Skip to content

Latest commit

 

History

History

README.md

보통 가변 면역결핍증 (Common Variable Immunodeficiency, CVID) — QSP 모델

일차 항체결핍증 (Primary Antibody Deficiency)

CVID는 하나의 검사실 정의를 공유하는 두 개의 질환이며, 우리가 투여하는 치료는 그중 하나만 치료합니다.

산출물 파일
🗺️ 기계론적 지도 cvid_qsp_model.dot · SVG · PNG — 234 노드 · 20 클러스터
⚙️ mrgsolve 모델 cvid_mrgsolve_model.R — 74 ODE · 224 파라미터 · 30 시나리오 · 34 진단 (34 PASS)
📊 Shiny 대시보드 cvid_shiny_app.R — 10 탭
📚 참고문헌 cvid_references.md — 124 PubMed 인용 (전부 E-utilities로 조회 확인)

1. 왜 이 모델인가 (The premise)

모든 CVID 환자는 같은 기준을 만족합니다. 연령 대비 IgG가 −2SD 미만, IgA 및/또는 IgM 저하, 백신 반응 장애, 다른 설명 없음. 이 하나의 정의에서 거의 무관한 두 개의 질환이 나옵니다.

ARM 1 · 항체결핍 ARM 2 · 면역조절이상
표현 반복 상하기도 감염 (협막 세균) 자가면역 세포감소증 · GLILD · 장병증 · 육아종 · 다클론성 림프증식 · 림프종
본질 항체가 없는 것 T세포·관용의 장애
빈도 사실상 전원 약 20–30%
예측성 혈청 IgG 농도로 정량적으로 예측 유전자형·표현형 의존
면역글로불린 보충 거의 해결함 사실상 아무 영향 없음
사망 기여 보충 후 낮음 이것이 사람을 죽임 (Resnick 2012: RR ≈ 11배)

항체만 모델링한 CVID 모델은 이미 해결된 부분만 모델링한 것입니다. 그래서 이 모델은 두 팔을 공통의 유전·세포 뿌리에서 병렬로 돌리고, 각 약물이 정확히 한 팔에만 작용하도록 하고, 최대 용량의 IgG 보충이 GLILD를 거의 움직이지 못한다는 사실을 구조에서 재현합니다 — 주장이 아니라 구조입니다.

그리고 두 팔 중 어느 것도 되돌리지 못하는 세 번째 층

ARM 1 (항체결핍, 보충 가능)  ─┐
                              ├─→  비가역적 구조 손상  ─→  임상 종점
ARM 2 (면역조절이상, 불가)   ─┘     (기관지확장증 · 간질 섬유화 · NRH)

기관지확장증이 그 원형이며, 양성 되먹임 고리 안에 비가역 상태변수가 들어 있습니다 — 래칫입니다.

집락화 → IL-8 → 호중구 엘라스타제 → 기도벽 파괴
      → 기관지확장증(비가역) → 점액섬모 청소율 저하
      → 점액 정체 → 더 많은 집락화 ──┘

그래서 CVID에서 가장 중요한 수는 용량이 아니라 진단 지연(역사적으로 4–7년) 입니다. 모델의 존재 이유의 상당 부분이 그 지연에 가격을 붙이는 것입니다.


2. 모델을 규정하는 다섯 개의 설계 결정

(1) 노출-반응은 직선이 아니라 Hill 함수다

Orange 2010의 17개 IVIG 연구 메타회귀는 이 분야의 정량적 등뼈입니다: IgG trough 100 mg/dL 상승마다 폐렴 발생률 약 27% 감소, trough 500 mg/dL에서 0.113 사건/환자-년. 이 기울기는 견고합니다.

함께 인용되는 따름정리 — trough 1400 mg/dL에서 폐렴 0 — 은 비율에 직선을 맞춘 인공물입니다. 그리고 그것을 모델에 넣으면 모델은 "1400까지 올리고 잊어라" 라고 말하게 됩니다.

이 모델은 대신

rate = RMAX / (1 + (OPSONIN / C50)^HILL)     C50 = 200 mg/dL, HILL = 2.4, RMAX = 0.7745/년

를 사용하며, 파라미터는 주장이 아니라 앵커에서 풀어낸 값입니다:

검사 모델 목표
C = 700에서 d(ln rate)/dC −29.0% / 100 mg/dL −27% (Orange)
C = 500에서 발생률 0.113/년 0.113/년 (Orange)
C = 250 / 100으로 하향 외삽 0.40 / 0.72 /년 무치료·중증 범위
trough 900에서 0.028/년 보충 중 관찰값 0.02–0.05
건강 대조 0.019/년 성인 지역사회획득 폐렴 발생률

직선형은 그 아래·위 어디에도 외삽할 수 없습니다. Hill형은 무균에 도달하지 않으면서 개선되고, 800–1000 mg/dL 부근에 수확 체감의 무릎을 만듭니다.

