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import os
import sys
import glob
import warnings
import logging
import threading
import numpy as np
import pandas as pd
import mne
from tqdm import tqdm
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
from sklearn.decomposition import PCA
from sklearn.metrics import (
silhouette_score,
calinski_harabasz_score,
davies_bouldin_score,
confusion_matrix
)
from scipy import stats
import umap.umap_ as umap
from sklearn.cluster import KMeans as skKMeans
import hdbscan
import psutil
import concurrent.futures
from functools import partial
import matplotlib.pyplot as plt
from mne import Epochs, events_from_annotations
from mne.io import read_raw_edf
import multiprocessing
from concurrent.futures import ProcessPoolExecutor, as_completed
import ast
import seaborn as sns
# Configuration du logging
logging.basicConfig(
level=logging.INFO,
format='%(asctime)s - %(name)s - %(levelname)s - %(message)s',
handlers=[
logging.FileHandler('sleep_analysis.log'),
logging.StreamHandler()
]
)
logger = logging.getLogger(__name__)
# Contexte pour supprimer temporairement les sorties (thread-safe)
class SuppressOutput:
def __init__(self):
self._devnull = None
self._active = False
self._original_stdout = None
self._original_stderr = None
self._lock = threading.Lock()
self._refcount = 0
self._original_showwarning = warnings.showwarning
def __enter__(self):
with self._lock:
if self._refcount == 0:
self._original_stdout = sys.stdout
self._original_stderr = sys.stderr
self._devnull = open(os.devnull, 'w')
sys.stdout = self._devnull
sys.stderr = self._devnull
warnings.showwarning = lambda *args, **kwargs: None # suppress warnings
self._refcount += 1
self._active = True
return self
def __exit__(self, exc_type, exc_val, exc_tb):
with self._lock:
if not self._active:
return False
self._refcount -= 1
self._active = False
if self._refcount == 0 and self._original_stdout:
sys.stdout = self._original_stdout
sys.stderr = self._original_stderr
if self._devnull:
self._devnull.close()
self._devnull = None
# Restore warnings
warnings.showwarning = self._original_showwarning
return False
# GPU imports
try:
import cupy as cp
from cupyx.scipy import signal as cusignal
from cuml import UMAP as cuUMAP
from cuml.cluster import KMeans as cuKMeans
GPU_AVAILABLE = True
from cuml.internals.logger import LoggerLevel
cuml.internals.logger.set_level(LoggerLevel.ERROR)
except ImportError:
print("Warning: GPU libraries not available. Falling back to CPU.")
import numpy as cp # Fallback to numpy
from scipy import signal as cusignal
from sklearn.cluster import KMeans as cuKMeans
from umap import UMAP as cuUMAP
GPU_AVAILABLE = False
# Configuration de l'utilisation du GPU
USE_GPU = GPU_AVAILABLE # Utiliser le GPU si disponible
# Configuration des chemins
PSG_DIR = "drive/MyDrive/A_collab/sleep_data/physiobank_database_sleep-edfx_sleep-cassette"
HYPNO_DIR = "drive/MyDrive/A_collab/sleep_data/physiobank_database_sleep-edfx_sleep-cassette"
OUTPUT_CSV = "sleep_clustering_results.csv"
# Configuration des bandes de fréquence
bands = {
'delta': (0.5, 4),
'theta': (4, 8),
'alpha': (8, 12),
'beta': (12, 30),
'gamma': (30, 40)
}
def process_channel(ch, sf, bands, ch_ref=None, position_norm=None):
"""Extrait les caractéristiques d'un canal EEG avec support GPU via CuPy."""
