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Shiny App Portal

docker compose up -d
# shut down
# docker compose down

文件说明

• dependencies.R - 依赖配置文件，在这里添加你需要的 R 包
• init.sh - 初始化脚本（在容器启动时运行）

如何添加依赖

1. CRAN 包

编辑 dependencies.R，在 cran_packages 向量中添加包名：

https://rocker-project.org/images/versioned/shiny.html 默认使用 shiny-verse 基础镜像，已经安装了很多基础依赖包。

cran_packages <- c(
  "ggplot2",
  "dplyr",
  "lubridate"
)

2. GitHub 包

编辑 dependencies.R，在 github_packages 向量中添加包（格式：username/repo）：

github_packages <- c(
  "tidyverse/ggplot2",
  "rstudio/shiny"
)

3. Bioconductor 包

编辑 dependencies.R，在 bioconductor_packages 向量中添加包名：

bioconductor_packages <- c(
  "Biobase",
  "limma"
)

如何运行安装

方法 1：手动运行（推荐用于测试）

docker compose exec shiny-server Rscript /scripts/dependencies.R

方法 2：重启容器（会自动运行）

修改 docker-compose.yml 添加入口点：

services:
  shiny-server:
    image: rocker/shiny-verse:latest
    # ... 其他配置 ...
    command: ["/scripts/init.sh", "/init"]

然后重启：

docker compose down && docker compose up -d

特点

• ✅ 自动跳过已安装的包
• ✅ 支持 CRAN、GitHub、Bioconductor 三种来源
• ✅ 包安装到 /usr/local/lib/R/extra-library（持久化到本地 r-libs 目录）
• ✅ 每次启动只安装缺失的包，节省时间