RNA-seq-Analyzation

本專案收錄 RNA-seq 差異表達結果的視覺化腳本，主要比較 Ctrl 與 Fer-Sup. 樣本，並產生：

• 差異基因 Z-score heatmap 資料
• DAVID GO Biological Process dot plots
• Efferocytosis gene-panel heatmaps
• KEGG efferocytosis pathway heatmaps
• MGI / GO lysosome gene-panel heatmaps

本 repository 著重於差異分析後的資料整理與作圖，不包含 FASTQ preprocessing、alignment、read counting 或 DESeq2 建模流程。

分析流程

RNA-seq differential-expression table
        │
        ├── log2(CPM + 1) → gene-wise Z-score → heatmap gene lists
        ├── Up / Down genes → DAVID → GO BP dot plots
        ├── Efferocytosis gene panel → heatmap
        ├── KEGG mmu04148 gene set → heatmap
        └── MGI + GO:0005764 lysosome gene set → heatmap

檔案說明

檔案	功能
0.1 Package Version.Rmd	檢查、安裝並輸出 R package versions。
01_generate_heatmap_genes(可放在論文版本.Rmd.Rmd	讀取 CPM 與差異表達結果，計算 gene-wise Z-score，並輸出全部、上調及下調基因表。
02_GO(DAVID)_BP_DotPolt.Rmd.Rmd	讀取 DAVID Biological Process 結果，繪製 Up / Down gene Top 10 dot plots。
02_geneset_overlap_on01_HeatMap.Rmd.Rmd	預留的 gene-set overlap 腳本，目前為空檔。
03_EfferocytosisGenePanel_HeatMap.Rmd.Rmd	使用自訂 efferocytosis gene panel 繪製 Z-score heatmap。
04_KEGG_EfferocytosisGenePanel_HeatMap.Rmd	由 KEGG mmu04148 gene set 建立 efferocytosis heatmap。
04.1_KEGG_EfferocytosisGenePanel_SD(filtered)_HeatMap.Rmd	加入 replicate SD stability filter 的 KEGG efferocytosis heatmap。
05_MGI&GO_LysosomeGenePanel_HeatMap.Rmd	整合 MGI 與 GO lysosome gene set，產生完整 lysosome heatmap。
05.1_MGI&GO_LysosomeGenePanel_padj(filtered)_HeatMap.Rmd	只保留 padj ≤ 0.05 的 lysosome genes 後繪圖。

R packages

install.packages(c(
  "tidyverse",
  "readxl",
  "readr",
  "pheatmap",
  "showtext",
  "xml2",
  "writexl"
))

輸入資料

主要輸入檔為 Heatmap_RawData.xlsx，至少需要以下欄位：

symbol, log2FoldChange, pvalue, padj, baseMean,
CPM (Ctrl_REP1), CPM (Ctrl_REP2), CPM (Ctrl_REP3),
CPM (Tam_REP1), CPM (Tam_REP2), CPM (Tam_REP3)

部分分析另外需要：

• DAVID_BP_UP.csv 與 DAVID_BP_Down.csv
• KEGG efferocytosis KGML：mmu04148.xml
• GO lysosome gene set：lysosome_GeneSet_GO0005764.xlsx
• MGI reference：MGI_Lysosome_GeneSet.xlsx

上述資料檔目前未包含在 repository 中。

使用方式

1. 下載專案

git clone https://github.com/Joshuaaaa-87/RNA-seq-Analyzation.git
cd RNA-seq-Analyzation

2. 修改路徑

腳本目前使用作者電腦上的絕對路徑。執行前請修改 raw_path、go_path、mgi_path、out_dir 與各個 read_excel() / read_csv() 路徑。

3. 建立 heatmap 資料

先執行：

01_generate_heatmap_genes(可放在論文版本.Rmd.Rmd

此步驟會對 CPM 執行 log2(CPM + 1) 與 gene-wise Z-score，同名 gene 保留 baseMean 最大的一筆，並輸出 Up / Down gene tables。

4. 執行 GO 與 gene-panel 圖表

• 將 Up / Down gene lists 上傳 DAVID，下載 BP 結果後執行 02_GO(DAVID)_BP_DotPolt.Rmd.Rmd。
• 自訂 efferocytosis panel 使用 03_EfferocytosisGenePanel_HeatMap.Rmd.Rmd。
• KEGG efferocytosis panel 使用 04_*.Rmd。
• Lysosome panel 使用 05_*.Rmd。

注意事項

1. 所有 heatmaps 使用每個 gene 橫跨 6 個樣本的 Z-score。
2. Ctrl 與程式中的 Tam CPM 欄位在圖中標示為 Ctrl 與 Fer-Sup.，請確認名稱符合實際實驗設計。
3. 部分腳本依賴先前 R session 中建立的物件或自訂函式，例如 mat_strict、df_z_uniq 與 extract_kegg_genes_from_kgml()；目前 repository 未完整提供其建立流程。
4. 建議在 RStudio 中逐區塊執行並檢查中間結果，不建議直接一次 render 全部檔案。
5. 此 repository 未附原始資料、DAVID 結果、KEGG KGML、MGI/GO tables 或 package lockfile。

License

本 repository 目前未提供 LICENSE 檔案；若要修改或散布，請先向作者確認授權方式。