# Désactiver temporairement les logs pour les performances
with SuppressOutput():
# Validation et conversion des données d'entrée
try:
# Convertir en array numpy et forcer le type float32
ch = np.asarray(ch, dtype=np.float32).flatten()
if ch.ndim != 1 or len(ch) == 0 or np.all(np.isnan(ch)):
logger.warning(f"Canal invalide: ndim={ch.ndim}, shape={ch.shape}, nans={np.all(np.isnan(ch))}")
raise ValueError("Canal invalide")
# Si la référence est fournie, la valider aussi
if ch_ref is not None:
ch_ref = np.asarray(ch_ref, dtype=np.float32).flatten()
if ch_ref.ndim != 1 or len(ch_ref) != len(ch) or np.all(np.isnan(ch_ref)):
logger.debug("Référence invalide, utilisation de None")
ch_ref = None
except Exception as e:
logger.error(f"Erreur de validation des données d'entrée: {e}", exc_info=True)
expected_size = 6 + len(bands) + 3 + 2 + (1 if position_norm is not None else 0)
return [0.0] * expected_size
# Forcer l'initialisation du contexte CUDA si nécessaire
if USE_GPU:
try:
cp.cuda.Device(0).use() # Force l'initialisation du device GPU
except Exception as e:
print(f"Avertissement: Impossible d'initialiser le GPU: {e}")
return [0.0] * (6 + len(bands) + 3 + (1 if position_norm is not None else 0))
# Préparer les données avec le bon type et sur le bon device
if USE_GPU:
try:
# Conversion explicite et copie pour assurer la contigüité
ch_xp = cp.asarray(ch, dtype=cp.float32).copy()
ch_ref_xp = cp.asarray(ch_ref, dtype=cp.float32).copy() if ch_ref is not None else None
xp = cp
signal = cusignal
# Convertir la fréquence d'échantillonnage en float natif
sf_xp = float(sf)
except Exception as e:
print(f"Erreur lors de la préparation des données GPU: {e}")
return [0.0] * (6 + len(bands) + 3 + (1 if position_norm is not None else 0))
else:
try:
ch_xp = np.asarray(ch, dtype=np.float32)
ch_ref_xp = np.asarray(ch_ref, dtype=np.float32) if ch_ref is not None else None
xp = np
from scipy import signal
sf_xp = float(sf)
except Exception as e:
print(f"Erreur lors de la préparation des données CPU: {e}")
return [0.0] * (6 + len(bands) + 3 + (1 if position_norm is not None else 0))
features = []
try:
# 1. Statistiques de base
ch_cpu = cp.asnumpy(ch_xp) if USE_GPU else ch_xp
xp = np # Forcer l'utilisation de numpy pour les calculs CPU
features.extend([
float(xp.mean(ch_cpu)),
float(xp.std(ch_cpu)),
float(stats.skew(ch_cpu)),
float(stats.kurtosis(ch_cpu)),
float(xp.percentile(ch_cpu, 5)),
float(xp.percentile(ch_cpu, 95))
])
# 2. Analyse spectrale - Toujours utiliser le CPU pour la stabilité
try:
from scipy import signal as sp_signal # Ajout clé pour éviter l'erreur GPU !
nperseg = min(256, len(ch_xp))
# Convertir en numpy si nécessaire (pour GPU) et utiliser scipy.signal.welch
ch_cpu = cp.asnumpy(ch_xp) if USE_GPU else ch_xp
freqs_cpu, psd_cpu = sp_signal.welch(ch_cpu, fs=sf_xp, nperseg=int(nperseg))
except Exception as e:
print(f"Erreur dans l'analyse spectrale: {e}")
# Retourner un vecteur de zéros de la bonne taille
expected_size = 6 + len(bands) + 3 + 2 + (1 if position_norm is not None else 0)
return [0.0] * expected_size
# Ajouter les bandes de fréquence
for band_name, (fmin, fmax) in bands.items():
band_mask = (freqs_cpu >= fmin) & (freqs_cpu <= fmax)
if np.any(band_mask):
band_power = float(np.sum(psd_cpu[band_mask]))
features.append(band_power)
else:
features.append(0.0)
# 3. Cohérence avec un autre canal (si fourni et activé)
ENABLE_COHERENCE = True # Désactivé par défaut pour les tests
if ENABLE_COHERENCE and ch_ref is not None and ch_ref_xp is not None:
try:
f, coh = sp_signal.coherence( # utiliser sp_signal ici aussi
ch_cpu,
cp.asnumpy(ch_ref_xp) if USE_GPU else ch_ref_xp,
fs=sf,
nperseg=nperseg
)
coh_mean = float(np.mean(coh))
features.append(coh_mean)
except Exception as e:
print(f"Erreur de cohérence: {e}")
features.append(0.0)
else:
features.append(0.0)
