MI-Lab-E05-Data-Analysis

Installation

Terminal im Ordner Setup öffnen und docker-compose up ausführen.

Browser

Nachdem TranSMART mit Docker Installiert wurde ist die Oberfläche im Browser unter http://localhost:80 verfügbar. Die Anmeldedaten sind: user: admin password: admin

Studienimport

Import von Studie "MIMIC" für die Übung nach TranSMART. Kann erst importiert werden, wenn die Docker Container stehen.

Studiendaten kopieren

Kopieren des MIMIC Ordner unter /Material/MIMIC in das Volume. Der Ordner wird mit Hilfe eines weiteren Docker Images Busybox kopiert. Der Container hat deswegen Zugang zum Volume. Öffnen Sie den Terminal im Ordner Material und führen sie folgendes aus:

1. docker run -v tm_umg_tm_opt:/data --name helper busybox true
2. docker cp ./MIMIC helper:/data
3. docker rm helper

Das Volume sollte nun den MIMIC Ordner beinhalten. Siehe Volume in Docker Desktop:

Import

Wenn der Ordner mit Daten in das Volume kopiert wurde, dann führen Sie in einem Terminal folgendes aus: docker-compose exec tmbatch /opt/git/transmart-batch/transmart-batch.jar -c /opt/git/transmart-batch/batchdb.properties -n -p /opt/MIMIC/clinical.params Docker Desktop: Dies kann auch direkt in Docker Desktop ausgeführt werden.

1. Klicken Sie auf den Container tm-batch und wähhlen Sie den Reiter "Exec":
2. Führen Sie folgendes aus: /opt/git/transmart-batch/transmart-batch.jar -c /opt/git/transmart-batch/batchdb.properties -n -p /opt/MIMIC/clinical.params

Nun sollte die Studie MIMIC in TranSMART importiert worden sein.