使用 think-builder 生成代码之后的目录结构与 ThinkPHP v5 的标准目录结构 是有一定区别的。 具体变化如下：
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若系统存在一个应用（application)，则在 tp5 标准目录结构中，存在 application 作为默认应用的目录结构， 而 tb 则把所有的应用放在 applications 目录下，则生成的应用目录在 /applications/application 下。
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tp5 标准目录结构中，应用的命名空间与应用所在的目录结构可以不同，例如 application 的命名空间为 app，代码可以是在 /application 目录下； 而在 tb 中，生成的应用目录名称与应用的命名空间保持一致，则生成的应用目录应该是 /applications/app。
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tp5 标准目录结构的 runtime 目录默认是在整个系统的根目录下； 而 tb 中根据应用生成的规则，自动生成在 /applications/runtime 目录下。
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tb 生成的目录中，并未包含 think 命令。
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tp5 标准目录结构，tp5 框架代码放在 /thinkphp 目录下； 而 tb 中把框架与其他 composer 包一视同仁，也就是框架代码在 /vendor/topthink/framework 目录下。
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tb 相比 tp5 增加存放生成的 SQL 文件的 /database 目录。
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tb 相比 tp5 增加了存放主机配置文件的 /profile 目录，现在默认会生成 nginx 的 vhost 配置文件。
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tb 相比 tp5 增加了 bower 的配置文件，并且添加了 /.bowerrc 文件，bower 安装的文件会放置在 /public/vendor 目录下。
因此，一个标准 tb 生成的目录结构应该如下（以命名空间为 shop 的应用为例）：
deploy/ WEB部署目录（或者子目录）
├─applications/ 应用的父目录
│ └─shop/ shop 应用的目录
│ ├─common/ 公共模块目录（可以更改）
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│ ├─extra/ 扩展配置文件目录
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│ ├─runtime/ 应用的运行时目录（可写，可定制）
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│ ├─module_name/ 模块目录
│ │ ├─config.php 模块配置文件
│ │ ├─common.php 模块函数文件
│ │ ├─controller/ 控制器目录
│ │ ├─model/ 模型目录
│ │ ├─view/ 视图目录
│ │ ├─traits/ 特性目录
│ │ └─ ... 更多类库目录
│ │
│ ├─command.php 命令行工具配置文件
│ ├─common.php 公共函数文件
│ ├─config.php 公共配置文件
│ ├─route.php 路由配置文件
│ ├─tags.php 应用行为扩展定义文件
│ └─database.php 数据库配置文件
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├─database/ 数据库SQL文件目录
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├─profile/ 虚拟主机配置文件目录
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├─public/ WEB目录（对外访问目录）
│ ├─assets/ 生成的资源文件目录
│ ├─vendor/ bower安装的资源文件目录
│ ├─index.php 入口文件
│ ├─router.php 快速测试文件
│ └─.htaccess 用于apache的重写
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├─vendor/ 第三方类库目录（Composer依赖库）
│ └─topthink/framework/ 框架系统目录
│ ├─lang/ 语言文件目录
│ ├─library/ 框架类库目录
│ │ ├─think/ Think类库包目录
│ │ └─traits/ 系统Trait目录
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│ ├─tpl/ 系统模板目录
│ ├─base.php 基础定义文件
│ ├─console.php 控制台入口文件
│ ├─convention.php 框架惯例配置文件
│ ├─helper.php 助手函数文件
│ ├─phpunit.xml phpunit配置文件
│ └─start.php 框架入口文件
├─.bowerrc bower环境配置文件
├─bower.json bower定义文件
├─composer.json composer 定义文件