# 4. Paramètres de Hjorth (désactivés par défaut pour les tests)
ENABLE_HJORTH = True
if ENABLE_HJORTH:
try:
diff1 = xp.diff(ch_xp, 1)
diff2 = xp.diff(ch_xp, 2)
var_ch = xp.var(ch_xp)
var_diff1 = xp.var(diff1)
var_diff2 = xp.var(diff2)
mobility = float(xp.sqrt(var_diff1 / var_ch))
complexity = float(xp.sqrt((var_diff2 * var_ch) / (var_diff1 ** 2)))
features.extend([mobility, complexity])
except Exception as e:
print(f"Erreur calcul Hjorth: {e}")
features.extend([0.0, 0.0])
else:
features.extend([0.0, 0.0])
# 6. Features temporelles complémentaires
try:
# Zero Crossing Rate (ZCR)
zc = np.where(np.diff(np.sign(ch_cpu)))[0]
zcr = len(zc) / len(ch_cpu)
# Line Length (LL)
line_length = np.sum(np.abs(np.diff(ch_cpu))) / len(ch_cpu)
features.extend([zcr, line_length])
except Exception as e:
print(f"Erreur features temporelles: {e}")
features.extend([0.0, 0.0])
# 5. Position relative (si fournie)
if position_norm is not None:
features.append(float(position_norm))
# Nettoyer la mémoire GPU si nécessaire
if USE_GPU:
cp.get_default_memory_pool().free_all_blocks()
except Exception as e:
print(f"Erreur dans process_channel: {e}")
# Retourner un vecteur de zéros de la bonne taille en cas d'erreur
expected_size = 6 + len(bands) + 3 # stats + bandes + cohérence + hjorth
if position_norm is not None:
expected_size += 1
features = [0.0] * expected_size
return features
def load_hypnogram(hypnogram_path):
try:
raw_annot = mne.io.read_raw_edf(hypnogram_path, preload=True, verbose=False)
annotations = raw_annot.annotations
stage_mapping = {
'Sleep stage W': 0,
'Sleep stage 1': 1,
'Sleep stage 2': 2,
'Sleep stage 3': 3,
'Sleep stage 4': 3,
'Sleep stage R': 4,
'Sleep stage ?': -1,
'Movement time': -1
}
mapped_stages = []
for desc in annotations.description:
mapped_stages.append(stage_mapping.get(desc, -1))
if not mapped_stages:
raise ValueError("Aucune annotation de stade de sommeil trouvée")
return np.array(mapped_stages)
except Exception as e:
print(f"Erreur lors du chargement de l'hypnogramme {os.path.basename(hypnogram_path)}: {str(e)}")
return None
def find_hypnogram(psg_path):
base_prefix = os.path.basename(psg_path)[:7] # 'SC4001E'
hypnogram_pattern = base_prefix + '*-Hypnogram.edf'
folder = os.path.dirname(psg_path)
matches = glob.glob(os.path.join(folder, hypnogram_pattern))
if len(matches) == 1:
return matches[0]
elif len(matches) > 1:
print(f"⚠️ Plusieurs hypnogrammes trouvés pour {psg_path} → {matches}")
return matches[0]
else:
print(f"❌ Aucun hypnogramme trouvé pour {psg_path}")
return None
def load_edf_with_annotations(psg_path, hypnogram_path, epoch_length=30.0):
epochs = []
true_labels = []
# Charger le PSG
raw = mne.io.read_raw_edf(psg_path, preload=True, verbose=False)
sfreq = raw.info['sfreq']
n_samples = raw.n_times
n_secs = n_samples / sfreq
n_epochs = int(np.floor(n_secs / epoch_length))
# Charger les annotations de l'hypnogramme
annotations = mne.read_annotations(hypnogram_path)
# Appliquer les annotations au signal brut
raw.set_annotations(annotations)
# Créer les epochs fixes une seule fois
epochs = mne.make_fixed_length_epochs(raw, duration=epoch_length, preload=True)
# Extraire les événements
events, event_id = mne.events_from_annotations(raw)
# Mapping des descriptions vers labels numériques
stage_mapping = {
'Sleep stage W': 0,
'Sleep stage 1': 1,
'Sleep stage 2': 2,
'Sleep stage 3': 3,
'Sleep stage 4': 3, # Sleep stage 3 et 4 fusionnés (convention AASM)
'Sleep stage R': 4,
'Sleep stage ?': -1,
'Movement time': -1,
'Sleep stage S': 3 # Certains datasets utilisent 'S' pour sommeil profond
}
# Créer un mapping inverse ID -> description
id_to_description = {v: k for k, v in event_id.items()}
# Initialiser les labels
true_labels = np.full(len(epochs), fill_value=-1, dtype=int)
# Remplir les true_labels
for event in events:
onset_sec = event[0] / sfreq
desc_id = event[2]
