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docs/environmental_variables.html

@@ -241,14 +241,15 @@ <h1 class="title"><span id="sec-env" class="quarto-section-identifier d-none d-l
 
 <section id="connaissances-sur-lhabitat-des-plumes-de-mer" class="level2 page-columns page-full">
 <h2 class="anchored" data-anchor-id="connaissances-sur-lhabitat-des-plumes-de-mer">Connaissances sur l’habitat des plumes de mer</h2>
-<p>Les connaissances sur l’habitat de la plume de mer dans le golfe du Saint-Laurent sont limitées à ce jour. Les travaux de <span class="citation" data-cites="kenchington2016">Kenchington et al. (<a href="references.html#ref-kenchington2016" role="doc-biblioref">n.d.</a>)</span> ont délimité des zones d’importances pour la plume de mer est élevées avec la méthode du noyau. Ces zones où la concentration de plumes de mer est particulièrement élevée se situent le long du Chenal Laurentien <a href="#fig-zones-sea-pens">Figure&nbsp;<span>1</span></a>.</p>
+<p>Les connaissances sur l’habitat de la plume de mer dans le golfe du Saint-Laurent sont limitées à ce jour. Les travaux de <span class="citation" data-cites="kenchington2016">Kenchington et al. (<a href="references.html#ref-kenchington2016" role="doc-biblioref">2016</a>)</span> ont délimité des zones d’importances pour la plume de mer est élevées avec la méthode du noyau. Ces zones où la concentration de plumes de mer est particulièrement élevée se situent le long du Chenal Laurentien <a href="#fig-zones-sea-pens">Figure&nbsp;<span>1</span></a>.</p>
 <div id="fig-zones-sea-pens" class="quarto-figure quarto-figure-center anchored page-columns page-full">
 <figure class="figure page-columns page-full">
 <p><img src="figures/sea_pens_areas.png" class="img-fluid figure-img"></p>
-<p></p><figcaption class="figure-caption margin-caption">Figure&nbsp;1: Zones de concentration significative de plumes de mer dans le golfe du Saint-Laurent identifiées par <span class="citation" data-cites="kenchington2016">Kenchington et al. (<a href="references.html#ref-kenchington2016" role="doc-biblioref">n.d.</a>)</span></figcaption><p></p>
+<p></p><figcaption class="figure-caption margin-caption">Figure&nbsp;1: Zones de concentration significative de plumes de mer dans le golfe du Saint-Laurent identifiées par <span class="citation" data-cites="kenchington2016">Kenchington et al. (<a href="references.html#ref-kenchington2016" role="doc-biblioref">2016</a>)</span></figcaption><p></p>
 </figure>
 </div>
-<p>Ces polygones ont été complémentés par les modèles d’espèces réalisés par <span class="citation" data-cites="murillo2016">Murillo et al. (<a href="references.html#ref-murillo2016" role="doc-biblioref">2016</a>)</span>. Les modèles basés sur des arbres décisionnels ont permis d’identifier la salinité et la température des eaux de fond ainsi que la profondeur comme variables les plus importantes pour la prédiction de la présence de plumes de mer <span class="citation" data-cites="murillo2016">Murillo et al. (<a href="references.html#ref-murillo2016" role="doc-biblioref">2016</a>)</span>. La productivité primaire et la température des eaux de surface sont quant à elles les deux variables les plus importantes à la prédiction de la biomasse de plume de mer <span class="citation" data-cites="murillo2016">Murillo et al. (<a href="references.html#ref-murillo2016" role="doc-biblioref">2016</a>)</span>. D’autres modèles de distribution de la plume de mer ont également été réalisés pour complémenter les travaux de <span class="citation" data-cites="kenchington2016">Kenchington et al. (<a href="references.html#ref-kenchington2016" role="doc-biblioref">n.d.