(2) 위험은 trough가 아니라 순간 농도로 구동된다 — 그리고 그것이 공짜 결과를 준다

기계론적으로 정직한 선택입니다. 그리고 이 선택이 결과 하나를 공짜로 줍니다. rate(C)가 치료 범위에서 볼록(convex) 하므로, Jensen 부등식에 의해 같은 평균 농도의 변동하는 프로파일은 평탄한 프로파일보다 평균 사건률이 높습니다.

즉 주 1회 SCIG가 4주 IVIG보다 동일 AUC에서 우수한 것은 면역학 때문이 아니라 곡선의 모양 때문입니다. 모델은 이 벌점의 크기를 측정합니다 (진단 D6):

요법 평균 IgG trough 변동폭 폐렴/년 초과
IVIG 500 q4주 959 731 897 0.0275 +9.6%
IVIG 375 q3주 959 781 668 0.0259 +3.2%
SCIG 171 주1회 (×1.37) 944 895 90 0.0254 +1.2%
SCIG 86 주2회 947 926 35 0.0251 0.0%
fSCIG 538 q4주 939 728 501 0.0279 +11.2%

IVIG는 평균이 1.8% 더 높은데도 폐렴률이 9.6% 더 높습니다. 순수한 볼록성 벌점입니다. 이 결과를 만들기 위해 모델을 만든 것이 아니라, 떨어져 나온 것입니다.

(3) 폐렴과 부비동염의 용량-반응은 다르다

혈청 IgG는 기도 표면으로 잘 투과되지 않고, 분비형 IgA는 어떤 제품으로도 보충되지 않습니다. 따라서 점막 감염률에는 IgG와 무관한 바닥이 있고, 그래서 보충 중인 환자도 연 2–3회의 부비동염·기관지염을 겪습니다.

IVIG 용량 trough 폐렴 (상대) 부비동염 (상대)
300 mg/kg 590 1.000 1.000
400 713 0.591 0.891
500 833 0.391 0.833
600 949 0.278 0.799
800 1176 0.161 0.754
1000 1395 0.104 0.726

임상적 함의: 재발 폐렴에 대한 증량은 가치가 있습니다(−90%). 지속 부비동염에 대한 증량은 대체로 무의미합니다(−27%, 3.3배 증량에도). 그 바닥에 작용하는 것은 용량이 아니라 아지트로마이신입니다 (모델: 1.52/년 vs 어떤 용량으로도 2.31/년이 한계).

(4) GLILD 방정식에는 IgG 항이 없다 — 그리고 진단이 저자의 기대를 반증했다

dxdt_LYMPHAGG와 dxdt_GRAN에는 IgG가 직접적으로 등장하지 않습니다. 진단 D7은 원래 IVIG 300 → 1000 mg/kg 스윕에서 정확한 0을 요구하도록 작성되었습니다.

모델이 그 기대를 반증했습니다. 잔여 민감도가 8.3% 남습니다. 추적해 보면 IgG → 집락화 → 만성 활성화 → CD21low B → 림프 집합체의 간접 경로이고, 이는 생물학적으로 실재하는 경로입니다(만성 감염은 실제로 림프증식을 구동합니다). 그래서 제거하지 않고 보고합니다. 모델이 방어할 수 있는 주장은 더 약하지만 더 유용한 쪽입니다:

임상 전 용량 범위 전체에서 보충요법은 GLILD를 8% 움직인다. 같은 모델에서 리툭시맙+아자티오프린은 80% 움직인다. 약 10배 차이.

(5) 비가역 상태에는 제거 항이 없다

BE(기관지확장증), FIB(간질 섬유화), FEV1_IRR, NRH는 구성상 단조 비감소입니다 — 파라미터 선택이 아니라 방정식 형태로 그렇습니다. 진단 D8이 30개 시나리오 전부에서 단조성을 수치로 검증합니다 (30/30).