desc_str = id_to_description.get(desc_id, '')
# Obtenir le label
stage_label = stage_mapping.get(desc_str, -1)
# Si pas trouvé, tentative partielle
if stage_label == -1 and desc_str:
for key, value in stage_mapping.items():
if key in desc_str:
stage_label = value
break
if stage_label != -1:
start_epoch = int(onset_sec // epoch_length)
if start_epoch < len(true_labels):
true_labels[start_epoch] = stage_label
# Propager le dernier label valide
last_valid = -1
for i in range(len(true_labels)):
if true_labels[i] != -1:
last_valid = true_labels[i]
elif last_valid != -1:
true_labels[i] = last_valid
# Vérification cohérence
n_epochs_final = len(epochs)
if n_epochs_final != len(true_labels):
print(f"⚠️ Mismatch epochs ({n_epochs_final}) vs labels ({len(true_labels)}), ajustement...")
min_len = min(n_epochs_final, len(true_labels))
true_labels = true_labels[:min_len]
try:
if isinstance(epochs, np.ndarray):
epochs = epochs[:min_len]
else:
epochs = epochs.copy().crop(tmax=(min_len - 1) * epoch_length)
except Exception as e:
print(f"⚠️ Erreur lors du crop des epochs: {e}")
return None, None # Sécurité → mieux renvoyer None ici plutôt que planter
# Log d'information
n_channels = len(epochs.ch_names)
logger.info(f"✅ Données chargées: {len(epochs)} époques, {n_channels} canaux")
# Libérer la mémoire brute
del raw
# Protection du return en cas d'erreur
try:
return epochs, true_labels
except UnboundLocalError:
print("⚠️ Erreur : variable epochs non définie — retourne None.")
return None, None
def process_single_psg_file(psg_path):
"""Traite un seul fichier PSG et retourne un DataFrame avec les résultats."""
psg_filename = os.path.basename(psg_path)
subject_id = psg_filename.split('-')[0]
logger.info(f"Début du traitement du fichier: {psg_filename}")
try:
# 1. Trouver le fichier hypnogramme correspondant
hypno_path = find_hypnogram(psg_path)
if not hypno_path:
logger.warning(f"Aucun hypnogramme trouvé pour {psg_filename}")
return pd.DataFrame()
logger.info(f"Fichier hypnogramme trouvé: {os.path.basename(hypno_path)}")
# 2. Charger les données EDF brutes et les annotations
try:
with SuppressOutput():
# Charger les données EDF et les annotations en une seule fois
epochs, true_labels = load_edf_with_annotations(psg_path, hypno_path)
# Vérifier que le chargement s'est bien passé
if epochs is None or true_labels is None or len(epochs) == 0:
logger.error("Échec du chargement des données EDF et des annotations")
return pd.DataFrame()
logger.info(f"Données EDF et annotations chargées: {len(epochs)} époques")
# Extraire les données brutes des époques
data = epochs.get_data()
sfreq = epochs.info['sfreq']
n_epochs, n_channels, n_times = data.shape
# Filtrer les canaux pour ne garder que les EEG
eeg_indices = [i for i, ch_name in enumerate(epochs.ch_names) if ch_name.startswith('EEG ')]
if not eeg_indices:
logger.error("Aucun canal EEG trouvé dans les données chargées")
return pd.DataFrame()
data = data[:, eeg_indices, :]
n_channels = len(eeg_indices)
# Appliquer un filtre passe-bande
epochs.filter(0.5, 30., fir_design='firwin', verbose=False)
logger.info("Filtrage appliqué avec succès")
except Exception as e:
logger.error(f"Erreur lors du chargement des données EDF et annotations: {e}", exc_info=True)
return pd.DataFrame()
# 3. Vérifier que nous avons des données valides
if n_epochs == 0 or n_channels == 0 or n_times == 0:
logger.error("Données d'entrée invalides (époques, canaux ou temps manquants)")
return pd.DataFrame()
logger.info(f"Données prêtes pour l'extraction des caractéristiques: {n_epochs} époques x {n_channels} canaux x {n_times} points")
logger.info(f"Nombre de vrais labels chargés: {len(true_labels)}")
# 4. Vérifier la cohérence entre les données et les labels
if n_epochs != len(true_labels):
logger.warning(f"Incohérence détectée: {n_epochs} époques mais {len(true_labels)} labels. Ajustement...")
