diff --git a/cime_config/buildnml b/cime_config/buildnml index 967a50fa..348a21f8 100755 --- a/cime_config/buildnml +++ b/cime_config/buildnml @@ -78,6 +78,8 @@ def buildnml(case, caseroot, compname): blom_coupling = case.get_value("BLOM_COUPLING") blom_tracer_modules = case.get_value("BLOM_TRACER_MODULES") blom_atrc = case.get_value("BLOM_ATRC") + blom_output_size = case.get_value("BLOM_OUTPUT_SIZE") + hamocc_output_size = case.get_value("HAMOCC_OUTPUT_SIZE") hamocc_ciso = case.get_value("HAMOCC_CISO") hamocc_extncycle = case.get_value("HAMOCC_EXTNCYCLE") hamocc_n2oc = case.get_value("HAMOCC_N2OC") @@ -230,6 +232,8 @@ def buildnml(case, caseroot, compname): config["blom_coupling"] = blom_coupling config["blom_tracer_modules"] = blom_tracer_modules config["blom_atrc"] = blom_atrc + config["blom_output_size"] = blom_output_size + config["hamocc_output_size"] = hamocc_output_size config["hamocc_ciso"] = "yes" if hamocc_ciso else "no" config["hamocc_extncycle"] = "yes" if hamocc_extncycle else "no" config["hamocc_n2oc"] = "yes" if hamocc_n2oc else "no" diff --git a/cime_config/config_component.xml b/cime_config/config_component.xml index cf99b7db..7626b987 100644 --- a/cime_config/config_component.xml +++ b/cime_config/config_component.xml @@ -4,6 +4,15 @@ + + char + spinup + spinup + run_component_blom + env_run.xml + Namelist option to set BLOM output option. + + char blom @@ -201,6 +210,15 @@ Namelist option to set sinking scheme. Requires module ecosys + + char + spinup + spinup + run_component_blom + env_run.xml + Namelist option to set iHAMOCC output option. Requires module ecosys + + logical TRUE,FALSE diff --git a/cime_config/namelist_definition_blom.xml b/cime_config/namelist_definition_blom.xml index 50dfefd1..73ee5242 100644 --- a/cime_config/namelist_definition_blom.xml +++ b/cime_config/namelist_definition_blom.xml @@ -1562,6 +1562,7 @@ diaphy 'hd','hm','hy' + 'hd','hm','hy' tag used in file name (c10) @@ -1572,6 +1573,7 @@ diaphy 1,30,365 + 1,30,365 average period in days @@ -1584,6 +1586,7 @@ 30,30,365 1,30,365 30,30,365 + 30,30,365 how often to start a new file in days @@ -1594,6 +1597,7 @@ diaphy 0,0,0 + 0,0,0 switch for compressed/uncompressed output @@ -1606,6 +1610,7 @@ 0,0,0 1,1,1 1,1,1 + 1,1,1 netcdf format (valid arguments are 0 for classic, 1 for 64-bit @@ -1621,6 +1626,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 absolute wind speed [m s-1] @@ -1632,6 +1638,7 @@ 0,0,0 0,0,0 + 0,0,0 surface albedo [] @@ -1644,6 +1651,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 Barotropic mass streamfunction [kg s-1] @@ -1656,6 +1664,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 brine flux [kg m-2 s-1] @@ -1668,6 +1677,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 brine plume depth [m] @@ -1680,6 +1690,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0,0 non-solar heat flux derivative [W m-2 K-1] @@ -1692,6 +1703,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 evaporation [kg m-2 s-1] @@ -1704,6 +1716,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 ice concentration [%] @@ -1716,6 +1729,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 fresh water flux due to melting/freezing [kg m-2 s-1] @@ -1728,6 +1742,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0,0 ice thickness [m] @@ -1740,6 +1755,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 heat flux due to melting/freezing [W m-2] @@ -1752,6 +1768,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0,0 snow depth [m] @@ -1764,6 +1781,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0,0 ice age [d] @@ -1776,6 +1794,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 mixed layer inertial kinetic energy tendency [kg s-3] @@ -1788,6 +1807,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 Langmuir enhancement factor [] @@ -1800,6 +1820,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 Surface layer averaged Langmuir number [] @@ -1812,6 +1833,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 liquid precipitation [kg m-2 s-1] @@ -1824,6 +1846,7 @@ 4,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 maximum mixed layer depth [m] @@ -1836,6 +1859,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 mixed layer depth [m] @@ -1848,6 +1872,7 @@ 4,4,0 4,4,0 0,0,0 + 4,4,0 mixed layer thickness using "sigma-t" criterion [m] @@ -1860,6 +1885,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 minimum mixed layer thickness using "sigma-t" criterion [m] @@ -1872,6 +1898,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 maximum mixed layer thickness using "sigma-t" criterion [m] @@ -1884,6 +1911,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 mixed layer thickness squared using "sigma-t" criterion [m2] @@ -1896,6 +1924,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 mixed layer TKE tendency related to friction velocity [kg s-3] @@ -1908,6 +1937,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 mixed layer TKE tendency related to near inertial mot. [kg s-3] @@ -1920,6 +1950,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 mixed layer TKE tendency related to buoyancy forcing [kg s-3] @@ -1932,6 +1963,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 mixed layer TKE tendency related to eddy restrat. [kg s-3] @@ -1944,6 +1976,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 mixed layer TKE tendency related to pot. energy change [kg s-3] @@ -1956,6 +1989,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 mixed layer TKE tendency related to kin. energy change [kg s-3] @@ -1968,6 +2002,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 wind stress y-component [N m-2] @@ -1980,6 +2015,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 non-solar heat flux [W m-2] @@ -1992,6 +2028,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 bottom pressure [Pa] @@ -2004,6 +2041,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 surface pressure [Pa] @@ -2016,6 +2054,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 frozen runoff [kg m-2 s-1] @@ -2028,6 +2067,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 liquid runoff [kg m-2 s-1] @@ -2040,6 +2080,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 salt flux received by ocean [kg m-2 s-1] @@ -2052,6 +2093,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 restoring salt flux received by ocean [kg m-2 s-1] @@ -2064,6 +2106,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 bottom salinity [g kg-1] @@ -2076,6 +2119,7 @@ 4,4,0 4,4,0 0,0,0 + 4,4,0 sea level [m] @@ -2088,6 +2132,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 sea level squared [m2] @@ -2100,6 +2145,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 salt flux [kg m-2 s-1] @@ -2112,6 +2158,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 solid precipitation [kg m-2 s-1] @@ -2124,6 +2171,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 mixed layer density [kg m-3] @@ -2136,6 +2184,7 @@ 4,4,0 4,4,0 0,0,0 + 4,4,0 ocean surface salinity [g kg-1] @@ -2148,6 +2197,7 @@ 4,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 ocean surface salinity squared [g2 kg-2] @@ -2160,6 +2210,7 @@ 4,4,0 4,4,0 0,0,0 + 4,4,0 ocean surface temperature [degC] @@ -2172,6 +2223,7 @@ 4,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 ocean surface temperature squared [degC2] @@ -2184,6 +2236,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 heat flux received by ocean [W m-2] @@ -2196,6 +2249,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 restoring heat flux received by ocean [W m-2] @@ -2208,6 +2262,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 short-wave heat flux [W m-2] @@ -2220,6 +2275,7 @@ 4,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 20C isoterm depth [m] @@ -2232,6 +2288,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 momentum flux received by ocean x-component [N m-2] @@ -2244,6 +2301,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 momentum flux received by ocean y-component [N m-2] @@ -2256,6 +2314,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 bottom temperature [degC] @@ -2268,6 +2327,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0,0 ice temperature [degC] @@ -2280,6 +2340,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0,0 surface temperature [degC] @@ -2292,6 +2353,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 barotropic velocity x-component [m s-1] @@ -2304,6 +2366,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0,0 ice velocity x-component [m s-1] @@ -2316,6 +2379,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 friction velocity [m s-1] @@ -2328,6 +2392,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 friction velocity cubed [m3 s-3] @@ -2340,6 +2405,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0,0 surface Stokes drift x-componen [m s-1] @@ -2352,6 +2418,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 barotropic velocity y-component [m s-1] @@ -2364,6 +2431,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0,0 ice velocity y-component [m s-1] @@ -2376,6 +2444,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0,0 surface Stokes drift y-componen [m s-1] @@ -2388,6 +2457,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 wind stress x-component [N m-2] @@ -2400,6 +2470,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 buoyancy frequency squared [s-1] @@ -2412,6 +2483,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 vertical diffusivity [log10(m2 s-1)|m2 s-1] @@ -2424,6 +2496,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 vertical momentum diffusivity [log10(m2 s-1)|m2 s-1] @@ -2436,6 +2509,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 vertical heat diffusivity [log10(m2 s-1)|m2 s-1] @@ -2448,6 +2522,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 vertical salt diffusivity [log10(m2 s-1)|m2 s-1] @@ -2460,6 +2535,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 layer interface diffusivity [log10(m2 s-1)] @@ -2472,6 +2548,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 isopycnal diffusivity [log10(m2 s-1)] @@ -2484,6 +2561,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 add desc @@ -2496,6 +2574,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 add desc @@ -2508,6 +2587,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 add desc @@ -2520,6 +2600,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 add desc @@ -2532,6 +2613,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2544,6 +2626,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2556,6 +2639,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2568,6 +2652,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2580,6 +2665,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2592,6 +2678,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2604,6 +2691,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2616,6 +2704,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2628,6 +2717,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2640,6 +2730,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2652,6 +2743,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2664,6 +2756,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2676,6 +2769,7 @@ 0,4,0 0,0,4 0,0,0 + 0,4,0 add desc @@ -2688,6 +2782,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2700,6 +2795,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2712,6 +2808,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2724,6 +2821,7 @@ 0,0,4 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2736,6 +2834,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2748,6 +2847,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2760,6 +2860,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2772,6 +2873,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2784,6 +2886,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2796,6 +2899,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2808,6 +2912,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2820,6 +2925,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,0 add desc @@ -2832,6 +2938,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2844,6 +2951,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2856,6 +2964,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2868,6 +2977,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2880,6 +2990,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2892,6 +3003,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2904,6 +3016,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -2916,6 +3029,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -2928,6 +3042,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2940,6 +3055,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -2952,6 +3068,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -2964,6 +3081,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -2976,6 +3094,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -2988,6 +3107,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3000,6 +3120,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3012,6 +3133,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3024,6 +3146,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -3036,6 +3159,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3048,6 +3172,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3060,6 +3185,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3072,6 +3198,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3084,6 +3211,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3096,6 +3224,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3108,6 +3237,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3120,6 +3250,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3132,6 +3263,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3144,6 +3276,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3156,6 +3289,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3168,6 +3302,7 @@ 0,4,0 0,0,4 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3180,6 +3315,7 @@ 0,4,0 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3194,6 +3330,7 @@ 0,0,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3206,6 +3343,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3218,6 +3356,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3230,6 +3369,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3242,6 +3382,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3254,6 +3395,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3266,6 +3408,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3278,6 +3421,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3290,6 +3434,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3302,6 +3447,7 @@ 0,0,4 0,0,4 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3314,6 +3460,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3326,6 +3473,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,4 add desc @@ -3338,6 +3486,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -3350,6 +3499,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -3362,6 +3512,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -3374,6 +3525,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,0,0 add desc @@ -3386,6 +3538,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3398,6 +3551,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3410,6 +3564,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3422,6 +3577,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3434,6 +3590,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3446,6 +3603,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3458,6 +3616,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3470,6 +3629,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3482,6 +3642,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3494,6 +3655,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3506,6 +3668,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3518,6 +3681,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3530,6 +3694,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3542,6 +3707,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3554,6 +3720,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3566,6 +3733,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3578,6 +3746,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3590,6 +3759,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3602,6 +3772,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3614,6 +3785,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3626,6 +3798,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -3638,6 +3811,7 @@ 0,4,0 4,4,0 0,0,0 + 0,4,4 add desc @@ -5359,6 +5533,7 @@ diabgc 'hbgcd','hbgcm','hbgcy' + 'hbgcm','hbgcy' File name extension for BGC output frequencies @@ -5369,6 +5544,7 @@ diabgc 1,30,365 + 30,365 Averaging period for BGC diagnostic output @@ -5381,6 +5557,7 @@ 30,30,365 1,30,365 0,0,0 + 30,365 Frequency for writing the BGC output @@ -5391,6 +5568,7 @@ diabgc 0,0,0 + 0,0 switch for compressed/uncompressed output @@ -5403,6 +5581,7 @@ 0,0,0 1,1,1 1,1,1 + 1,1 netcdf format (valid arguments are 0 for classic, 1 for 64-bit offset and 2 for netcdf4/hdf5 format) @@ -5413,6 +5592,7 @@ diabgc 0,1,0 + 1,2 Writing the BGC inventory files at BGC frequencies @@ -5422,9 +5602,9 @@ diabgc diabgc - 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Phosphorus (po4) [mol P m-3] @@ -5437,6 +5617,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Oxygen (o2) [mol O2 m-3] @@ -5449,6 +5630,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Dissolved iron (dfe) [mol Fe m-3] @@ -5461,6 +5643,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Nitrate (no3) [mol N m-3] @@ -5473,6 +5656,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Surface nitrite concentration [mol NO2 m-3] - extended N cycle only @@ -5485,6 +5669,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Surface ammonium concentration [mol NH4 m-3] - extended N cycle only @@ -5497,6 +5682,7 @@ 4,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Natural alkalinity (nattalk) [eq m-3] @@ -5509,6 +5695,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Surface silicate concentration [mol Si m-3] @@ -5521,6 +5708,7 @@ 4,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Dissolved carbon (dissic) [mol C m-3] @@ -5533,6 +5721,7 @@ 4,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Phytoplankton (phyc) [mol C m-3] @@ -5545,6 +5734,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 pH (ph) [-log10([h+])] @@ -5557,6 +5747,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Export production (epc100) [mol C m-2 s-1] @@ -5569,6 +5760,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Si export production (epsi100) [mol Si m-2 s-1] @@ -5581,6 +5773,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Ca export production (epcalc100) [mol Ca m-2 s-1] @@ -5593,6 +5786,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Piston velocity (kwco2) [m s-1] @@ -5605,6 +5799,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Piston velocity times solubility (kwco2*kh0) [m s-1 mol kg-1 uatm-1] @@ -5617,6 +5812,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 CO2 solubility (kh0) [mol kg-1 uatm-1] @@ -5629,6 +5825,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Surface CO2 fugacity [uatm] @@ -5641,6 +5838,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Surface pCO2 [uatm] @@ -5653,6 +5851,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 CO2 dry air mixing ratio that would be in equilibrium with the surface