Fix missing includes for std::unique_ptr on ancient compilers (gcc 4.8 #274)

Author: milot-mirdita

src/hhalignment.cpp

@@ -9,6 +9,7 @@
 #include "util.h"
 #include <vector>
 #include <map>
+#include <memory>
 
 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 // Class Alignment

src/hhdatabase.cpp

@@ -15,6 +15,7 @@
 #include <string>
 #include <utility>
 #include <vector>
+#include <memory>
 
 #include "hhalignment.h"
 #include "hhprefilter.h"

src/hhfullalignment.cpp

@@ -1,6 +1,7 @@
 // hhfullalignment.C
 
 #include "hhfullalignment.h"
+#include <memory>
 
 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

src/hhfunc.cpp

@@ -2,6 +2,7 @@
 #include "ext/fmemopen.h"
 #include "context_data.crf.h"
 
+#include <memory>
 #include <sstream>
 
 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

src/hhhitlist.cpp

@@ -7,7 +7,7 @@
 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
 #include "hhhitlist.h"
-
+#include <memory>
 
 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 // Print summary listing of hits

src/hhhmm.cpp

@@ -1,6 +1,7 @@
 // hhhmm.C
 
 #include "hhhmm.h"
+#include <memory>
 
 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 //// Class HMM

src/hhutil.cpp

@@ -1,4 +1,5 @@
 #include "hhutil.h"
+#include <memory>
 
 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 // Errors