_quarto.yml

project:
  type: book
  output-dir: _docs
  resources:
    - "CITATION.cff"
    - images
    - img
    - screenshots
    - qrcodes
    - openseadragon
    - annotorious
    - files
    - lists
    - CNAME
    - "script.js"
    - "webpages.js"
    - "webpages.txt"
    - "headerTR.html"
    - "rss_feed.xml"

  pre-render:
    - ./R/prerender_TR.R
  post-render:
    - ./R/postrender_TR.R


execute:
  freeze: auto

lang: tr

language:
  title-block-author-single: "Derleyen"
  title-block-author-plural: "Katkıda Bulunanlar"
  title-block-affiliation-plural: "Kurum"

book:
  # engine: knitr
  title: "Patoloji Atlası"
  subtitle: "Patoloji Atlası: Tıp Fakültesi ve Sağlık Bilimleri Öğrencileri İçin Patoloji Laboratuvar Notları"
  author:
   - name: "Serdar Balcı"
     url: "https://www.serdarbalci.com"
     affiliation: "Memorial Patoloji"
     affiliation-url: "https://patoloji.memorial.com.tr/"
     orcid: "0000-0002-7852-3851"
   - name: Patoloji Hekim ve Teknikerleri
     affiliation: "Memorial Patoloji ve Diğer Kurumlar"
     affiliation-url: "https://www.patolojiatlasi.com/yazarlar.html"
  description: |
    Patoloji Atlası: Tıp Fakültesi ve Sağlık Bilimleri Öğrencileri İçin Patoloji Laboratuvar Notları.  
    Patoloji Atlas. 
    Patoloji Notu. 
    Sanal Mikroskop.  
    Online Patoloji Atlası.  
    Patoloji Ders Notları ve Patoloji Atlası Memorial Patoloji arşivinden derlenen vakalardan ve diğer kurumlardan katkı yapan meslektaşlarımızın kolleksiyonlarından oluşmaktadır.
  abstract: |
    Patoloji Atlası: Tıp Fakültesi ve Sağlık Bilimleri Öğrencileri İçin Patoloji Laboratuvar Notları.

    Patoloji Atlası Memorial Patoloji arşivinden derlenen vakalardan ve diğer kurumlardan katkı yapan meslektaşlarımızın kolleksiyonlarından oluşmaktadır.
    Katkı yapmak ve kendi vakalarınız ekletmek için lütfen [iletişime geçin](https://www.patolojiatlasi.com/katki.html).
  date: last-modified
  image: images/coverTR.png
  output-file: "Patoloji-Atlasi"
  cover-image: images/coverTR.png
  site-url: https://patolojiatlasi.com/
#  repo-url: https://github.com/patolojiatlasi/patolojiatlasi.github.io
  google-analytics:
    tracking-id:  "G-7BT7Q4FLT9"
#  repo-branch: main
#  repo-actions: [edit, issue, source]
  sharing: [twitter, facebook, linkedin]
  # downloads: [epub] #, pdf, docx]
  search:
    location: navbar
    type: overlay
    copy-button: true
  sidebar:
    style: docked #floating
    background: light
    search: true
    collapsed-level: 1
    pinned: true
#   navbar:
#     title: "Patoloji Atlası"
#     logo: images/coverTR.png
#     search: true
#     pinned: false
#     collapse: true
#     right:
#       - icon: github
#         href: https://github.com/patolojiatlasi
  open-graph:
    locale: tr_TR
    site-name: Patoloji Atlası
  twitter-card:
    creator: "%40serdarbalci"
    site: "%40patolojinotlari"
  page-navigation: true
  page-footer:
    border: true
    background: light
    left: "Copyright 2022, [patolojiAI](https://www.patolojiai.com/)"
    # right:
    #   - icon: github
    #     href: https://github.com/patolojiatlasi
    #     target: _blank
    #   - icon: github
    #     href: https://github.com/pathologyatlas
    #     target: _blank
    #   - icon: twitter
    #     href: https://twitter.com/patolojinotlari
    #     target: _blank
    #   - icon: globe2
    #     href: https://www.patolojinotlari.com
    #     target: _blank
    #   - icon: globe2
    #     href: https://www.serdarbalci.com
    #     target: _blank