</a>)</span>. Ces modèles visent la région des Maritimes <span class="citation" data-cites="beazley2016a">(<a href="references.html#ref-beazley2016a" role="doc-biblioref">Beazley, Kenchington, et al. 2016</a>)</span>, les plates-formes de Terre-Neuve et du Labrador <span class="citation" data-cites="guijarro2016">(<a href="references.html#ref-guijarro2016" role="doc-biblioref">Guijarro et al. 2016</a>)</span> et l’est de l’Arctique <span class="citation" data-cites="beazley2016b">(<a href="references.html#ref-beazley2016b" role="doc-biblioref">Beazley, Murillo, et al. 2016</a>)</span>. La profondeur est une variable importante à la prédiction de la présence de la plume de mer dans ces trois régions <span class="citation" data-cites="beazley2016a beazley2016b guijarro2016">(<a href="references.html#ref-beazley2016a" role="doc-biblioref">Beazley, Kenchington, et al. 2016</a>; <a href="references.html#ref-beazley2016b" role="doc-biblioref">Beazley, Murillo, et al. 2016</a>; <a href="references.html#ref-guijarro2016" role="doc-biblioref">Guijarro et al. 2016</a>)</span>, alors que l’étendue des valeus de salinité des eaux de fond s’est également avérée importante pour le modèle de la région de l’Arctique&nbsp;<span class="citation" data-cites="guijarro2016">(<a href="references.html#ref-guijarro2016" role="doc-biblioref">Guijarro et al. 2016</a>)</span>.</p>
+<p>Ces polygones ont été complémentés par les modèles d’espèces réalisés par <span class="citation" data-cites="murillo2016">Murillo et al. (<a href="references.html#ref-murillo2016" role="doc-biblioref">2016</a>)</span>. Les modèles basés sur des arbres décisionnels ont permis d’identifier la salinité et la température des eaux de fond ainsi que la profondeur comme variables les plus importantes pour la prédiction de la présence de plumes de mer <span class="citation" data-cites="murillo2016">Murillo et al. (<a href="references.html#ref-murillo2016" role="doc-biblioref">2016</a>)</span>. La productivité primaire et la température des eaux de surface sont quant à elles les deux variables les plus importantes à la prédiction de la biomasse de plume de mer <span class="citation" data-cites="murillo2016">Murillo et al. (<a href="references.html#ref-murillo2016" role="doc-biblioref">2016</a>)</span>.</p>
+<p>D’autres modèles de distribution de la plume de mer ont également été réalisés pour complémenter les travaux de <span class="citation" data-cites="kenchington2016">Kenchington et al. (<a href="references.html#ref-kenchington2016" role="doc-biblioref">2016</a>)</span>. Ces modèles visent la région des Maritimes <span class="citation" data-cites="beazley2016a">(<a href="references.html#ref-beazley2016a" role="doc-biblioref">Beazley, Kenchington, et al. 2016</a>)</span>, les plates-formes de Terre-Neuve et du Labrador <span class="citation" data-cites="guijarro2016">(<a href="references.html#ref-guijarro2016" role="doc-biblioref">Guijarro et al. 2016</a>)</span> et l’est de l’Arctique <span class="citation" data-cites="beazley2016b">(<a href="references.html#ref-beazley2016b" role="doc-biblioref">Beazley, Murillo, et al. 2016</a>)</span>. La profondeur est une variable importante à la prédiction de la présence de la plume de mer dans ces trois régions <span class="citation" data-cites="beazley2016a beazley2016b guijarro2016">(<a href="references.html#ref-beazley2016a" role="doc-biblioref">Beazley, Kenchington, et al. 2016</a>; <a href="references.html#ref-beazley2016b" role="doc-biblioref">Beazley, Murillo, et al. 2016</a>; <a href="references.html#ref-guijarro2016" role="doc-biblioref">Guijarro et al. 2016</a>)</span>, alors que l’étendue des valeus de salinité des eaux de fond s’est également avérée importante pour le modèle de la région de l’Arctique&nbsp;<span class="citation" data-cites="guijarro2016">(<a href="references.html#ref-guijarro2016" role="doc-biblioref">Guijarro et al. 2016</a>)</span>.</p>
 <p>Nous nous sommes également fiés sur d’autres études portant sur la distribution et l’habitat de la plume de mer ailleurs dans le monde afin d’élaborer la liste de variables environnementales à utiliser avec nos modèles. La <a href="#tbl-studies">Table&nbsp;<span>1</span></a> présente un résumé de ces études avec les taxons visés, l’aire d’étude et les variables les plus importantes pour la prédiction de la présence de la plume de mer.</p>
 <div id="tbl-studies" class="anchored">
 <table class="table">
@@ -329,10 +330,10 @@ <h3 class="anchored" data-anchor-id="surface">Surface</h3>
 
