Apptainer / Singularity est un logiciel de gestion de conteneurs applicatifs conçu pour faciliter la portabilité des applications. Il est notamment utilisé dans les environnements de calcul de haute performance. Apptainer est le nouveau nom du logiciel libre Singularity. L'installation de l'outil est détaillé sur la documentation utilisateur: https://apptainer.org/docs/user/latest/.
Les images suivantes sont disponibles :
- irods
Pour récupérer l'image, vous pouvez utiliser la commande suivante :
apptainer pull --name irods.sif https://grand-est.fr/resources/CLOUD/irods.sif
L'image peut également être construite à partir du fichier source disponible dans ce dépôt GitHub :
$ git clone https://github.com/FranceGrilles/singularity-images
$ cd singularity-images/irods
$ apptainer build irods.sif irods-client-ubuntu-18.def
Les commandes CLI iRODS peuvent être utilisées avec :
$ apptainer exec irods.sif ils
/FranceGrillesZone/home/<username>:
foo.bin
Pour que les commandes iRODS fonctionnent, il est nécessaire que le
fichier ~/.irods/irods_environment.json existe et soit
correctement renseigné. Un exemple de ce fichier est donné dans la
documentation du service FG-iRODS.
Il est également possible de sourcer le fichier irods.sh disponible dans
le répertoire singularity-images/irods. Cela permet de créer les
alias des commandes iRODS. Il faut veiller à bien définir la variable
IMAGE_DIRECTORY dans ce fichier, elle correspond au chemin vers le
répertoire contenant l'image irods.sif.