outil potentiellement utile: fur

[jorondo1]

https://github.com/EvolBioInf/fur

The program fur takes as input a set of target genome sequences and a set of related genome sequences, the neighbors. It returns the sequence regions common to all targets that are absent form the neighbors. Such regions can be used as candidate genetic markers.

c'est fait pour des marqueurs mais peut-être que ça pourrait être utilisé pour trouver des primers??

[jflucier]

good pick
en gros le pipeline serait:
1 - on tourne fur pour identifier les region commune
2 - on design des primers avec primer3 sur ces regions
3 - on tourne envbarcodeminer pour voir la specificite vs bd syncom et vs db nt

ce sera des primers les plus specifique possible a la bd syncom et avec le moin offtarget avec nt qui reporte le jackpot

quest-ce que tu en penses?

[jorondo1]

ça me semble une bonne stratégie !

[jflucier]

pour reference lors du dev (dependances):
https://github.com/evolbioinf/neighbors
https://github.com/evolbioinf/biobox
https://github.com/evolbioinf/prim
https://github.com/evolbioinf/stan

[jflucier]

Me reste a rendre le code generique si cette tache est recurrente