 <div id="refs" class="references csl-bib-body hanging-indent" role="doc-bibliography" style="display: none">
 <div id="ref-beazley2016a" class="csl-entry" role="doc-biblioentry">
-Beazley, L, E Kenchington, F. J. Murillo, C Lirette, J Guijarro, A McMillan, and A Knudby. 2016. <span>“Species <span>Distribution Modelling</span> of <span>Corals</span> and <span>Sponges</span> in the <span>Maritimes Region</span> for <span>Use</span> in the <span>Identification</span> of <span>Significant Benthic Areas</span>.”</span> <em>Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences</em>, no. 3172: vi + 189.
+Beazley, L, E Kenchington, F. J. Murillo, C Lirette, J Guijarro, A McMillan, and A Knudby. 2016. <span>“Species <span>Distribution Modelling</span> of <span>Corals</span> and <span>Sponges</span> in the <span>Maritimes Region</span> for <span>Use</span> in the <span>Identification</span> of <span>Significant Benthic Areas</span>.”</span> <em>Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences</em>, no. 3172: vi + 189p.
 </div>
 <div id="ref-beazley2016b" class="csl-entry" role="doc-biblioentry">
-Beazley, L, F. J. Murillo, E Kenchington, J Guijarro, C Lirette, T Siferd, M Treble, E Baker, M Bouchard Marmen, and G Tompkins MacDonald. 2016. <span>“Species <span>Distribution Modelling</span> of <span>Corals</span> and <span>Sponges</span> in the <span>Eastern Arctic</span> for <span>Use</span> in the <span>Identification</span> of <span>Significant Benthic Areas</span>.”</span> <em>Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences</em> 3175: vii + 210.
+Beazley, L, F. J. Murillo, E Kenchington, J Guijarro, C Lirette, T Siferd, M Treble, E Baker, M Bouchard Marmen, and G Tompkins MacDonald. 2016. <span>“Species <span>Distribution Modelling</span> of <span>Corals</span> and <span>Sponges</span> in the <span>Eastern Arctic</span> for <span>Use</span> in the <span>Identification</span> of <span>Significant Benthic Areas</span>.”</span> <em>Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences</em> 3175: vii + 210p.
 </div>
 <div id="ref-downie2021" class="csl-entry" role="doc-biblioentry">
 Downie, Anna-Leena, Tamsyn Noble-James, Ana Chaverra, and Kerry L. Howell. 2021. <span>“Predicting Sea Pen (<span>Pennatulacea</span>) Distribution on the <span>UK</span> Continental Shelf: Evidence of Range Modification by Benthic Trawling.”</span> <em>Marine Ecology Progress Series</em> 670 (July): 75–91. <a href="https://doi.org/10.3354/meps13744">https://doi.org/10.3354/meps13744</a>.
@@ -341,13 +342,13 @@ <h3 class="anchored" data-anchor-id="surface">Surface</h3>
 Greathead, C., J. M. González-Irusta, J. Clarke, P. Boulcott, L. Blackadder, A. Weetman, and P. J. Wright. 2015. <span>“Environmental Requirements for Three Sea Pen Species: Relevance to Distribution and Conservation.”</span> <em>ICES Journal of Marine Science</em> 72 (2): 576–86. <a href="https://doi.org/10.1093/icesjms/fsu129">https://doi.org/10.1093/icesjms/fsu129</a>.