3. 진단 지연의 가격 (The headline result)

동일한 IVIG 500 mg/kg q4주. 다른 시작 시점. 20년 시점:

진단 지연 IgG trough 기관지확장증 (Reiff 0–18) FEV1 (%pred) 누적 폐렴 QoL
1년 731 1.4 93.2 0.9 0.843
4년 769 6.7 73.8 2.4 0.788
7년 810 11.5 53.1 4.5 0.733
15년 729 15.7 44.4 12.5 0.703

trough는 네 경우 모두 같습니다. 차이는 전부 비가역적입니다. 1년 지연과 15년 지연의 FEV1 격차는 48.8 %pred이며, 어떤 용량으로도 회복되지 않습니다.

따라서 CVID에서 가장 가치 있는 개입은 더 좋은 면역글로불린이 아니라 더 이른 혈청 IgG 측정 한 번입니다.

참고: 최적 병합요법(조기진단 + SCIG trough ~1180 + 아지트로마이신 예방)은 표준요법 대비 폐렴을 0.0224 → 0.0123/년으로, 부비동염을 2.68 → 1.52/년으로 줄입니다. 그러나 그 효과 전체를 합쳐도 지연 1년의 손실보다 작습니다 — 같은 모델에서 지연 1년이 이미 Reiff 0.96점을 남깁니다.


4. 네 개의 트레이드오프

① 경로·간격 vs trough

위 표 (2)번. 같은 밀리그램, 다른 trough. PK에서 떨어져 나오도록 만들었습니다 (저장고·림프 흡수·FcRn 재순환·포화성 대사가 모두 명시적 노드).

② 면역억제 vs 감염

ARM 2 치료는 전부 순 면역억제를 올리고, 이는 곧바로 ARM 1 감수성으로 되돌아옵니다. 그런데 CVID 특유의 비대칭이 있습니다:

정상 숙주 CVID (보충 중)
리툭시맙 후 총 B세포 −98.1% −98.1%
리툭시맙 후 혈청 IgG −11.1% −2.7%

리툭시맙의 다른 질환에서의 주된 체액성 대가는 이차성 감마글로불린저하증입니다. CVID에서는 그 대가가 이미 지불되었고 이미 보충되고 있습니다. 따라서 리툭시맙은 CVID에서 상대적으로 저렴하며, 진짜 대가는 체액성이 아니라 세포성입니다. (덧붙여: B세포 sink가 사라지므로 가용성 BAFF는 2.38배 상승합니다 — 관찰값 2–5배.)

③ 비장절제 vs 패혈증

불응성 ITP 4개 전략, 20년 시점:

전략 혈소판 누적 침습감염 순 면역억제
고용량 IVIG + 프레드니손 76 — 0.200
리툭시맙 54 — 0.001
비장절제 82 0.207 0.000
엘트롬보팍 72 0.083 0.000

비장절제는 혈소판을 잘 올리지만(항체 결합 혈소판의 주된 제거 장소를 없애므로), 자가항체 자체는 그대로입니다. 그리고 자기 옵소닌 항체가 없는 환자의 무비증에서 협막 세균 위험은 덧셈이 아니라 곱셈입니다 — 모델에서 침습감염이 엘트롬보팍의 2.5배.

④ 고정 trough 목표 vs 개인별 "생물학적 IgG 수준"

Bonagura의 요점은 감염을 멈추는 용량이 환자마다 다르고 어떤 인구 목표치보다 훨씬 높을 수 있다는 것입니다. 모델은 고정목표 전략과 효과도달 전략을 모두 담습니다.

단백소실 장병증이 그 극단적 사례입니다. 모델이 용량을 풀어냅니다:

trough IgG 청소율
표준 환자, 500 mg/kg q4주 811 1.57 dL/일
PLE 환자, 같은 500 mg/kg 378 2.98 dL/일 (1.89배)
PLE 환자, 풀어낸 1426 mg/kg 823 —

주의: 필요 용량비 2.85배가 청소율비 1.89배를 넘습니다. FcRn 매개 대사가 스스로 포화성이므로, 농도를 다시 밀어 올리면 청소율이 또 올라갑니다. "두 배 주면 된다"가 아닙니다.


