fix: remove stale WAL/SHM files before pulling new databases

[coji]

Summary

• ops pull-db でDBを取得した後、古い -wal/-shm ジャーナルファイルが残っていると、新しいDBに適用されて "database disk image is malformed" エラーが発生する問題を修正
• バックアップ後・tar展開前に古いDBファイルを全て削除するステップを追加

Test plan

• pnpm ops pull-db -- --app <app> で正常にDBが取得できること
• pull後に -wal/-shm ファイルが残らないこと

🤖 Generated with Claude Code

Summary by CodeRabbit

• バグ修正
  • データベース取得・復元時に事前に既存のデータベース関連ファイル（ジャーナルや付随ファイル含む）を自動削除するようにし、古いジャーナル情報による破損や同期失敗を防止して信頼性を向上しました。

[coderabbitai]

Caution

Review failed

Pull request was closed or merged during review

📝 Walkthrough

Walkthrough

ops/commands/pull-db.ts に事前クリーンアップ手順を追加し、lib/data-dir に新しい公開関数 removeAllDbFiles() を導入。pull/restore コマンドは既存DBファイル（.db/.db-wal/.db-shm）をこの新関数で削除するように切替え、pull の際にはフルパスでサニタイズ関数を呼び出すよう更新された。

Changes

Cohort / File(s)	Summary
データディレクトリユーティリティ ops/lib/data-dir.ts	node:fs と node:path を導入し、export function removeAllDbFiles(): number を追加。DATA_DIR 内の .db, -wal, -shm ファイルを検出して削除し、削除数を返す。
pull-db コマンド ops/commands/pull-db.ts	新しい事前クリーンアップ Step を追加して removeAllDbFiles() を呼び出す。サニタイズ呼び出しにファイル名ではなく DATA_DIR と結合したフルパスを渡すように変更。手順番号とコメントを調整。
restore-db コマンド ops/commands/restore-db.ts	既存の手動削除ロジックを removeAllDbFiles() 呼び出しへ置換。インポートに新関数を追加。制御フロー自体は変更なし。

sequenceDiagram
    autonumber
    actor Operator
    participant CLI as "ops/commands/pull-db.ts"
    participant DataDir as "ops/lib/data-dir.ts\nremoveAllDbFiles()"
    participant FS as "Filesystem (DATA_DIR)"
    participant Remote as "Remote Backup/Storage"

    Operator->>CLI: pull-db 実行
    CLI->>DataDir: removeAllDbFiles()
    DataDir->>FS: scan & delete (*.db, *-wal, *-shm)
    FS-->>DataDir: 削除結果 (count)
    DataDir-->>CLI: 削除数を返す
    CLI->>Remote: 既存バックアップの確認/取得
    Remote-->>CLI: バックアップ転送
    CLI->>FS: 圧縮展開 & sanitizeExportSettings(DATA_DIR/fullpath)
    CLI-->>Operator: 完了ログ/結果

Loading

Estimated code review effort

🎯 3 (Moderate) | ⏱️ ~20 minutes

Possibly related PRs

• feat: add ops CLI with pull-db command #131: 同じ ops/commands/pull-db.ts のワークフローを変更しているため、ファイル衝突や同機能の重複変更の可能性あり。
• improve: speed up pull-db and add restore-db command #187: ops/lib/data-dir.ts と関連コマンドの変更（DATA_DIR ハンドリングや isDbFile 周り）を扱っており、新しい removeAllDbFiles() の導入と強い関連性あり。

Poem

🐰 ちょこっと跳ねて、古いファイルをさらり
WAL と SHM にさよならの一歩✨
新しい pull のために床をきれいにして
ピカピカの DB を迎えるよ 💾
ぴょん、作業完了！お祝いのにんじん🥕

🚥 Pre-merge checks | ✅ 2 | ❌ 1

❌ Failed checks (1 warning)

Check name	Status	Explanation	Resolution
Docstring Coverage	⚠️ Warning	Docstring coverage is 25.00% which is insufficient. The required threshold is 80.00%.	Write docstrings for the functions missing them to satisfy the coverage threshold.

✅ Passed checks (2 passed)

Check name	Status	Explanation
Description Check	✅ Passed	Check skipped - CodeRabbit’s high-level summary is enabled.
Title check	✅ Passed	PRのタイトルは「fix: remove stale WAL/SHM files before pulling new databases」で、変更内容の主要な目的と完全に一致しています。古いWAL/SHMファイルを削除するステップを追加することが、このPRの中心的な変更であり、タイトルはそれを明確かつ簡潔に表現しています。

_{✏️ Tip: You can configure your own custom pre-merge checks in the settings.}

✨ Finishing Touches

📝 Generate docstrings

• Create stacked PR
• Commit on current branch

🧪 Generate unit tests (beta)

• Create PR with unit tests
• Commit unit tests in branch fix/pull-db-stale-wal

📝 Coding Plan

• Generate coding plan for human review comments

---

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[coderabbitai]

🧹 Nitpick comments (1)

ops/commands/pull-db.ts (1)

148-154: LGTM! WAL/SHMファイルのクリーンアップは適切に実装されています。

実装は正しく、PRの目的（stale WAL journalによるDBの破損防止）を達成しています。isDbFileプレディケートは.db、.db-wal、.db-shmを正しくマッチし、バックアップ後・プル前の適切なタイミングで削除されています。

オプションの提案：削除したファイル数をログに出力すると、デバッグ時に役立つかもしれません。

🔧 削除ログを追加する場合

   // Step 1.5: Remove old DB files (including -wal/-shm) to prevent
   // stale WAL journals from corrupting newly pulled databases
   const oldDbFiles = fs.readdirSync(DATA_DIR).filter(isDbFile)
   for (const file of oldDbFiles) {
     fs.unlinkSync(path.join(DATA_DIR, file))
   }
+  if (oldDbFiles.length > 0) {
+    consola.info(`Removed ${oldDbFiles.length} old database file(s)`)
+  }

🤖 Prompt for AI Agents

Verify each finding against the current code and only fix it if needed.

In `@ops/commands/pull-db.ts` around lines 148 - 154, Add a debug/info log after
removing old DB files to report how many files were deleted: after computing
oldDbFiles (the array filtered by isDbFile against DATA_DIR) and performing the
fs.unlinkSync removal loop, call the repository/process logger to emit a message
including oldDbFiles.length and optionally list the filenames; reference
oldDbFiles, isDbFile, DATA_DIR, and the existing unlink loop so the log is
placed immediately after the deletions.

🤖 Prompt for all review comments with AI agents

Verify each finding against the current code and only fix it if needed.

Nitpick comments:
In `@ops/commands/pull-db.ts`:
- Around line 148-154: Add a debug/info log after removing old DB files to
report how many files were deleted: after computing oldDbFiles (the array
filtered by isDbFile against DATA_DIR) and performing the fs.unlinkSync removal
loop, call the repository/process logger to emit a message including
oldDbFiles.length and optionally list the filenames; reference oldDbFiles,
isDbFile, DATA_DIR, and the existing unlink loop so the log is placed
immediately after the deletions.

---

ℹ️ Review info

⚙️ Run configuration

Configuration used: Organization UI

Review profile: CHILL

Plan: Pro

Run ID: 27792f12-c843-4302-8435-bafb05a662f6

📥 Commits

Reviewing files that changed from the base of the PR and between ab81f5f and 6665077.

📒 Files selected for processing (1)

• ops/commands/pull-db.ts