2.homolog_prediction error

[LluYyao]

陈老师您好，我在运行homolog_prediction这一步中的b.hitToGenePrediction的时候出现报错，具体log如下

报错后我查看了b.hitToGenePrediction这一步的脚本，发现脚本会将同源蛋白放入不同的chunk文件中，但我的chunk会停留在chunk2355这一文件夹，我反复将程序提交几次后依然是在写入chunk2355的时候程序就会停止报错

这样如何解决呢？

[liuxinyu981012]

请问该问题解决了吗？

[LluYyao]

请问该问题解决了吗？

解决了，只需要将gth，exonerate和genewise单独运行一次就行了，具体命令可以去脚本里查看

[liuxinyu981012]

非常感谢您的回复。我单独运行了：/work/user/software/geta-master/bin/homolog_prediction.02HitToGenePrediction --cpu 20 --method exonerate --genetic_code 1 --tmp_dir b.hitToGenePrediction /work/user/01.geta_primary/out.tmp/homolog.fasta /work/user/01.geta_primary/out.tmp/genome.fasta out.filteredHits.tab > out.geneModels.tab 2> b.hitToGenePrediction.log，运行之后command.exonerate.list.completed是正常在生成的；但是单独运行：/work/user/software/geta-master/bin/homolog_prediction.02HitToGenePrediction --cpu 20 --method genewise --genetic_code 1 --tmp_dir b.hitToGenePrediction /work/user/01.geta_primary/out.tmp/homolog.fasta /work/user/01.geta_primary/out.tmp/genome.fasta out.filteredHits.tab > out.geneModels.tab 2> b.hitToGenePrediction.log，运行之后，command.genewise.list.completed中没有生成任何内容，相反，command.genewise.list.failed中一直生成一些命令。还想再请问这是什么原因？

[LluYyao]

非常感谢您的回复。我单独运行了：/work/user/software/geta-master/bin/homolog_prediction.02HitToGenePrediction --cpu 20 --method exonerate --genetic_code 1 --tmp_dir b.hitToGenePrediction /work/user/01.geta_primary/out.tmp/homolog.fasta /work/user/01.geta_primary/out.tmp/genome.fasta out.filteredHits.tab > out.geneModels.tab 2> b.hitToGenePrediction.log，运行之后command.exonerate.list.completed是正常在生成的；但是单独运行：/work/user/software/geta-master/bin/homolog_prediction.02HitToGenePrediction --cpu 20 --method genewise --genetic_code 1 --tmp_dir b.hitToGenePrediction /work/user/01.geta_primary/out.tmp/homolog.fasta /work/user/01.geta_primary/out.tmp/genome.fasta out.filteredHits.tab > out.geneModels.tab 2> b.hitToGenePrediction.log，运行之后，command.genewise.list.completed中没有生成任何内容，相反，command.genewise.list.failed中一直生成一些命令。还想再请问这是什么原因？

很抱歉，我并没有遇到您这样的情况；因为我当时是使用的老版本的geta，和目前的gate在很多脚本上有很多区别，所以我的解决方法可能不适用于更新脚本后的geta；

但我可以将我的方法告诉您，以便您参考：首先是我的b.hitToGenePrediction文件含有三个list文件，也就是command.genewise.list，command.gth.list和command.exonerate.list，之后我是分别用以下命令运行三个list文件
set -eux parallel -j 20 :::: /路径/list文件/
之后再重新运行geta就可以了

并且我看您的问题在于command.genewise.list.completed中没有生成任何内容，而是command.genewise.list.failed有内容，我认为是在genewsie这一步出问题了，command.genewise.list中的命令并没有成功运行，而是失败了；可能是genewise没有成功安装，或者您成功按照INSTALL文件中的安装方式安装了genewise，但没有将其加入环境变量中；如果加入环境变量了也无法运行，您也可以修改脚本，使用genewise的绝对路径去运行脚本中的命令

以上就是我的建议，希望能帮助到您