ocean [ppm] @@ -5665,6 +5864,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Atmospheric pCO2 at the air-sea interface as seen by the gas-exchange parameterization [uatm] @@ -5677,6 +5877,7 @@ 4,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Downward CO2 flux (co2fxd) [kg C m-2 s-1] @@ -5689,6 +5890,7 @@ 4,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Upward CO2 flux (co2fxu) [kg C m-2 s-1] @@ -5701,6 +5903,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Oxygen flux (fgo2) [mol O2 m-2 s-1] @@ -5713,6 +5916,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Nitrogen flux (fgn2) [mol N2 m-2 s-1] @@ -5725,6 +5929,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Surface pN2O under moist air [uatm] @@ -5737,6 +5942,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Nitrous oxide flux [mol N2O m-2 s-1] @@ -5749,6 +5955,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Surface pNH3 under moist air [natm] @@ -5761,6 +5968,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Ammonia flux [mol NH3 m-2 s-1] @@ -5773,6 +5981,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 DMS flux (dmsflux) [mol DMS m-2 s-1] @@ -5785,6 +5994,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 surface DMS concentration (dms) [mol DMS m-3] @@ -5797,6 +6007,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 DMS production (dmsprod) [mol DMS m-2 s-1] @@ -5809,6 +6020,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 DMS bacterial consuption (dms_bac) [mol DMS m-2 s-1] @@ -5821,6 +6033,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 DMS decomposition by UV (dms_uv) [mol DMS m-2 s-1] @@ -5833,6 +6046,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Atmospheric CO2 (atmco2) [ppm] @@ -5845,6 +6059,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Atmospheric O2 (atmo2) [ppm] @@ -5857,6 +6072,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Atmospheric N2 (atmn2) [ppm] @@ -5869,6 +6085,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Atmospheric NH3 [ppt] @@ -5881,6 +6098,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Atmospheric N2O [ppt] @@ -5893,6 +6111,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Natural dissolved carbon (natdissic) [mol C m-3] @@ -5905,6 +6124,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Natural alkalinity (nattalk) [eq m-3] @@ -5917,6 +6137,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Natural pH (natph) [-log10([h+])] @@ -5929,6 +6150,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Natural surface PCO2 (spco2) [uatm] @@ -5941,6 +6163,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Natural net CO2 flux (natco2fx) [kg C m-2 s-1] @@ -5953,6 +6176,7 @@ 0,2,2 0,2,2 0,0,0 + 2,2 Downward 13CO2 flux (co213fxd) [kg C m-2 s-1] @@ -5965,6 +6189,7 @@ 0,2,2 0,2,2 0,0,0 + 2,2 Upward 13CO2 flux (co213fxu) [kg C m-2 s-1] @@ -5977,6 +6202,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Downward 14CO2 flux (co214fxd) [kg C m-2 s-1] @@ -5989,6 +6215,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Upward 14CO2 flux (co214fxu) [kg C m-2 s-1] @@ -6001,6 +6228,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 CFC11 flux [mol CFC11 m-2 s-1] @@ -6013,6 +6241,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 CFC12 flux [mol CFC12 m-2 s-1] @@ -6025,6 +6254,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 SF6 flux [mol SF6 m-2 s-1] @@ -6037,6 +6267,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Atmospheric bromoform [ppt] @@ -6049,6 +6280,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Surface bromoform concentration [mol CHBr3 m-3] @@ -6061,6 +6293,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Surface bromoform flux [mol CHBr3 -m2 s-1] @@ -6073,6 +6306,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Integrated bromoform production [mol CHBr3 m-2 s-1] @@ -6085,6 +6319,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Integrated bromoform loss to photolysis [mol CHBr m-2 s-1] @@ -6097,6 +6332,7 @@ 4,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Primary production (pp) [mol C m-3 s-1] @@ -6109,6 +6345,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Vertically integrated nitrogen fixation @@ -6121,6 +6358,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Vertically integrated denitrification @@ -6133,6 +6371,7 @@ 0,0,0 0,2,2 4,2,2 + 2,2 NOy nitrogen deposition flux [mol N m-2 s-1] @@ -6145,6 +6384,7 @@ 0,0,0 0,2,2 4,2,2 + 2,2 NHx nitrogen deposition flux [mol N m-2 s-1] - extended N cycle only @@ -6157,6 +6397,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0 namelist for diagnostic iHAMOCC output @@ -6169,6 +6410,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational POC flux at 100m [mol C m-2 s-1] @@ -6181,6 +6423,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational POC flux at 500m [mol C m-2 s-1] @@ -6193,6 +6436,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational POC flux at 1000m [mol C m-2 s-1] @@ -6205,6 +6449,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational POC flux at 2000m [mol C m-2 s-1] @@ -6217,6 +6462,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational POC flux at 4000m [mol C m-2 s-1] @@ -6229,6 +6475,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational POC flux to the sediment [mol C m-2 s-1] @@ -6241,6 +6488,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational dust fluxes at 100m @@ -6253,6 +6501,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational dust fluxes at 500m @@ -6265,6 +6514,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational dust fluxes at 1000m @@ -6277,6 +6527,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational dust fluxes at 2000m @@ -6289,6 +6540,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational dust fluxes at 4000m @@ -6301,6 +6553,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational dust fluxes to sediment @@ -6313,6 +6566,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational opal flux at 100m [mol Si m-2 s-1] @@ -6325,6 +6579,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational opal flux at 500m [mol Si m-2 s-1] @@ -6337,6 +6592,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational opal flux at 1000m [mol Si m-2 s-1] @@ -6349,6 +6605,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational opal flux at 2000m [mol Si m-2 s-1] @@ -6361,6 +6618,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational opal flux at 4000m [mol Si m-2 s-1] @@ -6373,6 +6631,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational opal flux to the sediment [mol Si m-2 s-1] @@ -6385,6 +6644,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational CaCO3 flux at 100m [mol Ca m-2 s-1] @@ -6397,6 +6657,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational CaCO3 flux at 500m [mol Ca m-2 s-1] @@ -6409,6 +6670,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational CaCO3 flux at 1000m [mol Ca m-2 s-1] @@ -6421,6 +6683,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational CaCO3 flux at 2000m [mol Ca m-2 s-1] @@ -6433,6 +6696,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational CaCO3 flux at 4000m [mol Ca m-2 s-1] @@ -6445,6 +6709,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 2,2 Gravitational CaCO3 flux to the sediment [mol Ca m-2 s-1] @@ -6457,6 +6722,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Phytoplankton [mol P m-3] @@ -6469,6 +6735,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Zooplankton [mol P m-3] @@ -6481,6 +6748,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Dissolved organic carbon [mol P m-3] @@ -6493,6 +6761,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Primary production [mol C m-3] @@ -6505,6 +6774,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Phosphorus (po4) [mol P m-3] @@ -6517,6 +6787,7 @@ 0,0,4 4,0,4 0,0,0 + 0,0 Oxygen (o2) [mol O2 m-3] @@ -6529,6 +6800,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Dissolved iron (dfe) [mol Fe m-3] @@ -6541,6 +6813,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Nitrate concentration [mol NO3 m-3] @@ -6553,6 +6826,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Nitrite concentration [mol NO2 m-3] - extended N cycle only @@ -6565,6 +6839,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Ammonium concentration [mol NH4 m-3] - extended N cycle only @@ -6577,6 +6852,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 nitrification rate on NH4 [mol NH4 m-3 s-1] - extended N cycle only @@ -6589,6 +6865,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 nitrification rate on NO2 [mol NO2 m-3 s-1] - extended N cycle only @@ -6601,6 +6878,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 N2O production rate during nitrification on NH4 [mol N2O m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -6613,6 +6891,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 detritus production during nitrification on NH4 [mol P m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -6625,6 +6904,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 detritus production during nitrification on NO2 [mol P m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -6637,6 +6917,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 denitrification rate on NO3 [mol NO3 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -6649,6 +6930,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 denitrification rate on NO2 [mol NO2 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -6661,6 +6943,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 denitrification rate on N20 [mol N20 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -6673,6 +6956,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 DNRA on NO2 [mol NO2 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -6685,6 +6969,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 anammox N2 production [mol N2 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -6697,6 +6982,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 anammox detritus production [mol P m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -6709,6 +6995,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 PP consumption of NH4 [mol NH4 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -6721,6 +7008,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 PP consumption of NH4 [mol NH4 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -6733,6 +7021,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 aerob remineralization rate (sev. sources) [mol NH4 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -6745,6 +7034,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 sulfate-based remin rate on det [mol P m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -6757,6 +7047,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 M4AGO aggregate mean settling velocity [m/d] @@ -6769,6 +7060,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 molecular dynamic viscosity of sea water [kg m-1 s-1] @@ -6781,6 +7073,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 stickiness of opal frustule [-] @@ -6793,6 +7086,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 stickiness of opal frustule [-] @@ -6805,6 +7099,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 maximum aggregate diameter [m] @@ -6817,6 +7112,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 mean primary particle diameter [m] @@ -6829,6 +7125,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 mean primary particle density [kg/m3] @@ -6841,6 +7138,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 concentration weighted mean diameter of aggregates [m] @@ -6853,6 +7151,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 fractal dimension of aggregates [-] @@ -6865,6 +7164,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 slope of aggregate number distribution [-] @@ -6877,6 +7177,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Volume-weighted mean aggregate density [kg m-3] @@ -6889,6 +7190,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Volume-weighted mean aggregate porosity [-] @@ -6901,6 +7203,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Alkalinity [eq m-3] @@ -6913,6 +7216,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Silicate [mol Si m-3] @@ -6925,6 +7229,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Dissolved inorganic carbon [mol C m-3] @@ -6937,6 +7242,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Detritus [mol P m-3] @@ -6949,6 +7255,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 CaCO3 shells (calc) [mol C m-3] @@ -6961,6 +7268,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Opal shells (opal) [mol Si m-3] @@ -6973,6 +7281,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Carbonate ions (co3) [mol C m-3] @@ -6985,6 +7294,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0 Nitrous oxide concentration [mol N2O m-3] @@ -6997,6 +7307,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 pH [-log10([H+])] @@ -7009,6 +7320,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Calcite