change #!/usr/bin/perl to #!/usr/bin/env perl for better cygwin compat

Author: tnish

assemble_from_agp.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

assemble_genes_from_annotation.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

average-partitions.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

average_ends.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

b2r.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use strict;
 use warnings;

bs-seq.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

c2t.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use strict;
 use warnings;

cat_and_window.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 package cat_and_window;
 

check_single-c.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

chi2gff.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

cmp_gff.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

collapse_exons.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

collapse_gff.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

collect_align_stats.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use strict;
 use warnings;

combine-nuc-freqs.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

convert.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use strict;
 use warnings;

correlatePairedEnds.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 #
 # Last edited 2009-09-11
 # Copyright 2008 Pedro Silva <[email protected]/>

countMethylation.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 #
 # Last edited 2009-08-25
 # Copyright 2008-2009 Pedro Silva <[email protected]/>

count_adjacencies.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

count_c_in_bulk.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use strict;
 

count_c_in_reads.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use strict;
 

count_cases.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 my %hash = ();
 while (<>) {

cross_match_to_gff.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

dz_seqret.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl -w
+#!/usr/bin/env perl -w
 
 eval 'exec /usr/bin/perl -w -S $0 ${1+"$@"}'
     if 0; # not running under some shell

eland3_to_gff.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

extract_sequences.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

fasta_motifs.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

filter_by_coord.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

filter_ends.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

filter_gff.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

filter_reads_by_coord.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

find_loci.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use strict;
 use warnings;

g2a.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use strict;
 use warnings;

get_parse_JGI.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

gff_to_soft.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

intersect_lists.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

merge_freq.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

merge_gff.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

merge_scaffs.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

mutateSeq.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 #
 # mutateSeq.pl <inputfile> [numseqs] [seqsize]
 #       where: <inputfile> is a fasta formated sequence file

normalize.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

nucleotide-freqs.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

offset_coordinates.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

overlaps_gff.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

parse_bowtie.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

parse_c_files.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use strict;
 use warnings;

parse_ecker.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl -w
+#!/usr/bin/env perl -w
 # parse_ecker.pl --- Parses GSM276809.txt data set from Ecker et all, Cell 133
 # Author: Pedro Silva <[email protected]>
 # Created: 20 Jan 2009

parse_eland.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

parse_fasta.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

parse_silkwork_gen.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use Data::Dumper;
 use strict;

partitioner.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

plot_kde.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

qseq2fq.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

rcfas.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 #
 # rcfas.pl <inputfile> [> outputfile]
 #       where: <inputfile> is a fasta formated sequence file

replaceMutation.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

replace_reads.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

reverse_coords.pl

@@ -1,5 +1,5 @@
 
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use strict;
 use warnings;

simple_diff.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

split_gff.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

split_on_mismatches.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 ## TODO: keep mm calls difference for both reads as a measure of quality
 

use_sub_graph.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

window_by_annotation.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use strict;
 use warnings;

window_gff_DEPRECATED.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 use strict;
 use warnings;
 use diagnostics;disable diagnostics;

window_gff_by_frequency.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;

xml_to_gff.pl

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/perl
+#!/usr/bin/env perl
 
 use warnings;
 use strict;