cntrl.py

# python class that has a dictionary of all &cntrl namelist objects with their default values
class cntrl:

   def __init__(self):
      self.sander  = {'irest': 0, 'ibelly' : 0, 'ntx' : 1, 'ntxo' : 1, 'ntcx' : 0, 'ig' : 71277,
              'tempi' : 0.0, 'ntb' : 1, 'ntt' : 0, 'nchain' : 1, 'temp0' : 300.0, 'tautp' : 1.0,
              'ntp' : 0, 'pres0' : 1.0, 'comp' : 44.6, 'taup' : 1.0, 'nscm' : 1000, 'nstlim' : 1, 
              'dt' : 0.001, 'ntc' : 1, 'ntcc' : 0, 'nconp' : 0, 'tol' : 0.00001, 'ntf' : 1, 
              'nsnb' : 25, 'cut' : 8.0, 'dielc' : 0, 'ntpr' : 50, 'ntwx' : 0, 'ntwv' : 0, 'ntwe' : 0,
              'ntave' : 0, 'ntpp' : 0, 'ioutfm' : 0, 'ntr' : 0, 'nrc' : 0, 'ntrx' : 1,
              'taur' : 0, 'nmropt' : 0, 'ivcap' : 0, 'cutcap' : 0.0, 'xcap' : 0.0, 'ycap' : 0.0,
              'zcap' : 0.0, 'fcap' : 1.5, 'xlorth' : -1.0, 'ylorth' : -1.0, 'zlorth' : -1.0, 'xorth' : 47114711.0,
              'yorth' : 47114711.0, 'zorth' : 47114711.0, 'forth' : 1.5, 'imin' : 0, 'drms' : 1.0e-4, 'dele' : 0,
              'dx0' : 0.01, 'pencut' : 0.1, 'ipnlty' : 1, 'iscale' : 0, 'scalm' : 100.0, 'noeskp' : 1,
              'maxcyc' : 1, 'ncyc' : 10, 'ntmin' : 1, 'vlimit' : 20.0, 'mxsub' : 1, 'ipol' : 0,
              'jfastw' : 0, 'watnam' : '    ', 'owtnm' : '    ', 'hwtnm1' : '    ', 'hwtnm2' : '    ', 'iesp' : 0,
              'skmin' : 50, 'skmax' : 100, 'vv' : 0, 'vfac' : 0, 'tmode' : 1, 'ips' : 0, 'mipsx' : -1,
              'mipsy' : -1, 'mipsz' : -1, 'mipso' : 4, 'gridips' : 2, 'raips' : -1.0, 'dvbips' : 1.0e-8,
              'isgld' : 0, 'isgsta' : 1, 'isgend' : 0, 'tsgavg' : 0.2, 'sgft' : 0.0, 'tempsg' : 1.0,
              'jar' : 0, 'iamoeba' : 0, 'numexchg' : 0, 'repcrd' : 1, 'numwatkeep' : -1,
              'hybridgb' : 0, 'ntwprt' : 0, 'tausw' : 0.1, 'ntwr' : 500, 'iyammp' : 0, 'imcdo' : -1,
              'igb' : 0, 'alpb' : 0, 'arad' : 15.0, 'rgbmax' : 25.0, 'saltcon' : 0.0, 'offset' : -999999.0,
              'gbsa' : 0, 'vrand' : 1000, 'surften' : 0.005, 'iwrap' : 0, 'nrespa' : 1, 'nrespai' : 1,
              'gamma_ln' : 0.0, 'extdiel' : 78.5, 'intdiel' : 1.0, 'cut_inner' : 8.0, 'icfe' : 0,
              'clambda' : 0.0, 'klambda' : 1, 'rbornstat' : 0, 'lastrst' : 1, 'lastist' : 1,
              'itgtmd' : 0, 'tgtrmsd' : 0, 'tgtmdfrc' : 0, 'tgtfitmask' : '', 'tgtrmsmask' : '',
              'idecomp' : 0, 'temp0les' : -1.0, 'restraintmask' : '', 'restraint_wt' : 0,
              'bellymask' : '', 'noshakemask' : '', 'crgmask' : '', 'iwrap_mask' : '',
              'mmtsb_switch' : 0, 'mmtsb_iterations' : 100, 'rdt' : 0.0, 'icnstph' : 0, 'solvph' : 7.0,
              'ntcnstph' : 10, 'ntrelax' : 500, 'ifqnt' : 0, 'ievb' : 0, 'ipimd' : 0, 'itimass' : 0, 'ineb' : 0,
              'profile_mpi' : 0, 'ilscivr' : 0, 'icorf_lsc' : 0, 'ipb' : 0, 'inp' : 1,
              'gbneckscale' : -999999.0, 'gbalphah' : 0.788440, 'gbbetah' : 0.798699, 'gbgammah' : 0.437334, 
              'gbalphac' : 0.733756, 'gbbetac' : 0.506378, 'gbgammac' : 0.205844, 'gbalphan' : 0.503364, 
              'gbbetan' : 0.316828, 'gbgamman' : 0.192915, 'gbalphaos' : 0.867814, 'gbbetaos' : 0.876635,
              'gbgammaos' : 0.387882, 'gbalphap' : 1.0, 'gbbetap' : 0.8, 'gbgammap' : 4.851, 'sh' : 1.425952,
              'sc' : 1.058554, 'sn' : 0.733599, 'so' : 1.061039, 'ss' : -0.703469, 'sp' : 0.5, 
              't' : 0.0, 'ntn' : 0 , 'scalpha' : 0.5, 'scbeta' : 12.0, 'ifsc' : 0, 'scmask' : '', 
              'logdvdl' : 0, 'dvdl_norest' : 0, 'dynlmb' : 0, 'ifmbar' : 0, 'bar_intervall' : 100, 
              'bar_l_min' : 0.1, 'bar_l_max' : 0.9, 'bar_l_incr' : 0.1, 'idssp' : 0, 'irism' : 0, 
              'restart_cmd' : '.false.', 'eq_cmd' : '.false.', 'adiab_param' : 1.0 }