saturation state (omegac) [1] @@ -7021,6 +7333,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Natural aragonite saturation state (natomegaa) [1] @@ -7033,6 +7346,7 @@ 0,0,4 4,0,4 0,0,0 + 0,0 preformed oxygen (p_o2) [mol O2 m-3] @@ -7045,6 +7359,7 @@ 0,0,4 4,0,4 0,0,0 + 0,0 Saturated oxygen (satoxy) [mol O2 m-3] @@ -7057,6 +7372,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Preformed phosphorus [mol P m-3] @@ -7069,6 +7385,7 @@ 0,0,4 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Pre-formed silica [mol Si m-3] @@ -7081,6 +7398,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 preformed alkalinity (p_talk) [eq m-3] @@ -7093,6 +7411,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 preformed DIC (p_dic) [mol C m-3] @@ -7105,6 +7424,7 @@ 0,4,4 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Shelfsea water residence time [d] @@ -7118,6 +7438,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 saturated DIC (dic_sat) [mol C m-3] @@ -7130,6 +7451,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Natural dissolved carbon (natdissic) [mol C m-3] @@ -7142,6 +7464,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Natural alkalinity (nattalk) [eq m-3] @@ -7154,6 +7477,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Natural carbonate ion concentration (natco3) [mol C m-3] @@ -7166,6 +7490,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Natural CaCO3 shells (natcalc) [mol C m-3] @@ -7178,6 +7503,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Natural pH (natph) [-log10([h+])] @@ -7190,6 +7516,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Natural calcite saturation state (natomegac) [1] @@ -7202,6 +7529,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Natural aragonite saturation state (natomegaa) [1] @@ -7214,6 +7542,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Dissolved C13 (dissic13) [mol C m-3] @@ -7226,6 +7555,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Dissolved C14 (dissic14) [mol C m-3] @@ -7238,6 +7568,7 @@ 0,0,2 0,0,2 0,0,0 + 0,0 at-depth variable sediment porosity (as opposed to default: only depth) @@ -7250,6 +7581,7 @@ 0,0,2 0,0,2 0,0,0 + 0,0 delta 14C of DIC [1] @@ -7262,6 +7594,7 @@ 0,0,2 0,0,2 0,0,0 + 0,0 Delta 14C of DIC [1] @@ -7274,6 +7607,7 @@ 0,0,2 0,0,2 0,0,0 + 0,0 Particulate organic carbon 13 (detoc13) [mol C m-3] @@ -7286,6 +7620,7 @@ 0,0,2 0,0,2 0,0,0 + 0,0 Dissolved organic carbon 13 (dissoc13) [mol C m-3] @@ -7298,6 +7633,7 @@ 0,0,2 0,0,2 0,0,0 + 0,0 Particulate inorganic carbon 13 (calc13) [mol C m-3] @@ -7310,6 +7646,7 @@ 0,0,2 0,0,2 0,0,0 + 0,0 13C of phytoplankton biomass (phyc13) [mol C m-3] @@ -7322,6 +7659,7 @@ 0,0,2 0,0,2 0,0,0 + 0,0 13C of zootoplankton biomass (zooc13) [mol C m-3] @@ -7334,6 +7672,7 @@ 0,0,2 0,0,2 0,0,0 + 0,0 CFC11 concentration [mol CFC11 m-3] @@ -7346,6 +7685,7 @@ 0,0,2 0,0,2 0,0,0 + 0,0 CFC12 concentration [mol CFC12 m-3] @@ -7358,6 +7698,7 @@ 0,0,2 0,0,2 0,0,0 + 0,0 SF6 concentration [mol SF6 m-3] @@ -7370,6 +7711,7 @@ 0,0,2 0,0,2 0,0,0 + 0,0 index of point diagnostics (i) @@ -7382,6 +7724,7 @@ 0,0,2 0,0,2 0,0,0 + 0,0 Mass sinking velocity (aggregate scheme) [m d-1] @@ -7394,6 +7737,7 @@ 0,0,2 0,0,2 0,0,0 + 0,0 Number sinking velocity (aggregate scheme) [m d-1] @@ -7406,6 +7750,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0 Epsilon exponent (aggregate scheme) [1] @@ -7418,6 +7763,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0 Average particle size (aggregate scheme) @@ -7428,6 +7774,7 @@ diabgc 0,0,2 + 0,0 Bromoform [mol CHBr3 m-3] @@ -7440,6 +7787,7 @@ 0,2,2 0,2,2 0,0,0 + 0,2 Layer thickness [m] @@ -7452,6 +7800,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Phytoplankton (phyc) [mol C m-3] @@ -7464,6 +7813,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Zooplankton (zooc) [mol C m-3] @@ -7476,6 +7826,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Dissolved organic carbon (dissoc) [mol C m-3] @@ -7488,6 +7839,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Primary production (pp) [mol C m-3 s-1] @@ -7500,6 +7852,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Phosphorus (po4) [mol P m-3] @@ -7512,6 +7865,7 @@ 0,4,4 4,4,4 0,0,0 + 0,4 Oxygen (o2) [mol O2 m-3] @@ -7524,6 +7878,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 eposition @@ -7536,6 +7891,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Nitrate (no3) [mol N m-3] @@ -7548,6 +7904,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Nitrite concentration [mol NO2 m-3] - extended N cycle only @@ -7560,6 +7917,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Ammonium concentration [mol NH4 m-3] - extended N cycle only @@ -7572,6 +7930,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 nitrification rate on NH4 [mol NH4 m-3 s-1] - extended N cycle only @@ -7584,6 +7943,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 nitrification rate on NO2 [mol NO2 m-3 s-1] - extended N cycle only @@ -7596,6 +7956,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 N2O production rate during nitrification on NH4 [mol N2O m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -7608,6 +7969,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 detritus production during nitrification on NH4 [mol P m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -7620,6 +7982,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 detritus production during nitrification on NO2 [mol P m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -7632,6 +7995,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 denitrification rate on NO3 [mol NO3 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -7644,6 +8008,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 denitrification rate on NO2 [mol NO2 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -7656,6 +8021,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 denitrification rate on N20 [mol N20 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -7668,6 +8034,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 DNRA on NO2 [mol NO2 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -7680,6 +8047,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 anammox N2 production [mol N2 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -7692,6 +8060,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 anammox detritus production [mol P m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -7704,6 +8073,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 PP consumption of NH4 [mol NH4 