CONFIGURAR_2

#!/bin/bash

# Detectar si estamos en WSL
if grep -qEi "(Microsoft|WSL)" /proc/version &> /dev/null ; then
    echo "Detectado WSL"
    HOME_DIR=~/ubuntu
else
    echo "Detectado Ubuntu"
    HOME_DIR=~
fi

# Clona el repositorio desde GitHub
git clone https://github.com/tu-usuario/repositorio.git

# Navega a la carpeta Scripts
cd repositorio/Scripts

# Copia los scripts a la carpeta raíz correspondiente
cp CONSENSO "$HOME_DIR"
cp contarX "$HOME_DIR"
cp RENOMBRAR "$HOME_DIR"

# Navega a la carpeta raíz del usuario
cd "$HOME_DIR"

# Otorga permisos de ejecución a los scripts
chmod +x CONSENSO
chmod +x contarX
chmod +x RENOMBRAR

# Mensajes informativos sobre la configuración
echo "Preparando todo..."
sleep 2
echo "Se configurarán 3 scripts:
    CONSENSO: para generar una secuencia consenso.
    contarX: para contar el número de gaps en una o más secuencias consenso.
    RENOMBRAR: para renombrar los nombres de las secuencias en un archivo multifasta.
    "
sleep 5
echo "..   10%" 
sleep 1.4
echo "....   18%"
sleep 1.4
echo "........   50%"
sleep 1.4
echo "..........   80%"
sleep 1.4
echo "*---------------------------------* 100%
"
sleep 3
echo "CONSENSO es un script diseñado para mapear, ensamblar y generar una secuencia consenso de los 4 serotipos de Dengue a partir de archivos fastq de secuenciadores NANOPORE.
CONSENSO automatiza el paso a paso del proceso para la generación de una secuencia consenso.
"
sleep 1
echo " *CONSIDERACIONES: "
echo "Para utilizar CONSENSO se deben tener instalados los siguientes programas:
    - minimap2
    - samtools
    - seqtk
    - bcftools  
    "
sleep 1
echo " *Instrucciones:
- Seleccionar las carpetas de los barcode de serotipo que desea ensamblar y guardarlas en un directorio de trabajo.
- Abrir una terminal, haciendo click sobre el icono de la terminal o con la combinación de teclas CTRL+ALT+T.
- En la terminal, ejecutar ./CONSENSO seguido del serotipo a ensamblar (DENV_1, DENV_2, DENV_3 o DENV_4).
- Arrastrar el directorio de trabajo que contiene las carpetas con los archivos fastq.
- Presionar ENTER y esperar que el proceso de ensamblaje termine.
"
sleep 1
echo " Para más información sobre cómo usar CONSENSO, revisar el archivo LEEME en la carpeta CONSENSO_D"
sleep 3
echo "
       *----------------------------------------------*
       *--         Configuración exitosa            --*
       *--    CONSENSO ESTÁ LISTO PARA TRABAJAR     --*
       *----------------------------------------------*"
echo "
"