  chapters:
    - text: "Anasayfa"
      href: index.qmd
    - text: "Giriş"
      href: giris.qmd
    - part: "---"
    - part: "Genel Patoloji"
      chapters:
        - text: "Patolojide Kullanılan Teknikler"
          href: teknik.qmd
        - text: "Hücre İçi Birikimler"
          href: hucre-ici-birikimler.qmd
        - text: "Hücre Dışı Birikimler"
          href: hucre-disi-birikimler.qmd
        - text: "Hücre Hasarı"
          href: hucre-hasari.qmd
        - text: "Hemodinamik Bozukluklar"
          href: hemodinamik-bozukluklar.qmd
        - text: "İskemi ve Nekroz"
          href: iskemi-nekroz.qmd
        - text: "Konjesyon"
          href: konjesyon.qmd
        - text: "Amiloid birikimi"
          href: amiloid.qmd
        - text: "Tamir Mekanizmaları"
          href: tamir.qmd
        - text: "Erozyon"
          href: erozyon.qmd
    - part: "İnflamasyon"
      chapters:
        - text: "Akut inflamasyon"
          href: akut-inflamasyon.qmd
        - text: "Kronik inflamasyon"
          href: kronik-inflamasyon.qmd
        - text: "Granülamatöz İnflamasyon"
          href: granulom.qmd
        # - inflamasyon.qmd
    - part: "İnfeksiyöz Hastalıkların Patolojisi"
      chapters:
        - text: "Viruslar"
          href: virus.qmd
        - text: "Bakteriler"
          href: bakteri.qmd
        - text: "Mantarlar"
          href: mantar.qmd
        - text: "Parazitler"
          href: parazit.qmd
    - part: "Temel Tümör Patolojisi"
      chapters:
        - benign.qmd
        - hamartom.qmd
        - heterotopi.qmd
        - text: "Metaplazi"
          href: metaplazi.qmd
        - text: "Karsinogenez"
          href: karsinogenez.qmd
        - malign.qmd
        - metastaz.qmd
        - tumor-yayilimi.qmd
        - heterojenite.qmd
    - part: "Tümörlerdeki Prognostik Morfolojik Özellikler"
      chapters:
        - text: "Venöz İnvazyon"
          href: venoz-invazyon.qmd
        - text: "Ekstramural Venöz İnvazyon"
          href: ekstramural-venoz-invazyon.qmd
    - part: "Hematopatoloji"
      chapters:
#        - hematopatoloji.qmd
        - hodgkin.qmd
    - part: "Gastrointestinal Sistem Patolojisi"
      chapters:
        - gastro.qmd
        - text: "Özofagus"
          href: ozofagus.qmd
        - text: "Mide Patolojisi"
          href: mide.qmd
        - text: "Gastrit"
          href: gastrit.qmd
        - text: "Duodenum Patolojisi"
          href: duodenum.qmd
        - text: "Kolon Patolojisi"
          href: kolon.qmd
        - text: "Crohn Hastalığı"
          href: crohn.qmd
    - part: "Karaciğer Patolojisi"
      chapters:
        # - text: "Karaciğer Patolojisi"
        #   href: karaciger.qmd
        - text: "Karaciğer Transplantasyonu"
          href: karaciger-transplantasyonu.qmd
        - text: "Benign Karaciğer Tümörleri"
          href: karaciger-benign.qmd
        - text: "Malign Karaciğer Tümörleri"
          href: karaciger-malign.qmd
    - part: "Pankreatobilier Sistem Patolojisi"
      chapters:
        - text: "Pankreas Tümörleri"
          href: pankreas.qmd
        # - text: "Pankreas Duktal Adenokarsinom"
        #   href: pdac.qmd
        - text: "Safra Kesesi"
          href: safra-kesesi.qmd
        - text: "Ampulla Vater"
          href: ampulla-vater.qmd
    - part: "Akciğer Patolojisi"
      chapters:
        - text: "Akciğer Tümörleri"
          href: akciger.qmd
        - text: "Nöroendokrin"
          href: noroendokrin.qmd
    - part: "Mezotel"
      chapters:
        - text: "Abdomen"
          href: mezotel.qmd
    - part: "Jinekolojik Patoloji"
      chapters:
        - text: "Jinekolojik Patoloji"
          href: jineko.qmd
        - text: "Genital Sistem Patolojisi"
          href: genital.qmd
        - text: "Serviks"
          href: serviks.qmd
        - text: "Endometrium"
          href: endometrium.qmd
        - text: "Endometriozis"
          href: endometriosis.qmd
    - part: "Üriner Sistem Patolojisi"
      chapters:
        - text: "Üropatoloji"
          href: uriner.qmd
        - text: "Böbrek Tümörleri / Renal Tümörler"
          href: bobrek.qmd
        - text: "Prostat"
          href: prostat.qmd
    - part: "Endokrin Sistem Patolojisi"
      chapters:
        - text: "Hipofiz Adenomu"
          href: hipofiz.qmd
        - text: "Adrenal Bez Patolojisi"
          href: adrenal.qmd
    - part: "Meme Patolojisi"
      chapters:
        - text: "Meme Tümörleri"
          href: meme.qmd
    - part: "Baş Boyun Patolojisi"
      chapters:
        - text: "Nazofarenks"
          href: nazofarenks.qmd
        - text: "Kulak"
          href: kulak.qmd
        - text: "Tükürük Bezi"
          href: tukuruk.qmd
    - part: "Santral Sinir Sistem Patolojisi"
      chapters:
        - text: "Gliomlar"
          href: gliom.qmd
        - text: "Meningiom"
          href: meningiom.qmd
        - text: "Vasküler Lezyonlar"
          href: sss-vaskuler.qmd
    - part: "Kemik Patolojisi"
      chapters:
        - text: "Kemik Tümörleri"
          href: kemik.qmd
    - part: "Yumuşak Doku Patolojisi"
      chapters:
        - text: "Adipöz Doku Patolojisi"
          href: adipoz.qmd
    - part: "Deri Patolojisi"
      chapters:
        - text: "Deri Hastalıkları"
          href: deri.qmd
    - part: "Pediatrik ve Perinatal Patoloji"
      chapters:
        - plasenta.qmd
    - part: "---"
    - part: "Özel Kolleksiyonlar"
      chapters:
        - text: "GBDAtlas"
          href: gbd.qmd
        - text: "Hacettepe Ayın Vakası"
          href: hacettepecom.qmd
        - text: "BSAtlas"
          href: bs.qmd
        - text: "ICEtlas"
          href: ice.qmd
        - text: "Benzer Sayfalar"
          href: wsi.qmd
    - part: "---"
    - referanslar.qmd
    - part: "---"
    - part: "Listeler"
      chapters:
        - text: "Tümü"
          href: lists/published.qmd
        # - text: "Tümü - 2"
        #   href: lists/published-2.qmd
        # - text: "Tümü - 3"
        #   href: lists/published-3.qmd
        - text: "Özel Boyalar"
          href: lists/stains.qmd
        - text: "pancreatobiliary"
          href: lists/pancreatobiliary.qmd
        - text: "pancreatobiliary2"
          href: lists/pancreatobiliary2.html
        - text: "İnteraktif Liste"
          href: lists/interaktif.html
    # - listing.qmd
    # - lists/listing2.qmd
    # - listing3.qmd
    # - listing4.qmd
    - part: "---"
  appendices:
    - text: "Yazarlar ve Katkıda Bulunanlar"
      href: yazarlar.qmd
      target: _blank
    - text: "Katkıda bulunun"
      href: katki.qmd
    - text: "Yorum ekleyin"
      href: yorum.qmd
    - yonetim-gelistirme.qmd
    - text: "İletişim"
      href: katki.qmd
    - text: "Artırılmış Gerçeklik"
      href: artirilmis-gerceklik.qmd
    # - feature-trials.qmd