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -7716,6 +8086,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 PP consumption of NH4 [mol NH4 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -7728,6 +8099,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 aerob remineralization rate (sev. sources) [mol NH4 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -7740,6 +8112,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 sulfate-based remin rate on det [mol P m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -7752,6 +8125,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 M4AGO aggregate mean settling velocity [m/d] @@ -7764,6 +8138,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 molecular dynamic viscosity of sea water [kg m-1 s-1] @@ -7776,6 +8151,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 stickiness of opal frustule [-] @@ -7788,6 +8164,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 stickiness of opal frustule [-] @@ -7800,6 +8177,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 maximum aggregate diameter [m] @@ -7812,6 +8190,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 mean primary particle diameter [m] @@ -7824,6 +8203,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 mean primary particle density [kg/m3] @@ -7836,6 +8216,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 concentration weighted mean diameter of aggregates [m] @@ -7848,6 +8229,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 fractal dimension of aggregates [-] @@ -7860,6 +8242,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 slope of aggregate number distribution [-] @@ -7872,6 +8255,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Volume-weighted mean aggregate density [kg m-3] @@ -7884,6 +8268,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Volume-weighted mean aggregate porosity [-] @@ -7896,6 +8281,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Alkalinity (talk) [eq m-3] @@ -7908,6 +8294,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Silicate (si) [mol Si m-3] @@ -7920,6 +8307,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Dissolved carbon (dissic) [mol C m-3] @@ -7932,6 +8320,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Detrius (detoc) [mol C m-3] @@ -7944,6 +8333,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 CaCO3 shells (calc) [mol C m-3] @@ -7956,6 +8346,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Opal shells (opal) [mol Si m-3] @@ -7968,6 +8359,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 ] @@ -7980,6 +8372,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Nitrous oxide concentration [mol N2O m-3] @@ -7992,6 +8385,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 pH [-log10(H+)] @@ -8004,6 +8398,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Calcite saturation state (omegac) [1] @@ -8016,6 +8411,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Aragonite saturation state (omegaa) [1] @@ -8028,6 +8424,7 @@ 0,4,4 4,4,4 0,0,0 + 0,4 preformed oxygen (p_o2) [mol O2 m-3] @@ -8038,6 +8435,7 @@ diabgc 0,4,4 + 0,4 Saturated oxygen (satoxy) [mol O2 m-3] @@ -8050,6 +8448,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 preformed phosphate (p_po4) [mol PO4 m-3] @@ -8062,6 +8461,7 @@ 0,4,4 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Pre-formed silica [mol m-3] @@ -8074,6 +8474,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 preformed alkalinity (p_talk) [eq m-3] @@ -8086,6 +8487,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 preformed DIC (p_dic) [mol C m-3] @@ -8098,6 +8500,7 @@ 0,4,4 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Shelfsea water residence time [d] @@ -8110,6 +8513,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 saturated DIC (dic_sat) [mol C m-3] @@ -8122,6 +8526,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Natural dissolved carbon (natdissic) [mol C m-3] @@ -8134,6 +8539,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Natural alkalinity (nattalk) [eq m-3] @@ -8146,6 +8552,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Natural carbonate ion concentration (natco3) [mol C m-3] @@ -8158,6 +8565,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Natural CaCO3 shells (natcalc) [mol C m-3] @@ -8170,6 +8578,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Natural pH (natph) [-log10([h+])] @@ -8182,6 +8591,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Natural calcite saturation state (natomegac) [1] @@ -8194,6 +8604,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Natural aragonite saturation state (natomegaa) [1] @@ -8206,6 +8617,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Dissolved C13 (dissic13) [mol C m-3] @@ -8218,6 +8630,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Dissolved C14 (dissic14) [mol C m-3] @@ -8230,6 +8643,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 delta 13C of DIC [1] @@ -8242,6 +8656,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Particulate organic carbon 13 (detoc13) [mol C m-3] @@ -8254,6 +8669,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Dissolved organic carbon 13 (dissoc13) [mol C m-3] @@ -8266,6 +8682,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Particulate inorganic carbon 13 (calc13) [mol C m-3] @@ -8278,6 +8695,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 13C of phytoplankton biomass (phyc13) [mol C m-3] @@ -8290,6 +8708,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 13C of zootoplankton biomass (zooc13) [mol C m-3] @@ -8302,6 +8721,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 CFC11 concentration [mol CFC11 m-3] @@ -8314,6 +8734,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 CFC12 concentration [mol CFC12 m-3] @@ -8326,6 +8747,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 SF6 concentration [mol SF6 m-3] @@ -8338,6 +8760,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Number of sinking particles (aggregate scheme,nos) [cm-3] @@ -8350,6 +8773,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Mass sinking velocity (aggregate scheme) [m d-1] @@ -8362,6 +8786,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Number sinking velocity (aggregate scheme) [m d-1] @@ -8374,6 +8799,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0 Epsilon exponent (aggregate scheme) [1] @@ -8386,6 +8812,7 @@ 0,0,0 0,0,0 0,0,0 + 0,0 Average particle size (aggregate scheme) @@ -8398,6 +8825,7 @@ 0,2,2 4,2,2 0,0,0 + 0,0 Bromoform [mol CHBr3 m-3] @@ -8410,6 +8838,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 Diffusive DIC flux to sediment (positive downward) [mol C m-2 s-1] @@ -8422,6 +8851,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 Diffusive alkalinity flux to sediment (positive downward) [mol eq m-2 s-1] @@ -8434,6 +8864,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 Diffusive phosphate flux to sediment (positive downward) [mol P m-2 s-1] @@ -8446,6 +8877,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 sediment - water-column diffusive flux of oxygen [mol O2 m-2 s-1] @@ -8458,6 +8890,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 sediment - water-column diffusive flux of N2 [mol N2 m-2 s-1] @@ -8470,6 +8903,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 sediment - water-column diffusive flux of nitrate [mol NO3 m-2 s-1] @@ -8482,6 +8916,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Sediment - water-column diffusive flux of ammonium [mol NH4 m-2 s-1] @@ -8494,6 +8929,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Sediment - water-column diffusive flux of N2O [mol N2O m-2 s-1] @@ -8506,6 +8942,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 Sediment - water-column diffusive flux of nitrite [mol NO2 m-2 s-1] @@ -8518,6 +8955,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 sediment - water-column diffusive flux of silica [mol Si m-2 s-1] @@ -8530,6 +8968,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 burial fluxes organic carbon [mol P m-2 s-1] @@ -8542,6 +8981,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 burial fluxes of calcium carbonate [mol Ca m-2 s-1] @@ -8554,6 +8994,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 burial fluxes of silicate [mol Si m-2 s-1] @@ -8566,6 +9007,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 burial fluxes of clay [g m-2 s-1] @@ -8578,6 +9020,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (powdic) [mol C m-3] @@ -8590,6 +9033,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (powalk) [eq m-3] @@ -8602,6 +9046,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (powpho) [eq m-3] @@ -8614,6 +9059,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (powox) [mol O2 m-3] @@ -8626,6 +9072,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (pown2) [mol N2 m-3] @@ -8638,6 +9085,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (powno3)[mol N m-3] @@ -8650,6 +9098,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 (pownh4) [mol NH4 m-3] - extended N cycle only @@ -8662,6 +9111,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 (pown2o) [mol N2O m-3] - extended N cycle only @@ -8674,6 +9124,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 (powno2) [mol NO2 m-3] - extended N cycle only @@ -8686,6 +9137,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 nitrification rate on NH4 [mol NH4 m-3 s-1] - extended N cycle only @@ -8698,6 +9150,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 nitrification rate on NO2 [mol NO2 m-3 s-1] - extended N cycle only @@ -8710,6 +9163,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 N2O production rate during nitrification on NH4 [mol N2O m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -8722,6 +9176,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 detritus production during nitrification on NH4 [mol P m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -8734,6 +9189,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 detritus production during nitrification on NO2 [mol P m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -8746,6 +9202,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 denitrification rate on NO3 [mol NO3 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -8758,6 +9215,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 denitrification rate on NO2 [mol NO2 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -8770,6 +9228,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 denitrification rate on N20 [mol N20 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -8782,6 +9241,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 DNRA on NO2 [mol NO2 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -8794,6 +9254,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 anammox N2 production [mol N2 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -8806,6 +9267,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 anammox detritus production [mol P m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -8818,6 +9280,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 aerob remineralization rate (sev. sources) [mol NH4 m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -8830,6 +9293,7 @@ 0,0,2 4,2,2 0,0,0 + 0,2 sulfate-based remin rate on det [mol P m-3 s-1] - ext. N cycle only @@ -8842,6 +9306,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (powsi) [mol Si m-3] @@ -8854,6 +9319,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (ssso12) [mol m-3] @@ -8866,6 +9332,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (ssssil) [mol Si m-3] @@ -8878,6 +9345,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (sssc12) [mol C m-3] @@ -8890,6 +9358,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (ssster) [mol m-3] @@ -8902,6 +9371,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Sediment reactivity a [yr] @@ -8914,6 +9384,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,0 Sediment reactivity k [1/(kmol O2/m3 s)] @@ -8926,6 +9397,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 Sediment reactivity applied [1/(kmol O2/m3 s)] @@ -8938,6 +9410,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 Sediment POC age [yr] @@ -8950,6 +9423,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 Moving-average sedimentation flux [mmol P m-2 d-1)] @@ -8962,6 +9436,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (ssso12) [mol m-3] @@ -8974,6 +9449,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (ssssil) [mol Si m-3] @@ -8986,6 +9462,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (sssc12) [mol C m-3] @@ -8998,6 +9475,7 @@ 0,0,2 2,0,2 0,0,0 + 0,2 (ssster) [mol m-3] diff --git a/cime_config/usermods_dirs/reduced_out_devsim/shell_commands b/cime_config/usermods_dirs/reduced_out_devsim/shell_commands new file mode 100755 index 00000000..23afcad8 --- /dev/null +++ b/cime_config/usermods_dirs/reduced_out_devsim/shell_commands @@ -0,0 +1,4 @@ +# Limiting the output size/volume to spinup +# to reduce storage costs +./xmlchange BLOM_OUTPUT_SIZE=spinup +./xmlchange HAMOCC_OUTPUT_SIZE=spinup