-up va alors s'ouvrir comme une seconde page de Rstudio. Il est conseillé d'élargir cette fenêtre en plein écran.
+
+```{r application screen, out.width = "100%", fig.align = "center", echo = FALSE}
+knitr::include_graphics("../man/figures/README-app.png")
+```
+
+A partir de cette interface, il suffit de charger les données à l'aide du bouton de chargement, puis il sera possible de visionner à partir des modules de la barre latérale :
+
+- Les résultats bruts (sous forme de tableau) 
+- Les diagrammes de diagnostic
+
+Enfin, il est possible de télécharger ces résultats sous forme d'archive .zip.
 
 ## Via lignes de code