5. 모델 구조 (74 ODE)

구획군 개수 내용
면역글로불린 보충 PK 3 SC 저장고 · 중앙 · 말초(간질)
B세포 발달·계열전환 차단 9 전이기 → 나이브 → GC → 전환기억 / IgM기억 / CD21low / 형질세포
BAFF / APRIL / sBCMA 3 수용체 가중 sink
T세포 도움·조절·사이토카인 10 나이브·기억 CD4 · cTfh · Treg · 활성 CD8 · TEMRA · IFN-γ · IL-21 · IL-6 · CXCL13
선천면역·점막 장벽·미생물 전위 6 장벽 · LPS · sCD14 · 단핵구 · ISG · 기도 호중구
항체 폭 (공여자 풀) 1
병원체·감염 누적 6 집락화 · Pseudomonas · GI 병원체 · 폐렴/부비동염/침습 카운터
기도 염증과 래칫 6 염증 · 점액 · BE(비가역) · FEV1_IRR(비가역) · FEV1_REV · 악화
GLILD·섬유화 4 림프 집합체 · 육아종 · FIB(비가역) · 호흡부전
림프증식·비장·간 3 비장 · 림프절 · NRH(비가역)
자가면역 세포감소증 3 자가항체 · 혈소판 · 헤모글로빈
장병증·알부민 2 (→ IgG 청소율로 되먹임)
악성종양 위험 1
사망 위험·QoL·누적 면역억제 4 감염 / 비감염 위험 분리
약물 PK·효과구획 13 리툭시맙 · 아바타셉트 · 시롤리무스 · 레니올리십 · 프레드니솔론 · 아자티오프린 · 엘트롬보팍 · 아지트로마이신 · JAK

초기조건은 손으로 적지 않고 풀어냅니다

  • 건강 기준선: HEALTHY=1로 40년 사전실행 → 기준 생리. 이후 20년 표류는 진단 D1 (IgG 표류 0.0076%).
  • 증상 발생 시점의 CVID 기준선: 계열전환 차단은 증상보다 앞서므로 차단을 켜고 손상 누적을 끈 채(DAMAGEON=0) 25년 사전실행 → 면역 구획의 CVID 정상상태. 그 다음 손상 상태만 0으로 초기화합니다 (t=0 = 첫 증상, 래칫은 아직 돌지 않음). 장수명 IgG 형질세포 풀은 차단 이전의 유산값으로 시딩하므로 무치료 혈청 IgG가 250 mg/dL에서 시작해 수십 년에 걸쳐 내려갑니다 — 이는 모델의 예측이며, 무치료 감마글로불린저하증이 깊어진다는 관찰과 일치합니다.

6. 검증 (34개 진단, 34 PASS)

전부 실패할 수 있는 검사입니다. 실제 mrgsolve 2.0.1로 실행했습니다.

ID 검사 결과
D1 건강 기준선 IgG 20년 표류 0.0076%
D2 CVID 발생시점 상태 5년 안정성 0.357%
D3 단회 IV 후 IgG 말단 반감기 36.5일 (목표 30–40)
D4 SC/IV AUC 비 → EU 보정계수 F=0.746, 1.341 (목표 1.37)
D5 C=700에서 노출-반응 기울기 −29.0%/100 mg/dL (Orange −27%)
D5b–d 앵커점·하향 외삽·건강 대조 바닥 0.113 / 0.40·0.72 / 0.019 /년
D6 AUC 매칭 시 평균 IgG 일치 959 vs 946
D6b 프로파일 모양만으로 생기는 초과 위험 +7.7%
D6c IVIG 400/500 mg/kg 변동폭 654 / 898 mg/dL
D7 GLILD의 IgG 용량 민감도 (구조적 영) 8.3% (직접 항 없음)
D7b/c 리툭시맙+AZA vs IgG 용량 −79.7% vs 8.3% → 10.1배
D8 BE·FIB 단조 비감소 (전 시나리오) 30/30
D9/9b 지연에 따른 FEV1·BE 단조 손실 48.8 %pred, 천장 미도달
D10/10b 리툭시맙 비대칭 (고갈 동일, IgG 대가 상이) −98.1%/−98.1%, −11.1%/−2.7%
D11/11b BAFF: 리툭시맙 후 / 무치료 CVID 2.38배 / 1.70배
D12–12d PLE trough 붕괴·풀어낸 용량·FcRn 오버슈트 378, 1426 mg/kg, 2.85 vs 1.89
D13/13b ITP 4전략 혈소판 / 비장절제 감염 대가 76·54·82·72 / 0.207 vs 0.083
D14/14b 비감염 합병증 사망 위험비 / 비감염 비중 10.5배 (Resnick ~11) / 100%
D15/15b 레니올리십 지표 병변 / 나이브 B % −21% (관찰 −39%) / 상승
D16–16c 폐렴 vs 부비동염 용량-반응 분기 / 아지트로마이신 −82% vs −19% / 1.52 vs 2.31