min_len = min(n_epochs, len(true_labels))
data = data[:min_len]
true_labels = true_labels[:min_len]
n_epochs = min_len
logger.info(f"Données et labels ajustés à {n_epochs} époques")
# 5. Préparer les arguments pour le traitement parallèle
args_list = []
for i in range(n_epochs):
ch_ref = data[i, 0] if n_channels > 0 else None
position_norm = i / n_epochs
for j in range(n_channels):
# Vérifier que les données ne contiennent pas de NaN ou Inf
channel_data = data[i, j]
if np.any(np.isnan(channel_data)) or np.any(np.isinf(channel_data)):
logger.warning(f"Données invalides détectées dans l'époque {i}, canal {j}. Remplacement par des zéros.")
channel_data = np.nan_to_num(channel_data, nan=0.0, posinf=0.0, neginf=0.0)
args_list.append((channel_data, sfreq, bands, ch_ref, position_norm))
# 7. Traitement des canaux (séquentiel pour GPU, parallèle pour CPU)
features_list = []
try:
if USE_GPU:
# Exécution séquentielle pour le GPU (plus stable avec CUDA)
logger.info(" ⚠️ Mode GPU activé - Traitement séquentiel pour stabilité")
for args in tqdm(args_list,
desc=" - Extraction des features (GPU)",
leave=False,
mininterval=5.0):
try:
features_list.append(process_channel(*args))
except Exception as e:
logger.warning(f"\n⚠️ Erreur lors du traitement d'un canal: {e}")
features_list.append([0.0] * 20) # Taille par défaut
else:
# Exécution parallèle pour le CPU
num_workers = min(psutil.cpu_count(logical=False), psutil.cpu_count(logical=False)) * 2
with concurrent.futures.ThreadPoolExecutor(max_workers=num_workers) as executor:
futures = [executor.submit(process_channel, *args) for args in args_list]
for future in tqdm(concurrent.futures.as_completed(futures),
total=len(futures),
desc=" - Extraction des features (CPU)",
leave=False,
mininterval=5.0):
try:
features_list.append(future.result())
except Exception as e:
logger.warning(f"\n⚠️ Erreur lors du traitement d'un canal: {e}")
features_list.append([0.0] * 20) # Taille par défaut
if not features_list:
logger.error(" ❌ Aucune feature extraite")
return pd.DataFrame()
except Exception as e:
logger.error(f" ❌ Erreur lors de l'extraction des features: {str(e)}")
return pd.DataFrame()
# 8. Préparation des données pour le clustering
try:
logger.info(" - Préparation des données pour le clustering...")
X = np.array(features_list)
# Vérifier les NaN/Inf
if np.isnan(X).any() or np.isinf(X).any():
logger.info(" - Remplacement des valeurs NaN/Inf...")
