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同时提供官方 fixed 与 automated 两种完整流程：真实图/embedding 路径、ontology、七方面细化、科学批评、建模/合成方案、独立文献新颖性/可行性判断及输出。
参考版本：上游 c5c30451b29c。完整能力对应关系见 CAPABILITIES.json，Agent 必须执行的协议见 Skill。阶段依赖的原始 prompt、算法与工具是执行规范，不能只读角色名称后自行简化流程。
本目录仅提供静态流程文件与资源。Web 用户按手动使用说明导出副本，再通过主页通用 JSON 导入入口查看和使用；补全需求与真实网关后自行启动。SDK 运行见 SDK 分支指南。
本例使用 main 的项目共享工作区，关闭 Agent Git 协作；通过网页上传 Task 输入。按统一使用说明为各角色选择网关、已安装 Harness、可用模型和思考选项，不会隐式导入 SDK profile 或 bindings。保留方法对模型家族、角色和实验协议的要求；任务工具所需的数据、代码与算力须实际准备。
旧 reasoningEffort 已从 workflow 移除；原配置的 high 表达思考深度意图，不代表任意模型都有同名选项。启动前须按具体网关的 modelReasoning 能力配置选择真实 gatewayReasoningOption，或在适用的可信原生 profile 中配置并验证；不预填臆造 optionId，不统一覆盖原模型或家族。配置校验不代表思考深度、模型、工具或科研环境已验收。
GraphReasoning、真实图和节点 embeddings、对应 embedding 模型/tokenizer、Semantic Scholar 检索、Markdown/PDF 工具。需求选择 fixed 或 automated，默认 automated。
SCIENCEEVOLVE Main 替换顺序 AG2 GroupChatManager，保留原角色 prompt、共享有序 transcript、speaker 选择、50 次发言与嵌套 10-turn/3-query 评估规则。fixed 保留其原顺序，不人为附加另一模式的步骤。
模型/Harness 可按实际网关调整；ARIS 须保持作者与 reviewer 不同已知家族。缺必需能力时停在对应阶段并报告阻断，不能减少候选、跳过实验、改评分/停止规则后宣称完整执行。原上游明确可配置或可选的分支按用户配置执行；记录实际参数，不能把未运行分支写成已完成。
Task 是被研究或优化的对象及其反馈环境；research workflow 负责研究决策。本例为单层闭环，关闭流程自修改，不添加 Evolver，也不把 Task 内部 Agent 当作额外研究角色。
核对记录逐项说明保留能力、执行提供者与验证方式。离线验证包含配置、上游文件哈希和关键算法/交接协议；未调用真实科研模型、GPU 实验、付费远程服务或湿实验。因此本例交付的是完整流程配置与执行协议，尚无真实端到端科研运行验收记录，不能据此声称论文结果已复现。运行后须保存全部实际证据，再验收这一次研究任务。
通过主页通用 JSON 导入入口查看的实际前端截图；仅展示配置，未连接模型或执行研究。节点较多时，请导入 JSON 后缩放阅读。
