diff --git a/.gitignore b/.gitignore new file mode 100644 index 0000000..070ad70 --- /dev/null +++ b/.gitignore @@ -0,0 +1,130 @@ +# Byte-compiled / optimized / DLL files +__pycache__/ +*.py[cod] +*$py.class + +# C extensions +*.so + +# Distribution / packaging +.Python +build/ +develop-eggs/ +dist/ +downloads/ +eggs/ +.eggs/ +lib/ +lib64/ +parts/ +sdist/ +var/ +wheels/ +pip-wheel-metadata/ +share/python-wheels/ +*.egg-info/ +.installed.cfg +*.egg +MANIFEST + +# PyInstaller +*.manifest +*.spec + +# Installer logs +pip-log.txt +pip-delete-this-directory.txt + +# Unit test / coverage reports +htmlcov/ +.tox/ +.nox/ +.coverage +.coverage.* +.cache +nosetests.xml +coverage.xml +*.cover +*.py,cover +.hypothesis/ +.pytest_cache/ + +# Jupyter Notebook +.ipynb_checkpoints +*/.ipynb_checkpoints/* + +# IPython +profile_default/ +ipython_config.py + +# pyenv +.python-version + +# Environments +.env +.venv +env/ +venv/ +ENV/ +env.bak/ +venv.bak/ + +# Spyder project settings +.spyderproject +.spyproject + +# Rope project settings +.ropeproject + +# mkdocs documentation +/site + +# mypy +.mypy_cache/ +.dmypy.json +dmypy.json + +# Pyre type checker +.pyre/ + +# Data files (large datasets) +raw_data/**/*.h5 +raw_data/**/*.h5ad +raw_data/**/*.loom +raw_data/**/*.mtx +raw_data/**/*.txt.gz +raw_data/**/*.tsv.gz +raw_data/**/*.csv.gz +raw_data/**/*.tar.gz +raw_data/**/*.zip + +# Keep README files in data directories +!raw_data/**/README.md +!raw_data/README.md + +# macOS +.DS_Store +.AppleDouble +.LSOverride + +# Windows +Thumbs.db +ehthumbs.db +Desktop.ini + +# IDEs +.vscode/ +.idea/ +*.swp +*.swo +*~ + +# Scanpy cache +.scanpy/ +write/ + +# Temporary files +*.tmp +*.temp +tmp/ +temp/ diff --git a/environment.yml b/environment.yml new file mode 100644 index 0000000..3387132 --- /dev/null +++ b/environment.yml @@ -0,0 +1,53 @@ +name: singlecell-projects +channels: + - conda-forge + - bioconda + - defaults +dependencies: + # Python + - python=3.10 + + # Core single-cell analysis + - scanpy>=1.9.3 + - anndata>=0.9.0 + + # Visualization and plotting + - matplotlib>=3.6.0 + - seaborn>=0.12.0 + - plotly>=5.14.0 + + # Dimensionality reduction and clustering + - umap-learn>=0.5.3 + - leidenalg>=0.9.1 + - louvain>=0.8.0 + + # Trajectory analysis + - cellrank>=2.0.0 + - scvelo>=0.2.5 + + # Spatial transcriptomics + - squidpy>=1.2.0 + + # Data manipulation and analysis + - pandas>=1.5.0 + - numpy>=1.23.0 + - scipy>=1.10.0 + - scikit-learn>=1.2.0 + + # Notebook environment + - jupyter>=1.0.0 + - jupyterlab>=3.6.0 + - ipykernel>=6.21.0 + - ipywidgets>=8.0.0 + + # Additional utilities + - h5py>=3.8.0 + - tables>=3.8.0 + - xlrd>=2.0.0 + + # Pip dependencies + - pip>=23.0 + - pip: + - scanpy[leiden] + - gseapy>=1.0.4 + - session-info>=1.0.0 diff --git a/figures/README.md b/figures/README.md new file mode 100644 index 0000000..d6a4d6b --- /dev/null +++ b/figures/README.md @@ -0,0 +1,16 @@ +# Figuras e Visualizações + +Este diretório contém plots e imagens geradas durante as análises. + +## Tipos de visualizações: +- **UMAP/t-SNE**: Projeções de redução de dimensionalidade +- **Dot plots**: Expressão de marcadores por cluster +- **Violin plots**: Distribuição de expressão gênica +- **Heatmaps**: Expressão diferencial e correlações +- **Spatial plots**: Visualizações espaciais (Visium) +- **Trajectory plots**: Análises de pseudotempo e destino celular + +## Organização: +Recomenda-se organizar por projeto ou análise específica. + +**Formato**: Salvar em formatos de alta resolução (PNG, PDF, SVG). diff --git a/notebooks/README.md b/notebooks/README.md new file mode 100644 index 0000000..aa307d2 --- /dev/null +++ b/notebooks/README.md @@ -0,0 +1,18 @@ +# Notebooks de Análise + +Este diretório contém notebooks Jupyter para análise e visualização de dados single-cell. + +## Tipos de análises: +- Pré-processamento e controle de qualidade +- Normalização e seleção de genes altamente variáveis +- Redução de dimensionalidade (PCA, UMAP, t-SNE) +- Clustering (Leiden, Louvain) +- Identificação de marcadores celulares +- Análises de trajetória com CellRank +- Spatial deconvolution e análises espaciais + +## Ferramentas principais: +- **Scanpy**: Framework principal para análise single-cell +- **AnnData**: Estruturas de dados anotadas +- **CellRank**: Análises de trajetória e destino celular +- **squidpy**: Análises spatial transcriptomics diff --git a/raw_data/README.md b/raw_data/README.md new file mode 100644 index 0000000..888111e --- /dev/null +++ b/raw_data/README.md @@ -0,0 +1,18 @@ +# Raw Data + +Este diretório contém os dados originais para análises de single-cell e spatial transcriptomics. + +## Tipos de dados suportados: +- **10x Genomics**: Dados de single-cell RNA-seq +- **GEO/GSE**: Datasets públicos do Gene Expression Omnibus +- **Visium**: Dados de spatial transcriptomics + +## Organização: +``` +raw_data/ +├── 10x/ # Dados 10x Genomics +├── GSE/ # Datasets GEO +└── visium/ # Dados Visium spatial +``` + +**Nota**: Arquivos de dados grandes não são versionados (veja `.gitignore`).