diff --git a/src/pyscenic/cli/utils.py b/src/pyscenic/cli/utils.py index 95f98e5..d17403b 100644 --- a/src/pyscenic/cli/utils.py +++ b/src/pyscenic/cli/utils.py @@ -140,7 +140,7 @@ def load_exp_matrix( adata = read_h5ad(filename=fname, backed="r") if return_sparse: # expr, gene, cell: - return adata.X.value, adata.var_names.values, adata.obs_names.values + return adata.X.to_memory(), adata.var_names.values, adata.obs_names.values else: return pd.DataFrame( adata.X.value.todense(),