모델이 스스로 반증한 것을 그대로 보고합니다

  1. D7 (구조적 영): 정확한 0을 기대했으나 8.3%의 간접 민감도가 남았습니다. 실재하는 경로이므로 제거하지 않고 보고합니다.
  2. D15 (레니올리십): 임의의 림프절 축소 항을 제거하고 PI3Kδ 억제만 남기니 관찰값 −39%에 대해 −21%로 과소예측합니다. 맞추지 않았습니다.
  3. 작성 중 발견된 오류: 초안에서 기억으로 적은 PMID 5개 중 4개가 전혀 다른 논문(림프부종·외투세포림프종·천식 처방·다발골수종)을 가리켰습니다. 전부 NCBI E-utilities 조회 결과로 교체했고, 참고문헌 124개 전부를 같은 방식으로 확인했습니다.

7. 실행 방법

# 기계론적 지도 렌더링
dot -Tsvg cvid_qsp_model.dot -o cvid_qsp_model.svg
dot -Tpng -Gdpi=150 cvid_qsp_model.dot -o cvid_qsp_model.png

# 모델 + 30 시나리오 + 34 진단 (실제 mrgsolve 실행, 수 분 소요)
Rscript cvid_mrgsolve_model.R

# 인터랙티브 대시보드 (10 탭)
Rscript -e 'shiny::runApp("cvid_shiny_app.R")'

필요 패키지: mrgsolve (≥2.0), dplyr, tidyr, ggplot2, shiny, DT, 그리고 Graphviz (dot).


8. Shiny 대시보드 (10 탭)

탭 내용
1 · 환자 프로파일 면역 표현형, 20년 결과, EUROclass/Freiburg 좌표
2 · IgG PK 전체 경과 + 정상상태 프로파일 확대, 경로별 trough/변동폭 비교
3 · 노출-반응 Hill형 vs 직선형 대조, 국소 기울기, Jensen 벌점 시각화
4 · 감염 폐렴·부비동염·침습 감염, 용량-반응 분기
5 · 비가역 손상 래칫 각 단계, 지연 비교, 폐기능
6 · ARM 2 GLILD·섬유화·비장·림프절, 세포감소증, 장병증
7 · 면역억제의 대가 순 면역억제 → 감수성 → 감염, 리툭시맙 비대칭
8 · 시나리오 비교 5개 비교 세트 × 10개 종점, 요약표
9 · 바이오마커 옵소닌 vs 점막 방어(=IgA 공백), B세포 구성, BAFF와 sink
10 · 검증 & 진단 문헌 앵커 대조표, 34개 진단 결과

9. 한계 (Limitations)

  • DYSGENO는 단일 집약 변수입니다. Chapel 2008이 보인 것처럼 실제 표현형(자가면역 / 림프증식 / 장병증 / 림프종)은 상당히 배타적입니다. 모델은 각 시나리오 계열에서 한 팔만 올려 이를 근사하지만, 표현형 배타성 자체를 기전으로 생성하지는 못합니다.
  • 집단 변이가 없습니다. 단일 대표 환자입니다. "개인별 생물학적 IgG 수준"의 분포와 고정목표 대 효과도달 전략의 인구 수준 비교는 $OMEGA를 붙여야 제대로 다룰 수 있습니다.
  • 사망 위험 상수는 약하게 고정되어 있습니다. 비감염 위험비 10.5배는 Resnick의 약 11배에 맞았지만, 절대 생존 곡선은 코호트 데이터로 별도 보정이 필요합니다.
  • CVID 무치료 IgG 하강 궤적은 모델의 예측이며 정량적으로 검증되지 않았습니다(방향은 관찰과 일치).
  • 기관지확장증 점수와 FEV1의 관계(Reiff점당 1.7 %pred)는 단면 상관에서 가져온 근사입니다.
  • 감염은 연속 위험률로 모델링됩니다. 이산 사건과 그에 따른 급성 궤적 (입원·IV 항생제 코스)은 평균화되어 있습니다.

10. 면책 (Disclaimer)

본 모델은 교육 및 연구 목적의 정량적 시스템 약리학 모델입니다. 공개 문헌의 집계 데이터에 보정되었으나 개별 환자 데이터로 검증·인증되지 않았으며, 실제 임상 의사결정, 처방, 또는 규제 제출에 직접 사용해서는 안 됩니다.