X = np.nan_to_num(X, nan=0.0, posinf=0.0, neginf=0.0)
# Normalisation
logger.info(" - Normalisation des données...")
scaler = StandardScaler()
X_scaled = scaler.fit_transform(X)
# Remodeler pour avoir (n_epochs, n_channels * n_features)
X_reshaped = X_scaled.reshape(n_epochs, -1)
# Vérifier la dimension finale
if X_reshaped.shape[1] == 0:
logger.error(" ❌ Aucune feature valide après préparation")
return pd.DataFrame()
except Exception as e:
logger.error(f" ❌ Erreur lors de la préparation des données: {str(e)}")
return pd.DataFrame()
# 9. Benchmarking des méthodes de réduction de dimension et de clustering
logger.info(" - Démarrage du benchmark...")
results = [] # Initialisation de la liste des résultats
# Configurations à tester
reducers = [
('UMAP', umap.UMAP(n_components=2, random_state=42, n_jobs=-1) if not USE_GPU
else cuUMAP(n_components=2, random_state=42, output_type='numpy', verbose=False)),
('PCA', PCA(n_components=2, random_state=42)),
('None', None)
]
clusterers = [
('KMeans', lambda: cuKMeans(n_clusters=5, random_state=42, output_type='numpy') if USE_GPU
else skKMeans(n_clusters=5, random_state=42, n_init=10)),
('HDBSCAN', lambda: hdbscan.HDBSCAN(min_cluster_size=10, min_samples=5, gen_min_span_tree=True))
]
# Boucle sur les configurations
for reducer_name, reducer in reducers:
try:
logger.info(f"\n - Test de {reducer_name}...")
# Appliquer la réduction de dimension
if reducer_name == 'None':
X_transformed = X_reshaped
else:
try:
if USE_GPU and reducer_name == 'UMAP':
X_gpu = cp.asarray(X_reshaped.astype(np.float32))
X_transformed = reducer.fit_transform(X_gpu)
del X_gpu
cp.get_default_memory_pool().free_all_blocks()
else:
X_transformed = reducer.fit_transform(X_reshaped)
except Exception as e:
logger.error(f" ❌ Erreur avec {reducer_name}: {str(e)}")
continue
nb_clusters_with_valid_labels = 0
nb_clusters_without_valid_labels = 0
# Boucle sur les méthodes de clustering
for clusterer_name, clusterer_factory in clusterers:
try:
logger.info(f" - Test de {clusterer_name}...")
# Entraîner le modèle de clustering
clusterer = clusterer_factory()
if USE_GPU and clusterer_name == 'KMeans':
X_cluster = cp.asarray(X_transformed.astype(np.float32))
clusterer.fit(X_cluster)
labels = clusterer.labels_
del X_cluster
cp.get_default_memory_pool().free_all_blocks()
else:
if hasattr(clusterer, 'fit_predict'):
labels = clusterer.fit_predict(X_transformed)
else:
clusterer.fit(X_transformed)
labels = clusterer.labels_
# Calculer les métriques
metrics = {
'psg_file': psg_filename,
'reducer': reducer_name,
'clusterer': clusterer_name,
'n_clusters': len(np.unique(labels[labels >= 0])),
'n_noise': np.sum(labels == -1) if clusterer_name == 'HDBSCAN' else 0
}
# Métriques de clustering
if len(np.unique(labels[labels >= 0])) > 1:
try:
metrics['silhouette'] = silhouette_score(X_transformed, labels)
metrics['calinski_harabasz'] = calinski_harabasz_score(X_transformed, labels)
metrics['davies_bouldin'] = davies_bouldin_score(X_transformed, labels)
except Exception as e:
logger.error(f"Erreur métriques: {str(e)}")
# Métriques par rapport aux annotations
if true_labels is not None and len(true_labels) == len(labels):
try:
# Créer un mappage cluster -> label majoritaire (avec logs + robustesse)
cluster_to_label = {}
for cluster in np.unique(labels[labels >= 0]):
mask = (labels == cluster)
true_in_cluster = true_labels[mask]
