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generate_test_data.md

File metadata and controls

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Commands to generate test data through the pipeline

Null models

Gaussian family

null_model.py --cluster_file=cluster_cfg.json testdata/null_model.config
cp data/test_null_model_invnorm.RData testdata/null_model.RData
cp data/test_null_model_invnorm_reportonly.RData testdata/null_model_reportonly.RData

Binary

null_model.py --cluster_file=cluster_cfg.json testdata/null_model_binary.config
cp data/test_null_model.RData testdata/null_model_binary.RData
cp data/test_null_model_reportonly.RData testdata/null_model_binary_reportonly.RData

Unrelated only

null_model.py --cluster_file=cluster_cfg.json testdata/null_model_unrel.config
cp data/test_null_model_invnorm.RData testdata/null_model_unrel.RData
cp data/test_null_model_invnorm_reportonly.RData testdata/null_model_unrel_reportonly.RData