      self.pmemd  = {'imin' : 0, 'nmropt' : 0, 'ntx' : 1, 'irest' : 0, 'ntrx' : 1, 'ntxo' : 1,
             'ntpr' : 50, 'ntave' : 0, 'ntwr' : 500, 'iwrap' : 0, 'ntwx' : 0, 'ntwv' : 0,
             'ntwe' : 0, 'ioutfm' : 0, 'ntwprt' : 0, 'ntf' : 1, 'ntb' : 1,
             'dielc' : 1.0, 'cut' : 0., 'nsnb' : 25, 'ipol' : 0, 'igb' : 0,
             'intdiel' : 1.0, 'extdiel' : 78.5, 'saltcon' : 0.0, 'rgbmax' : 25.0, 'rbornstat' : 0,
             'offset' : 0.09, 'gbsa' : 0, 'surften' : 0.005, 'nrespai' : 1, 'cut_inner' : 8.0,
             'ibelly' : 0, 'ntr' : 0, 'bellymask' : 0, 'maxcyc' : 1, 'ncyc' : 10, 'ntmin' : 1, 
             'dx0' : 0.01, 'drms' : 0.0001, 'nstlim' : 1, 'nscm' : 1000, 't' : 0.0, 'dt' : 0.001,
             'nrespa' : 1, 'ntt' : 0, 'temp0' : 300.0, 'tempi' : 0.0, 'ig' : 71277,
             'tautp' : 1.0, 'gamma_ln' : 0.0, 'vrand' : 1000, 'vlimit' : 20.0, 'ntp' : 0,
             'pres0' : 1.0, 'comp' : 44.6, 'taup' : 1.0, 'ntc' : 1, 'tol' : 0.00001, 'jfastw' : 0,
             'hwtnm1' : '    ', 'hwtnm2' : '    ', 'owtnm' : '    ', 'watnam' : '    ',
             'ivcap' : 0, 'fcap' : 1.5,  'pencut' : 0.1, 'ndfmin' : 0, 'jar' : 0,
             'no_intermolecular_bonds' : 1, 'ene_avg_sampling' : -1,
             'mdinfo_flush_interval' : 60, 'mdout_flush_interval' : 300, 'dbg_atom_redistribution' : 0,
             'loadbal_verbose' : 0, 'es_cutoff' : 0.0, 'vdw_cutoff' : 0.0,
             'dtemp' : 0, 'dxm' : 0, 'heat' : 0, 'alpb' : 0, 'arad' : 15.0, 'restraintmask' : '',
             'restraint_wt' : 0, 'numexchg' : 0}