# Filtrer les labels valides
valid_true_in_cluster = true_in_cluster[true_in_cluster >= 0]
total_in_cluster = len(true_in_cluster)
valid_count = len(valid_true_in_cluster)
if valid_count > 0:
try:
# Calcul du label majoritaire
if valid_true_in_cluster.size > 0:
bincount = np.bincount(valid_true_in_cluster)
majority_label = np.argmax(bincount)
cluster_to_label[cluster] = majority_label
# Logging détaillé
label_counts = np.bincount(valid_true_in_cluster)
logger.debug(f"Cluster {cluster}: {valid_count}/{total_in_cluster} labels valides")
logger.debug(f" Répartition: {dict(zip(np.nonzero(label_counts)[0], label_counts[label_counts > 0]))}")
logger.debug(f" Label majoritaire: {majority_label} ({(np.max(bincount) / valid_count)*100:.1f}%)")
except Exception as e:
logger.warning(f"Erreur lors du calcul du label majoritaire pour le cluster {cluster}: {e}")
cluster_to_label[cluster] = -1
else:
cluster_to_label[cluster] = -1
# Prédire les labels pour tous les points
predicted_labels = np.full_like(labels, -1)
for cluster, label in cluster_to_label.items():
predicted_labels[labels == cluster] = label
# Calculer la pureté (uniquement sur les points avec des vrais labels)
valid_mask = (true_labels >= 0) & (predicted_labels >= 0)
if np.any(valid_mask):
correct = np.sum(true_labels[valid_mask] == predicted_labels[valid_mask])
total = np.sum(valid_mask)
metrics['purity'] = correct / total
metrics['n_valid_pairs'] = total
# Calculer la matrice de confusion
conf_matrix = confusion_matrix(
true_labels[valid_mask],
predicted_labels[valid_mask],
labels=np.unique(true_labels[valid_mask])
)
metrics['confusion_matrix'] = conf_matrix
# Log des informations de pureté
logger.info(f"Purity: {metrics['purity']:.3f} ({correct}/{total} points corrects)")
logger.debug("Matrice de confusion:\n%s", conf_matrix)
except Exception as e:
logger.error(f"Erreur lors du calcul de la pureté: {e}", exc_info=True)
results.append(metrics)
logger.info(f"{clusterer_name} terminé avec {metrics['n_clusters']} clusters")
except Exception as e:
logger.error(f"Erreur avec {clusterer_name}: {e}", exc_info=True)
continue
except Exception as e:
logger.error(f"Erreur lors du benchmark: {e}", exc_info=True)
return pd.DataFrame()
# Créer un DataFrame avec les résultats
if not results:
logger.error("Aucun résultat à enregistrer")
return pd.DataFrame()
results_df = pd.DataFrame(results)
results_df['subject_id'] = subject_id
results_df['psg_file'] = psg_filename
# Enregistrer les résultats
results_df.to_csv(OUTPUT_CSV, mode='a', header=not os.path.exists(OUTPUT_CSV), index=False)
logger.info(f"Résultats enregistrés dans {OUTPUT_CSV}")
return results_df
except Exception as e:
logger.critical(f"ERREUR CRITIQUE lors du traitement de {psg_filename}: {str(e)}", exc_info=True)
return pd.DataFrame()
def process_channel_wrapper(args):
"""Wrapper pour le traitement parallèle des canaux."""
return process_channel(*args)
def main():
PSGFileMaxToRead = 5
# Vérifier et créer le dossier de sortie
os.makedirs(os.path.dirname(OUTPUT_CSV) or '.', exist_ok=True)
# Lister les fichiers PSG
psg_files = glob.glob(os.path.join(PSG_DIR, '*-PSG.edf'))
if not psg_files:
print(f"Aucun fichier PSG trouvé dans {PSG_DIR}")
return
print(f" {len(psg_files)} fichiers PSG trouvés")
# Limiter le nombre de fichiers lus
if PSGFileMaxToRead is not None and PSGFileMaxToRead > 0:
psg_files = psg_files[:PSGFileMaxToRead]
print(f"Traitement de {len(psg_files)} fichiers PSG...")
