Hackaton reproductibilité

Ce projet est réalisé dans le cadre d'une Unité d'enseignement du Master 2 AMI2B de l'université de Paris-Saclay : ANALYSE, MODÉLISATION ET INGÉNIERIE DE L'INFORMATION BIOLOGIQUE ET MÉDICALE

But du projet

Ce projet vise à reproduire certains résultats issus de cet article. Les résultats à reproduire sont une analyse d'expression différentielle de S. aureus dans 2 conditions de stress différentes.

Pour cela nous allons utiliser des outils de bio-informatique pour l'analyse de donnée de séquençage à haut-débit en tentant de rendre tout cela
le plus reproductible possible avec l'utilisation du framework Nextflow et Docker.

Configuration utilisée pour l'analyse / Pré-requis

Il est nécessaire d'avoir une version stable de Nextflow, dans notre cas nous avons utilisé la version 24.10.2.

Il est également nécessaire d'avoir Docker, la version que nous avons utilisé est la 27.3.1 mais toute version permettant l'utilisation de Dockerhub est suffisante.

Ensuite il faut activer l'environnement avec Nextflow et Docker, ici nous utilisons un environnement appelé nextflow contenant ces deux outils :

conda activate nextflow

Une installation en local de nextflow et docker est également possible mais l'utilisation de conda reste la plus simple et efficace. ( Référence d'installation nextflow)

Utilisation du workflow

Pour utiliser le workflow il suffit de copier le repertoire en local :

git clone https://github.com/Tikings/reprohackaton.git
cd reprohackaton

Lancer l'envrionnement conda contenant nextflow et docker, et lancer la commande :

nextflow run -c Nextflow/nextflow.config Nextflow/process.nf

En cas d'arrêt au cours de l'execution du workflow, il est possible de relancer le process avec la commande :

nextflow run -c Nextflow/nextflow.config Nextflow/process.nf -resume

Sorties du workflow

Une fois le workflow terminé, on se retrouve avec 2 nouveaux dossier :

• ./results : Un dossier contenant Les figures produites par le script R ainsi de le fichier de comptage issue du prétraitement des données
• ./reports : Une dossier contenant un rapport des processus du workflow (durée de chaque processus, utilisation de la mémoire)

Les images produites sont les suivantes :

• Image 1 prenant en compte tous les gènes :

Qui est associée à cette figure dans le papier :

• Image 2 prenant en compte les gènes associés aux pathways associés à la traduction : associé à cette figure dans le papier :

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Rapport

Le rapport détaillé de la mise en place du workflow est contenu dans le rapport disponible ici et une explication détaillée du workflow est donnée dans le wiki