 </div>
 <div id="ref-guijarro2016" class="csl-entry" role="doc-biblioentry">
-Guijarro, J, L Beazley, C Lirette, E Kenchington, V Wareham, K Gilkinson, M Koen-Alonso, and F. J. Murillo. 2016. <span>“Species <span>Distribution Modelling</span> of <span>Corals</span> and <span>Sponges</span> from <span>Research Vessel Survey Data</span> in the <span>Newfoundland</span> and <span>Labrador Region</span> for <span>Use</span> in the <span>Identification</span> of <span>Significant Benthic Areas</span>.”</span> <em>Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences</em> 3171.
+Guijarro, J, L Beazley, C Lirette, E Kenchington, V Wareham, K Gilkinson, M Koen-Alonso, and F. J. Murillo. 2016. <span>“Species <span>Distribution Modelling</span> of <span>Corals</span> and <span>Sponges</span> from <span>Research Vessel Survey Data</span> in the <span>Newfoundland</span> and <span>Labrador Region</span> for <span>Use</span> in the <span>Identification</span> of <span>Significant Benthic Areas</span>.”</span> <em>Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences</em> 3171: vi + 126p.
 </div>
 <div id="ref-gullage2017" class="csl-entry" role="doc-biblioentry">
 Gullage, Lauren, Rodolphe Devillers, and Evan Edinger. 2017. <span>“Predictive Distribution Modelling of Cold-Water Corals in the <span>Newfoundland</span> and <span>Labrador</span> Region.”</span> <em>Marine Ecology Progress Series</em> 582 (November): 57–77. <a href="https://doi.org/10.3354/meps12307">https://doi.org/10.3354/meps12307</a>.
 </div>
 <div id="ref-kenchington2016" class="csl-entry" role="doc-biblioentry">
-Kenchington, E, L Beazley, C Lirette, F J Murillo, J Guijarro, V Wareham, K Gilkinson, et al. n.d. <span>“Delineation of <span>Coral</span> and <span>Sponge Significant Benthic Areas</span> in <span>Eastern Canada Using Kernel Density Analyses</span> and <span>Species Distribution Models</span>.”</span>
+Kenchington, E, L Beazley, C Lirette, F J Murillo, J Guijarro, V Wareham, K Gilkinson, et al. 2016. <span>“Delineation of <span>Coral</span> and <span>Sponge Significant Benthic Areas</span> in <span>Eastern Canada Using Kernel Density Analyses</span> and <span>Species Distribution Models</span>.”</span> <em>DFO Canadian Science Advisory Secretariat Research Document</em> 2016/093: vi + 178p.
 </div>
 <div id="ref-murillo2016" class="csl-entry" role="doc-biblioentry">
 Murillo, F J, E Kenchington, L Beazley, C Lirette, A Knudby, J Guijarro, H Benoît, H Bourdages, and B Sainte-Marie. 2016. <span>“Distribution <span>Modelling</span> of <span>Sea Pens</span>, <span>Sponges</span>, <span>Stalked Tunicates</span> and <span>Soft Corals</span> from <span>Research Vessel Survey Data</span> in the <span>Gulf</span> of <span>St</span>. <span>Lawrence</span> for <span>Use</span> in the <span>Identification</span> of <span>Significant Benthic Areas</span>.”</span> <em>Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences</em>, no. 3170: vi + 132.