# Limiter le nombre de fichiers pour les tests
# psg_files = psg_files[:1] # Décommenter pour tester avec un seul fichier
# Configuration du traitement
max_psg_workers = min(psutil.cpu_count(logical=False), 4) # Ajuster selon la mémoire GPU disponible
results = []
if USE_GPU:
# Mode hybride CPU + GPU → ThreadPoolExecutor pour paralléliser le préprocessing
logger.info("⚠️ Mode GPU hybride : ThreadPool CPU pour chargement + process_channel GPU séquentiel")
from concurrent.futures import ThreadPoolExecutor, as_completed
try:
with ThreadPoolExecutor(max_workers=4) as executor:
futures = []
for psg_file in psg_files:
futures.append(executor.submit(process_single_psg_file, psg_file))
for future in tqdm(as_completed(futures), total=len(futures),
desc="Traitement des fichiers PSG (hybride CPU/GPU)", unit="fichier"):
try:
result = future.result()
if not result.empty:
results.append(result)
# Sauvegarde incrémentielle
pd.concat(results).to_csv(OUTPUT_CSV, index=False)
logger.debug("Résultats sauvegardés")
except Exception as e:
logger.error(f"Erreur lors du traitement d'un fichier PSG: {str(e)}", exc_info=True)
continue
except Exception as e:
logger.critical("Erreur critique dans le traitement hybride", exc_info=True)
raise
else:
# Mode CPU → traitement parallèle avec ThreadPoolExecutor (classique)
logger.info(f"Lancement du traitement parallèle sur {max_psg_workers} PSG en parallèle (CPU)")
try:
with concurrent.futures.ThreadPoolExecutor(max_workers=max_psg_workers) as executor:
future_to_psg = {
executor.submit(process_single_psg_file, psg_file): psg_file
for psg_file in psg_files
}
for future in tqdm(
concurrent.futures.as_completed(future_to_psg),
total=len(psg_files),
desc="Traitement des fichiers PSG (CPU)",
unit="fichier"
):
psg_file = future_to_psg[future]
try:
result = future.result()
if not result.empty:
results.append(result)
# Sauvegarde incrémentielle
pd.concat(results).to_csv(OUTPUT_CSV, index=False)
logger.debug(f"Résultats sauvegardés pour {os.path.basename(psg_file)}")
except Exception as e:
logger.error(f"Erreur lors du traitement de {os.path.basename(psg_file)}: {str(e)}",
exc_info=True)
except Exception as e:
logger.critical("Erreur critique dans le traitement parallèle (CPU)", exc_info=True)
raise
if results:
final_df = pd.concat(results, ignore_index=True)
final_df.to_csv(OUTPUT_CSV, index=False)
print(f"\nRésultats sauvegardés dans {os.path.abspath(OUTPUT_CSV)}")
print(f"Nombre total d'analyses: {len(final_df)}")
### Ajout → Calcul du score de purity global ###
print("\n✅ Calcul du score de purity global sur l'ensemble du benchmark...")
# Récupérer toutes les matrices de confusion
all_cm = []
total_samples = 0
correct_samples = 0
for cm_str in final_df['confusion_matrix'].dropna():
cm = np.array(ast.literal_eval(cm_str)) # Convertir la liste en np.array
all_cm.append(cm)
# Pour purity: on somme les max par ligne
correct_samples += np.sum(np.max(cm, axis=1))
total_samples += np.sum(cm)
# Calcul du purity global
if total_samples > 0:
global_purity = correct_samples / total_samples
print(f"🎯 Score de purity global : {global_purity:.4f}")
# Visualisation heatmap de la matrice de confusion moyenne
if all_cm:
# Calcul de la matrice moyenne
conf_matrix_mean = np.mean(all_cm, axis=0)
# Labels des stades (tu peux les adapter selon ta convention)
stage_labels = ['W', 'N1', 'N2', 'N3/N4', 'REM']
# Affichage de la heatmap
plt.figure(figsize=(8, 6))
sns.heatmap(conf_matrix_mean, annot=True, fmt='.1f', cmap='Blues',
xticklabels=stage_labels, yticklabels=stage_labels)
plt.title('Matrice de confusion moyenne finale (sur toutes les runs)')
plt.xlabel('Stade de sommeil prédit')
plt.ylabel('Vrai stade de sommeil')
plt.tight_layout()
if not matplotlib.is_interactive():
print("⚠️ Mode non interactif détecté → sauvegarde de la heatmap en PNG.")
plt.savefig("confusion_matrix_mean.png")
else:
plt.show()
else:
print("⚠️ Pas de matrice de confusion disponible pour afficher la heatmap.")
else:
print("⚠️ Pas de matrice de confusion valide pour calculer la purity globale.")
if __name__ == "__main__":
main()