bibliography: references.bib
# # csl: citestyle.csl
highlight-style: pygments


comments:
  hypothesis: true
  utterances:
    repo: patolojiatlasi/patolojiatlasi.github.io
#   giscus:
#     repo: patolojiatlasi/patolojiatlasi.github.io
format:
  html:
    theme:
      light: flatly
      dark: darkly # cosmo
    page-layout: full
    grid:
      # sidebar-width: 300px
      body-width: 1800px # default 900px
      # margin-width: 300px
      # gutter-width: 1.5rem
    cover-image: images/coverTR.png
#    code-link: true
#    code-fold: true
#    code-tools: true
#    code-copy: true

#    fig-width: 8
#    fig-height: 4
    execute:
      warning: false
    css: styles.css
    self-contained: false
    feed:
      type: rss
      path: feed.xml
    anchor-sections: true
    link-external-icon: true
    link-external-newwindow: true
    link-external-filter: '(^(?:http:|https:)\/\/www\.histopathologyatlas\.com\/)|(^(?:http:|https:)\/\/www\.patolojiatlasi\.com\/)|(^(?:http:|https:)\/\/images.patolojiatlasi\.com\/)|(^(?:http:|https:)\/\/pathologyatlas\.github\.io\/)|(^(?:http:|https:)\/\/patolojiatlasi\.github\.io\/)'
    citations-hover: true
    footnotes-hover: true
    number-depth: 2
    toc-title: "İçindekiler"
    include-in-header:
      - text: |
          <script src="script.js"></script>
          <script src="webpages.js"></script>
      - file: "./headerTR.html"
    filters:
      - collapse-social-embeds
    feeds:
      rss: true
citation:
    type: webpage
    container-title: Patoloji Atlası
    url: "https://www.patolojiatlasi.com/"


editor: source