docs/index.html

@@ -7,7 +7,7 @@
 <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0, user-scalable=yes">
 
 <meta name="author" content="Vincent Bellavance">
-<meta name="dcterms.date" content="2023-02-08">
+<meta name="dcterms.date" content="2023-03-16">
 
 <title>Exploration of Sea Pens Data</title>
 <style>
@@ -218,7 +218,7 @@ <h1 class="title d-none d-lg-block">Exploration of Sea Pens Data</h1>
     <div>
     <div class="quarto-title-meta-heading">Published</div>
     <div class="quarto-title-meta-contents">
-      <p class="date">February 8, 2023</p>
+      <p class="date">March 16, 2023</p>
     </div>
   </div>
 
@@ -230,28 +230,28 @@ <h1 class="title d-none d-lg-block">Exploration of Sea Pens Data</h1>
 
 <section id="introduction" class="level1 unnumbered">
 <h1 class="unnumbered">Introduction</h1>
-<p>Ce rapport a pour but de documenter l’avancement sur le projet d’identification des habitats potentiels de plumes de mer dans l’estuaire maritime et le golfe du Saint-Laurent. Il se décline en trois parties:</p>
+<p>Ce rapport a pour but de documenter l’avancement sur le projet d’identification de l’habitat potentiel de la plume de mer dans l’estuaire maritime et le golfe du Saint-Laurent. Il se décline en trois parties:</p>
 <ul>
 <li><p><a href="./sea_pens_occurrence_data.html">Les données d’occurrence de plumes de mer</a></p>
 <ul>
-<li>Cette partie présente:
-<ul>
 <li>Sources des données</li>
 <li>Traitement des données</li>
 <li>Cartes des occurrence pour chaque espèce</li>
 </ul></li>
-</ul></li>
 <li><p><a href="./environmental_variables.html">Les variables environnementales</a></p>
 <ul>
-<li>Cette partie sert à présenter les variables environnementales potentielles à utiliser dans les modèles.</li>
-<li>J’ai fait la liste de quelques articles avec la liste de variables environnementales qui pourraient être d’intérêt.</li>
-<li>Je présente ensuite les différentes données que j’ai jusqu’à présent.</li>
-<li>Le but ici est de voir si certaines données sont inutiles ou si d’autres types de données devraient être ajoutées.</li>
+<li>Variables environnementales potentielles à utiliser dans les modèles.</li>
+<li>Liste d’articles sur la distribution de la plume de mer avec la liste de variables environnementales associées à sa présence.</li>
+<li>Liste des données à considérer pour la modélisation de l’habitat potentiel de la plume de mer dans l’estuaire et le golfe du Saint-Laurent.</li>
 </ul></li>
-<li><p><a href="./species_distribution_modelling.html">La modélisation des habitats potentielles</a></p>
+<li><p><a href="./species_distribution_modelling.html">La modélisation de l’habitat potentiel</a></p>
 <ul>
-<li>Cette partie est en construction.</li>
-<li>Elle servira à présenter les idées de modèles à utiliser en plus de résultats prélliminaires</li>
+<li>Modèles choisies pour les données de:
+<ul>
+<li>Présences-absences,</li>
+<li>Biomasse.</li>
+</ul></li>
+<li>Outil utiliser pour construire les modèles.</li>
 </ul></li>
 </ul>
 

docs/references.html

@@ -240,7 +240,7 @@ <h1 class="title d-none d-lg-block">References</h1>
 <span>Maritimes Region</span> for <span>Use</span> in the
 <span>Identification</span> of <span>Significant Benthic
 Areas</span>.”</span> <em>Canadian Technical Report of Fisheries and
-Aquatic Sciences</em>, no. 3172: vi + 189.
+Aquatic Sciences</em>, no. 3172: vi + 189p.
 </div>
 <div id="ref-beazley2016b" class="csl-entry" role="doc-biblioentry">
 Beazley, L, F. J. Murillo, E Kenchington, J Guijarro, C Lirette, T
@@ -249,7 +249,7 @@ <h1 class="title d-none d-lg-block">References</h1>
 <span>Corals</span> and <span>Sponges</span> in the <span>Eastern
 Arctic</span> for <span>Use</span> in the <span>Identification</span> of
 <span>Significant Benthic Areas</span>.”</span> <em>Canadian Technical
-Report of Fisheries and Aquatic Sciences</em> 3175: vii + 210.
+Report of Fisheries and Aquatic Sciences</em> 3175: vii + 210p.
 </div>
 <div id="ref-downie2021" class="csl-entry" role="doc-biblioentry">
 Downie, Anna-Leena, Tamsyn Noble-James, Ana Chaverra, and Kerry L.
@@ -284,7 +284,7 @@ <h1 class="title d-none d-lg-block">References</h1>
 the <span>Newfoundland</span> and <span>Labrador Region</span> for
 <span>Use</span> in the <span>Identification</span> of <span>Significant
 Benthic Areas</span>.”</span> <em>Canadian Technical Report of Fisheries
-and Aquatic Sciences</em> 3171.
+and Aquatic Sciences</em> 3171: vi + 126p.
 </div>
 <div id="ref-gullage2017" class="csl-entry" role="doc-biblioentry">
 Gullage, Lauren, Rodolphe Devillers, and Evan Edinger. 2017.
@@ -302,10 +302,11 @@ <h1 class="title d-none d-lg-block">References</h1>
 </div>
 <div id="ref-kenchington2016" class="csl-entry" role="doc-biblioentry">
 Kenchington, E, L Beazley, C Lirette, F J Murillo, J Guijarro, V
-Wareham, K Gilkinson, et al. n.d. <span>“Delineation of
+Wareham, K Gilkinson, et al. 2016. <span>“Delineation of
 <span>Coral</span> and <span>Sponge Significant Benthic Areas</span> in
 <span>Eastern Canada Using Kernel Density Analyses</span> and
-<span>Species Distribution Models</span>.”</span>
+<span>Species Distribution Models</span>.”</span> <em>DFO Canadian
+Science Advisory Secretariat Research Document</em> 2016/093: vi + 178p.
 </div>
 <div id="ref-lindgren2011" class="csl-entry" role="doc-biblioentry">
 Lindgren, Finn, Håvard Rue, and Johan Lindström. 2011. <span>“An